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Yorodumi- PDB-5dze: Crystal Structure of the catalytic nucleophile mutant of VvEG16 i... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dze | |||||||||
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Title | Crystal Structure of the catalytic nucleophile mutant of VvEG16 in complex with cellotetraose | |||||||||
Components | endo-glucanase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / cell wall / dietary fiber / mixed-linkage glucan / xyloglucan / beta-glucan / glycoside hydrolase / endo-glucanase / grapes / plants / protein structure / GH16 / beta-jelly roll / phylogeny / oligosaccharide | |||||||||
Function / homology | Function and homology information licheninase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Vitis vinifera (wine grape) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 0.97 Å | |||||||||
Authors | McGregor, N.G.S. / Tung, C.C. / Van Petegem, F. / Brumer, H. | |||||||||
Citation | Journal: Plant J. / Year: 2017 Title: Crystallographic insight into the evolutionary origins of xyloglucan endotransglycosylases and endohydrolases. Authors: McGregor, N. / Yin, V. / Tung, C.C. / Van Petegem, F. / Brumer, H. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5dze.cif.gz | 146.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5dze.ent.gz | 119.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5dze.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/5dze ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/5dze | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23239.887 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: endo-glucanase / Mutation: E88A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vitis vinifera (wine grape) / Gene: VIT_15s0048g01850 / Plasmid: pET24 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) Hi-control / References: UniProt: F6I323 |
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#2: Polysaccharide | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#3: Sugar | ChemComp-BGC / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.9 Details: 5 mM DTT, 2 mM cellotetraose, 1 mM EDTA, 1.2 M K2HPO4, 0.8 M NaH2PO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Oct 9, 2014 Details: Vertical Focusing Mirror: ultra-low expansion (ULE) titanium silicate flat mirror with Pt, Uncoated, and Pd strips | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 0.97→44.087 Å / Num. obs: 111789 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 7.29 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.978 / Net I/σ(I): 16.34 / Num. measured all: 693883 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 0.97→44.087 Å / SU ML: 0.09 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / Phase error: 12.85 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 40.89 Å2 / Biso mean: 10.9321 Å2 / Biso min: 2.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 0.97→44.087 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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