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- PDB-5dww: Structural Insights into the Quadruplex-Duplex 3' Interface forme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dww
タイトルStructural Insights into the Quadruplex-Duplex 3' Interface formed from a Telomeric Repeat - TTLOOP
要素
  • DNA (25-MER)
  • DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*A)-3')
キーワードDNA / Telomere / Quadruplex / Junction / Duplex
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Russo Krauss, I. / Parkinson, G.N.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into the Quadruplex-Duplex 3' Interface Formed from a Telomeric Repeat: A Potential Molecular Target.
著者: Russo Krauss, I. / Ramaswamy, S. / Neidle, S. / Haider, S. / Parkinson, G.N.
履歴
登録2015年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (25-MER)
B: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*A)-3')
C: DNA (25-MER)
D: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*A)-3')
E: DNA (25-MER)
F: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*A)-3')
G: DNA (25-MER)
H: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,68618
ポリマ－41,2958
非ポリマー39110
水00
1
A: DNA (25-MER)
B: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4415
ポリマ－10,3242
非ポリマー1173
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (25-MER)
D: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4024
ポリマ－10,3242
非ポリマー782
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: DNA (25-MER)
F: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4415
ポリマ－10,3242
非ポリマー1173
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: DNA (25-MER)
H: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4024
ポリマ－10,3242
非ポリマー782
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: DNA (25-MER)
F: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4415
ポリマ－10,3242
非ポリマー1173
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area5960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.610, 101.230, 145.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: DNA鎖
DNA (25-MER)


分子量: 7913.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*A)-3')


分子量: 2410.618 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.46 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 2 M lithium sulphate, 50 mM Tris/HCl pH 8.8, 2 mM CuCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→45.56 Å / Num. obs: 12767 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.79→2.86 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.679 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DWX

5dwx


解像度: 2.79→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 24.309 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1 / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25268 623 4.9 %RANDOM
Rwork0.21548 ---
obs0.2173 12004 94.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 103.414 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2--0.21 Å2-0 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.79→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2723 10 0 2733
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0113055
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021486
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5751.1544719
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.89233524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021611
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02620
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.2158.1093047
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.2148.1093048
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.36412.1344717
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.09776.2354826
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.09676.2354827
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.566 47 -
Rwork0.413 898 -
obs--98.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.58190.3236-1.19822.2504-0.45843.21650.09770.3574-0.2048-0.2718-0.01550.0301-0.0413-0.1098-0.08230.23560.0521-0.01270.19-0.02410.04185.969-0.09725.423
21.823-0.3961-2.06110.13170.25215.94490.0458-0.69420.02980.08330.1434-0.02930.08550.477-0.18920.3472-0.0345-0.06990.4130.01740.093787.694-0.02147.773
31.0735-1.32160.97831.6279-1.13037.34760.03740.14810.0198-0.0434-0.1877-0.0252-0.1201-0.22520.15030.2277-0.0553-0.04390.2466-0.01030.036484.616-0.51513.293
42.7755-0.1868-0.26190.78881.44784.9268-0.12550.38520.2712-0.4631-0.0718-0.0562-0.496-0.11860.19730.35960.0060.02610.06310.06350.1787107.39621.47425.388
50.1669-0.2232-1.06840.6161.2317.4393-0.046-0.0693-0.00490.39850.01250.030.02060.15610.03350.3869-0.0145-0.01430.2915-0.04520.1857106.72419.61947.92
63.01591.7958-2.22622.29322.052811.06630.3129-0.3783-0.1410.1933-0.0645-0.2135-0.23270.5567-0.24850.29340.0437-0.09180.3629-0.02150.042789.170.73659.778
71.3530.6669-3.44420.5156-1.6818.82160.03430.09670.04640.05560.07070.0184-0.1609-0.1731-0.1050.1858-0.0251-0.01840.20830.05860.0598107.41922.58813.828
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C1 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2A1 - 25
3X-RAY DIFFRACTION3D1 - 8
4X-RAY DIFFRACTION4G1 - 25
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 25
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 8
7X-RAY DIFFRACTION7H1 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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