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万見
- PDB-5dux: Crystal structure of the human galectin-4 N-terminal carbohydrate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dux
タイトルCrystal structure of the human galectin-4 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with 2'-fucosyllactose
要素Galectin-4
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / galectin-4 / H-antigen / 2'-fucosyllactose / sugar-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


antibacterial peptide biosynthetic process / galactoside binding / carbohydrate binding / extracellular matrix / cell adhesion / : / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-fucosyllactose / FORMIC ACID / Galectin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Bum-Erdene, K. / Blanchard, H.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Cancer Council Queensland1043716 オーストラリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural characterisation of human galectin-4 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with glycerol, lactose, 3'-sulfo-lactose, and 2'-fucosyllactose.
著者: Bum-Erdene, K. / Leffler, H. / Nilsson, U.J. / Blanchard, H.
履歴
登録2015年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Galectin-4
D: Galectin-4
A: Galectin-4
C: Galectin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1039
ポリマ－69,8964
非ポリマー1,2075
水7,909439
1
B: Galectin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9622
ポリマ－17,4741
非ポリマー4881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
D: Galectin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0083
ポリマ－17,4741
非ポリマー5342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Galectin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5662
ポリマ－17,4741
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: Galectin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5662
ポリマ－17,4741
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.152, 64.469, 64.653
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.790, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21D
12B
22A
13B
23C
14D
24A
15D
25C
16A
26C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEBA15 - 15015 - 150
21ILEILEDB15 - 15015 - 150
12GLYGLYBA15 - 15215 - 152
22GLYGLYAC15 - 15215 - 152
13ILEILEBA15 - 15015 - 150
23ILEILECD15 - 15015 - 150
14ILEILEDB15 - 15015 - 150
24ILEILEAC15 - 15015 - 150
15GLYGLYDB15 - 15115 - 151
25GLYGLYCD15 - 15115 - 151
16ILEILEAC15 - 15015 - 150
26ILEILECD15 - 15015 - 150

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Galectin-4 / Gal-4 / Antigen NY-CO-27 / L-36 lactose-binding protein / L36LBP / Lactose-binding lectin 4


分子量: 17473.912 Da / 分子数: 4
断片: N-terminal carbohydrate recognition domain (UNP residues 1-155)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56470
#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / 2'-fucosyllactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 糖鎖要素 / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 2'-fucosyllactose
記述子タイププログラム
LFucpa1-2DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.67 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 3.5 M sodium formate, 0.1 M Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→45.65 Å / Num. obs: 44028 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 22.9 / Num. measured all: 177950
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.85-1.893.40.1258.9899726260.9810.07996.2
9.06-45.653.50.03233.813403780.9980.02194.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.6データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I8T

3i8t


解像度: 1.85→45.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.2058 / WRfactor Rwork: 0.1675 / FOM work R set: 0.8674 / SU B: 2.93 / SU ML: 0.09 / SU R Cruickshank DPI: 0.1482 / SU Rfree: 0.1326 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The authors state that the electron density currently modelled as water molecules A302, B303 and D301, which are coordinated by residues ASP72, GLY70 and PHE68 shows potential for occupation ...詳細: The authors state that the electron density currently modelled as water molecules A302, B303 and D301, which are coordinated by residues ASP72, GLY70 and PHE68 shows potential for occupation by NA+ ions, which is present in the crystallisation conditions.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2046 2156 4.9 %RANDOM
Rwork0.1662 ---
obs0.1681 41855 98.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.16 Å2 / Biso mean: 18.033 Å2 / Biso min: 6.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2--1.59 Å2-0 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→45.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4408 0 81 439 4928
Biso mean--27.25 26.49 -
残基数----550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0194637
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1051.9486278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67539892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3485548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.09323.886229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.14115706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.4341520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2655
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7571.5462198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7521.5452197
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5882.3062741
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B79590.13
12D79590.13
21B80700.12
22A80700.12
31B77520.15
32C77520.15
41D80350.12
42A80350.12
51D80910.12
52C80910.12
61A78820.13
62C78820.13
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 133 -
Rwork0.201 3018 -
all-3151 -
obs--96.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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