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- PDB-5dxw: Crystal structure of mouse PD-L1 nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dxw
タイトルCrystal structure of mouse PD-L1 nanobody
要素PD-L1 nanobody
キーワードSIGNALING PROTEIN / IG FOLD
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Camelidae (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.441 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Samanta, D. / Almo, S.C. / Ploegh, H. / Ingram, J. / Dougan, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse PD-L1 nanobody
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Samanta, D. / Almo, S.C.
履歴
登録2015年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Structure summary
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PD-L1 nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5353
ポリマ－14,3431
非ポリマー1922
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area330 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area6150 Å2
手法PISA
3
A: PD-L1 nanobody
ヘテロ分子

A: PD-L1 nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0706
ポリマ－28,6862
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area10530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.191, 29.679, 35.268
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

SO4

21A-350-

HOH

31A-378-

HOH

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要素

#1: 抗体 PD-L1 nanobody


分子量: 14342.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 400, ammonium sulfate, hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月11日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.441→18.23 Å / Num. obs: 30989 / % possible obs: 99.31 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 23.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OL0

1ol0


解像度: 1.441→18.23 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.11 / 位相誤差: 21.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1934 689 4.08 %Random
Rwork0.1686 ---
obs0.1695 30989 99.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.441→18.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数885 0 10 91 986
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006940
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0671277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.018342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076137
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005166
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.441-1.49860.31921530.31263118X-RAY DIFFRACTION95
1.4986-1.56680.30341420.2663327X-RAY DIFFRACTION100
1.5668-1.64930.24831600.21383319X-RAY DIFFRACTION100
1.6493-1.75260.22611440.19683307X-RAY DIFFRACTION100
1.7526-1.88780.22781340.17323309X-RAY DIFFRACTION100
1.8878-2.07750.17671540.15723334X-RAY DIFFRACTION100
2.0775-2.37760.21861250.15293335X-RAY DIFFRACTION100
2.3776-2.99330.20431230.16073353X-RAY DIFFRACTION100
2.9933-18.23280.13231300.13853322X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 73.9732 Å / Origin y: 1.2282 Å / Origin z: 31.1489 Å
111213212223313233
T0.0223 Å20.0042 Å2-0.005 Å2-0.0513 Å20.0012 Å2--0.0535 Å2
L1.3893 °20.0252 °2-0.4295 °2-1.2578 °2-0.2341 °2--2.1791 °2
S0.0285 Å °0.0035 Å °0.0316 Å °-0.0046 Å °0.0207 Å °-0.0376 Å °-0.0428 Å °-0.0399 Å °-0.0384 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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