PDB-5dwd: Crystal structure of esterase PE8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dwd

タイトル

Crystal structure of esterase PE8

要素

Esterase

キーワード

HYDROLASE / Esterase / PE8

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxylesterase / carboxylesterase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pelagibacterium halotolerans

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Li, J. / Huang, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of esterase PE8
著者: Li, J. / Huang, J.

履歴

登録	2015年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dwd.cif.gz	102.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dwd.ent.gz	76.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dwd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dwd_validation.pdf.gz	658.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dwd_full_validation.pdf.gz	662.5 KB	表示
XML形式データ	5dwd_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	5dwd_validation.cif.gz	31.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dwd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dwd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3rii-d 6t5l-d 6nke-1 4fd4-d 6f0p-d 5mk8-2 3fcz-d 1y89-d 3ews-1 4ng4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Esterase

B: Esterase

ヘテロ分子

51.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.772, 73.398, 66.403
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.37, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Esterase / Phospholipase/carboxylesterase family protein 分子量: 25527.225 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-219 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pelagibacterium halotolerans (strain JCM 15775 / CGMCC 1.7692 / B2) (バクテリア) 株: JCM 15775 / CGMCC 1.7692 / B2 / 遺伝子: KKY_2995 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4RFI7, carboxylesterase
#2: 化合物	ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL 分子量: 252.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₄O₆
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.84 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.05M Calcium chloride dehydrate;0.1M BIS-TRIS pH 6.5;30%(v/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→64.86 Å / Num. obs: 45616 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 22.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0131	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.66→64.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 1.946 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2001	2304	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15583	-	-	-
obs	0.15813	43312	98.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.879 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.61 Å²	0 Å²	-1.04 Å²
2-	-	0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→64.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3231	0	23	325	3579

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	3331
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3253
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.063	1.993	4546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.161	3	7491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.771	5	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.525	23.782	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.533	15	488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.857	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.168	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	3735
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	689
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.418	2.295	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.401	2.293	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.449	3.43	2181
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.456	3.432	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.547	2.659	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.544	2.659	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.231	3.843	2366
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.393	20.334	3925
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.393	20.335	3926
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.658→1.701 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	149	-
R_work	0.194	2812	-
obs	-	-	87.06 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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