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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dy0 | ||||||
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タイトル | Crystal of AmtR from Corynebacterium glutamicum in complex with DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / TetR family regulator / Nitrogen master regulator / PII / GlnK / GlnB / TFR | ||||||
機能・相同性 | Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / DNA binding / metal ion binding / DNA / DNA (> 10) / TetR family transcriptional regulator 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Corynebacterium glutamicum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Palanca, C. / Rubio, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2016 タイトル: Structure of AmtR, the global nitrogen regulator of Corynebacterium glutamicum, in free and DNA-bound forms. 著者: Palanca, C. / Rubio, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5dy0.cif.gz | 227.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5dy0.ent.gz | 178.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5dy0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5dy0_validation.pdf.gz | 478.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5dy0_full_validation.pdf.gz | 495 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5dy0_validation.xml.gz | 33.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5dy0_validation.cif.gz | 46.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/5dy0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/5dy0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25477.975 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 株: ATCC 13969 / 遺伝子: KIQ_008455 / プラスミド: pET-26 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072Z681 #2: DNA鎖 | 分子量: 7984.202 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.36 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 1.2 M Trisodium Citrate, 0.1 M NaHepes pH 6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月22日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→119.94 Å / Num. obs: 67304 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 17.1 / Num. measured all: 295546 / Scaling rejects: 7 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5DY1 解像度: 3→137.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 12.778 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.353 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 91.13 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→137.42 Å
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拘束条件 |
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