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万見
- PDB-5dx5: Crystal structure of methionine gamma-lyase from Clostridium spor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dx5
タイトルCrystal structure of methionine gamma-lyase from Clostridium sporogenes
要素Methionine gamma-lyase
キーワードLYASE / methionine gamma-lyase / Clostridium sporogenes
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine gamma-lyase / methionine gamma-lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / L-methionine gamma-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium sporogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Revtovich, S.V. / Nikulin, A.D. / Morozova, E.A. / Anufrieva, N.V. / Demidkina, T.V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Scientific Foundation15-14-00009 ロシア
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Structure of methionine gamma-lyase from Clostridium sporogenes.
著者: Revtovich, S. / Anufrieva, N. / Morozova, E. / Kulikova, V. / Nikulin, A. / Demidkina, T.
履歴
登録2015年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine gamma-lyase
B: Methionine gamma-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7487
ポリマ－87,1592
非ポリマー5885
水3,495194
1
A: Methionine gamma-lyase
B: Methionine gamma-lyase
ヘテロ分子

A: Methionine gamma-lyase
B: Methionine gamma-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,49514
ポリマ－174,3194
非ポリマー1,17610
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area24030 Å2
ΔGint-214 kcal/mol
Surface area46860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.090, 91.090, 175.929
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-674-

HOH

21B-690-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Methionine gamma-lyase


分子量: 43579.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium sporogenes (バクテリア)
遺伝子: megL, CLOSPO_00030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J7TA22, methionine gamma-lyase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MGL 20mg/ml, PEG MME 2000 35%, 50 ml TrisHCl (pH=8.5), 0.2 mM PLP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→50 Å / Num. all: 57232 / Num. obs: 57232 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.37→2.45 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10_2155精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RFV

2rfv


解像度: 2.37→50 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 21.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2249 2075 3.63 %Random selection
Rwork0.1624 ---
obs0.1646 57225 99.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6092 0 33 194 6319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086236
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0278431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3613724
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057957
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051082
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3689-2.4240.28161390.2373678X-RAY DIFFRACTION99
2.424-2.48460.2931340.22433697X-RAY DIFFRACTION100
2.4846-2.55170.27211390.21073638X-RAY DIFFRACTION100
2.5517-2.62680.30761390.2093706X-RAY DIFFRACTION100
2.6268-2.71160.27631380.20183681X-RAY DIFFRACTION99
2.7116-2.80850.30151360.20413650X-RAY DIFFRACTION99
2.8085-2.92090.21831380.17853689X-RAY DIFFRACTION100
2.9209-3.05380.24311430.17113704X-RAY DIFFRACTION100
3.0538-3.21480.1991420.16833670X-RAY DIFFRACTION100
3.2148-3.41620.231450.15733678X-RAY DIFFRACTION100
3.4162-3.67980.20591380.14473650X-RAY DIFFRACTION99
3.6798-4.04990.19051370.13443701X-RAY DIFFRACTION100
4.0499-4.63550.17741350.12263689X-RAY DIFFRACTION100
4.6355-5.83830.21161410.14643655X-RAY DIFFRACTION99
5.8383-45.55340.22191310.15833664X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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