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万見
- PDB-5dze: Crystal Structure of the catalytic nucleophile mutant of VvEG16 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dze
タイトルCrystal Structure of the catalytic nucleophile mutant of VvEG16 in complex with cellotetraose
要素endo-glucanase
キーワードHYDROLASE / cell wall / dietary fiber / mixed-linkage glucan / xyloglucan / beta-glucan / glycoside hydrolase / endo-glucanase / grapes / plants / protein structure / GH16 / beta-jelly roll / phylogeny / oligosaccharide
機能・相同性
機能・相同性情報


licheninase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Beta-glucanase/XTH / Beta-glucanase / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Beta-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Vitis vinifera (ブドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.97 Å
データ登録者McGregor, N.G.S. / Tung, C.C. / Van Petegem, F. / Brumer, H.
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2017
タイトル: Crystallographic insight into the evolutionary origins of xyloglucan endotransglycosylases and endohydrolases.
著者: McGregor, N. / Yin, V. / Tung, C.C. / Van Petegem, F. / Brumer, H.
履歴
登録2015年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: endo-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0873
ポリマ－23,2401
非ポリマー8472
水4,576254
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.150, 52.020, 83.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 endo-glucanase


分子量: 23239.887 Da / 分子数: 1 / 断片: endo-glucanase / 変異: E88A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vitis vinifera (ブドウ) / 遺伝子: VIT_15s0048g01850 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Hi-control / 参照: UniProt: F6I323
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 5 mM DTT, 2 mM cellotetraose, 1 mM EDTA, 1.2 M K2HPO4, 0.8 M NaH2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月9日
詳細: Vertical Focusing Mirror: ultra-low expansion (ULE) titanium silicate flat mirror with Pt, Uncoated, and Pd strips
放射モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.97→44.087 Å / Num. obs: 111789 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 7.29 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.978 / Net I/σ(I): 16.34 / Num. measured all: 693883
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
0.97-10.5290.9051.2617245851158741.09169
1-1.020.6450.7791.8926394829369270.90283.5
1.02-1.050.8250.5823.2140134807777010.64895.3
1.05-1.080.9320.4234.9749699781678130.462100
1.08-1.120.9630.2856.948541760476000.31199.9
1.12-1.160.9770.2268.4847393739773950.246100
1.16-1.20.9830.1889.9145757709870920.20599.9
1.2-1.250.9850.16910.844493685968560.184100
1.25-1.310.9890.14812.1742977656465590.16199.9
1.31-1.370.9910.12414.2741726631563100.13599.9
1.37-1.450.9940.117.2239970599459890.10999.9
1.45-1.530.9960.08320.0338380570156950.0999.9
1.53-1.640.9970.06624.6836576533753300.07299.9
1.64-1.770.9980.05529.3135289499149840.05999.9
1.77-1.940.9980.04634.8232951461546070.04999.8
1.94-2.170.9990.03840.4130187419941960.0499.9
2.17-2.50.9990.03542.9326863373437330.038100
2.5-3.070.9990.03445.0622681317331730.037100
3.07-4.340.9980.0447.5617280249724970.043100
4.340.9970.04445.929347146014580.04899.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJanuary 10, 2014データスケーリング
XSCALEJanuary 10, 2014データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9-1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.97→44.087 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 12.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1367 10613 4.99 %
Rwork0.1223 202047 -
obs0.1231 212660 95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 40.89 Å2 / Biso mean: 10.9321 Å2 / Biso min: 2.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.97→44.087 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1545 0 110 284 1939
Biso mean--12.74 23.22 -
残基数----199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111866
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6242586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.23289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009336
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.652668
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
0.97-0.9810.41642140.3874115432957
0.981-0.99260.36632390.35044568480765
0.9926-1.00470.3712630.34495239550274
1.0047-1.01740.28062990.30145690598980
1.0174-1.03080.28793200.26656194651487
1.0308-1.04490.23663420.22626589693194
1.0449-1.05980.23483650.20717053741899
1.0598-1.07570.19143740.18471227496100
1.0757-1.09250.17093750.163370367411100
1.0925-1.11040.16783760.154371107486100
1.1104-1.12950.13933760.141270707446100
1.1295-1.15010.14073680.122570467414100
1.1501-1.17220.14393670.117470587425100
1.1722-1.19610.133710.112270657436100
1.1961-1.22210.12283770.110670837460100
1.2221-1.25060.12673740.108870647438100
1.2506-1.28180.1273710.104670677438100
1.2818-1.31650.12053680.100270797447100
1.3165-1.35520.12073670.097770467413100
1.3552-1.3990.12573670.091971157482100
1.399-1.4490.1073790.089170687447100
1.449-1.5070.11613730.08787012738599
1.507-1.57560.0973760.08437066744299
1.5756-1.65870.09583720.07967041741399
1.6587-1.76260.11053700.084370257395100
1.7626-1.89870.10023760.089970857461100
1.8987-2.08970.10723740.091270867460100
2.0897-2.39210.10973760.103470787454100
2.3921-3.01370.1483620.124170977459100
3.0137-44.13280.13293820.131770807462100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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