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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dxj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CARM1 and sinefungin | ||||||
要素 | Histone-arginine methyltransferase CARM1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / protein-substrate analog complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / protein-arginine N-methyltransferase activity / replication fork reversal ...histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / protein-arginine N-methyltransferase activity / replication fork reversal / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / histone methyltransferase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nuclear replication fork / positive regulation of fat cell differentiation / response to cAMP / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / Heme signaling / lysine-acetylated histone binding / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / beta-catenin binding / RMTs methylate histone arginines / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Circadian Clock / methylation / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Boriack-Sjodin, P.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016 タイトル: Structural Insights into Ternary Complex Formation of Human CARM1 with Various Substrates. 著者: Boriack-Sjodin, P.A. / Jin, L. / Jacques, S.L. / Drew, A. / Sneeringer, C. / Scott, M.P. / Moyer, M.P. / Ribich, S. / Moradei, O. / Copeland, R.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5dxj.cif.gz | 307.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5dxj.ent.gz | 248.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5dxj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5dxj_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5dxj_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5dxj_validation.xml.gz | 57.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5dxj_validation.cif.gz | 83.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/5dxj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/5dxj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39623.121 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic domain (UNP residues 134-479) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARM1, PRMT4 / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q86X55, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, EC: 2.1.1.125 #2: 化合物 | ChemComp-SFG / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97914 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97914 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 110736 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.372 / Net I/av σ(I): 13.153 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 518550 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.152 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 106.73 Å2 / Biso mean: 33.261 Å2 / Biso min: 14.04 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.949→2 Å / Total num. of bins used: 20
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