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- PDB-5dzu: Structure of potato cathepsin D inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dzu
タイトルStructure of potato cathepsin D inhibitor
要素Aspartic protease inhibitor 11
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Kunitz-type protease inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / vacuole / serine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartic protease inhibitor 11
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum tuberosum (ジャガイモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Guo, J. / Erskine, P. / Coker, A.R. / Wood, S.P. / Cooper, J.B.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of a Kunitz-type potato cathepsin D inhibitor.
著者: Guo, J. / Erskine, P.T. / Coker, A.R. / Wood, S.P. / Cooper, J.B.
履歴
登録2015年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22015年11月25日Group: Database references
改定 1.32018年4月25日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartic protease inhibitor 11
B: Aspartic protease inhibitor 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6816
ポリマ－41,2132
非ポリマー4674
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area18470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.458, 124.769, 37.876
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Aspartic protease inhibitor 11 / Cathepsin D inhibitor PDI


分子量: 20606.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 参照: UniProt: P16348
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.62 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.0 M NaCl, 10% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.917 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→27.9 Å / Num. all: 19943 / Num. obs: 19145 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.11→2.17 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.969 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 70.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDS31.10.2011データ削減
Aimless0.5.7データスケーリング
MOLREP11.3.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TC2

3tc2


解像度: 2.12→64.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 9.881 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26979 952 5 %RANDOM
Rwork0.19148 ---
obs0.19544 18191 96.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.877 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.56 Å20 Å21.19 Å2
2--0.86 Å2-0 Å2
3----2.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→64.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2794 0 30 123 2947
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022891
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6291.9913931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9973.0026360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6435360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.17724.426122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.8515456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9741515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2441
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02649
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5584.7261448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5594.7271447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5997.0721805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.5977.0711806
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.515.1071441
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5095.111442
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6017.5312126
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.40437.8013112
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.35737.8073098
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.117→2.172 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 45 -
Rwork0.37 1065 -
obs--76.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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