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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dy3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Dbr2 | ||||||
![]() | Artemisinic aldehyde Delta(11(13)) reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Dbr2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() artemisinic aldehyde Delta11(13)-reductase / 12-oxophytodienoate reductase activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / jasmonic acid biosynthetic process / oxylipin biosynthetic process / peroxisome / FMN binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, L. / Chen, T.T. / Xu, Y.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal structure of Dbr2 著者: Li, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 795.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 797.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42478.051 Da / 分子数: 1 / 変異: M27L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: C5H429, artemisinic aldehyde Delta11(13)-reductase |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 化合物 | ChemComp-HBA / |
#4: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.87 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 32510 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 14.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.721 / Net I/av σ(I): 30.55 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 234028 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.73 Å2 / Biso mean: 16.8015 Å2 / Biso min: 4.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.82→44.192 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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