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- PDB-5dy9: Y68T Hfq from Methanococcus jannaschii in complex with AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dy9
タイトルY68T Hfq from Methanococcus jannaschii in complex with AMP
要素Hfq-like protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Hfq / Lsm protein / ribonucleotide-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / SH3 type barrels. - #100 / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein MJ1435
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Nikulin, A.D. / Mikhailina, A.O. / Lekontseva, N.V. / Balobanov, V.A. / Nikonova, E.Y. / Tishchenko, S.V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Scientific Foundation14-14-00496 ロシア
引用ジャーナル: J. Biomol. Struct. Dyn. / 年: 2017
タイトル: Characterization of RNA-binding properties of the archaeal Hfq-like protein from Methanococcus jannaschii.
著者: Nikulin, A. / Mikhailina, A. / Lekontseva, N. / Balobanov, V. / Nikonova, E. / Tishchenko, S.
履歴
登録2015年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月22日Group: Database references
改定 1.22017年5月24日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hfq-like protein
B: Hfq-like protein
C: Hfq-like protein
D: Hfq-like protein
E: Hfq-like protein
F: Hfq-like protein
G: Hfq-like protein
H: Hfq-like protein
I: Hfq-like protein
J: Hfq-like protein
K: Hfq-like protein
L: Hfq-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,58335
ポリマ－98,97212
非ポリマー2,61023
水18,6641036
1
A: Hfq-like protein
B: Hfq-like protein
C: Hfq-like protein
D: Hfq-like protein
E: Hfq-like protein
F: Hfq-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,92617
ポリマ－49,4866
非ポリマー1,43911
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12040 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area16910 Å2
手法PISA
2
G: Hfq-like protein
H: Hfq-like protein
I: Hfq-like protein
J: Hfq-like protein
K: Hfq-like protein
L: Hfq-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,65718
ポリマ－49,4866
非ポリマー1,17112
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10820 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area16730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.636, 67.635, 91.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Hfq-like protein / Uncharacterized protein MJ1435


分子量: 8247.700 Da / 分子数: 12 / 変異: Y68T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Y68T substitution
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
遺伝子: MJ1435 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58830

-
非ポリマー , 8種, 1059分子

#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1036 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.87 % / 解説: stick-shaped crystals
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50% PEG200, 100 mM Tris-HCl, pH 8.0 (JBScreen Nuc-Pro 1)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 96577 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 18.17
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.683 / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→50 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 2100 2.17 %
Rwork0.169 --
obs0.1697 96568 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5611 0 159 1036 6806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075956
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0718026
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4522279
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046887
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041014
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.63630.32111360.26736110X-RAY DIFFRACTION97
1.6363-1.67730.25341380.23316211X-RAY DIFFRACTION99
1.6773-1.72260.26471390.21646263X-RAY DIFFRACTION99
1.7226-1.77330.22111390.19956258X-RAY DIFFRACTION99
1.7733-1.83050.27771390.19136235X-RAY DIFFRACTION99
1.8305-1.8960.22541400.18896296X-RAY DIFFRACTION99
1.896-1.97190.21681390.17416274X-RAY DIFFRACTION99
1.9719-2.06160.21031390.17336277X-RAY DIFFRACTION99
2.0616-2.17030.21021410.16896325X-RAY DIFFRACTION100
2.1703-2.30630.18271390.15526265X-RAY DIFFRACTION100
2.3063-2.48430.20451410.17216345X-RAY DIFFRACTION100
2.4843-2.73430.20731420.17936357X-RAY DIFFRACTION100
2.7343-3.12990.21851410.16866373X-RAY DIFFRACTION100
3.1299-3.9430.1641420.14996399X-RAY DIFFRACTION100
3.943-500.17741450.15186480X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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