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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dwd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of esterase PE8 | ||||||
![]() | Esterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Esterase / PE8 | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | Pelagibacterium halotolerans | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, J. / Huang, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of esterase PE8 著者: Li, J. / Huang, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 658.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 662.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25527.225 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-219 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: JCM 15775 / CGMCC 1.7692 / B2 / 遺伝子: KKY_2995 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-1PG / | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.84 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.05M Calcium chloride dehydrate;0.1M BIS-TRIS pH 6.5;30%(v/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.66→64.86 Å / Num. obs: 45616 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 22.54 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.879 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.66→64.86 Å
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拘束条件 |
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