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- PDB-5dur: Influenza A virus H5 hemagglutinin globular head in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dur
タイトルInfluenza A virus H5 hemagglutinin globular head in complex with antibody 100F4
要素
  • Heavy Chain of Antibody 100F4
  • Hemagglutinin
  • Light Chain of Antibody 100F4
キーワードIMMUNE SYSTEM / Influenza virus / Antibody / Complex / Neutralize
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like ...Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Zuo, T. / Sun, J. / Wang, G. / Zhou, P. / Wang, X. / Zhang, L.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Comprehensive analysis of antibody recognition in convalescent humans from highly pathogenic avian influenza H5N1 infection
著者: Zuo, T. / Sun, J. / Wang, G. / Jiang, L. / Zuo, Y. / Li, D. / Shi, X. / Liu, X. / Fan, S. / Ren, H. / Hu, H. / Sun, L. / Zhou, B. / Liang, M. / Zhou, P. / Wang, X. / Zhang, L.
履歴
登録2015年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy Chain of Antibody 100F4
L: Light Chain of Antibody 100F4
C: Hemagglutinin
B: Heavy Chain of Antibody 100F4
D: Light Chain of Antibody 100F4
A: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,1898
ポリマ－147,7476
非ポリマー4422
水5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13820 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area51590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.094, 101.223, 206.301
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Heavy Chain of Antibody 100F4


分子量: 24500.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light Chain of Antibody 100F4


分子量: 22837.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 26535.771 Da / 分子数: 2 / Fragment: globular head, UNP residues 61-284 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Anhui/1/2005(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Anhui/1/2005(H5N1) / 遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q1WDM0
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 4.0M Potassium formate, Tris propane PH 9.0, 2% w/v PEGME 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→40.5 Å / Num. obs: 45011 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 10.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.82→40.5 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2571 2259 5.02 %
Rwork0.2076 --
obs0.2101 45011 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82→40.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9778 0 28 302 10108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0110084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38513757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1713593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551554
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071759
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8176-2.87890.31211240.26882357X-RAY DIFFRACTION89
2.8789-2.94580.28641340.26382688X-RAY DIFFRACTION100
2.9458-3.01950.28471450.26772617X-RAY DIFFRACTION100
3.0195-3.10110.31341330.24992657X-RAY DIFFRACTION100
3.1011-3.19230.30891420.24562688X-RAY DIFFRACTION100
3.1923-3.29530.28741450.22112636X-RAY DIFFRACTION100
3.2953-3.4130.27361420.22322648X-RAY DIFFRACTION100
3.413-3.54960.24741530.20842668X-RAY DIFFRACTION100
3.5496-3.7110.27841520.19842668X-RAY DIFFRACTION100
3.711-3.90660.25571390.19792691X-RAY DIFFRACTION100
3.9066-4.15110.21991380.17592674X-RAY DIFFRACTION100
4.1511-4.47120.20351560.15462695X-RAY DIFFRACTION100
4.4712-4.92050.17421250.152713X-RAY DIFFRACTION100
4.9205-5.63090.20691240.17312736X-RAY DIFFRACTION99
5.6309-7.08810.28091220.2272774X-RAY DIFFRACTION100
7.0881-40.51250.29321850.2462842X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68840.4790.10522.42321.62672.007-0.0145-0.07130.062-0.1071-0.17360.3522-0.0816-0.3474-0.00140.22140.0166-0.02970.28910.0460.312589.9121350.0125646.5712
20.66650.81930.53591.88911.61813.28430.02030.0309-0.11920.20340.06540.07150.3413-0.11640.00490.20590.0203-0.0950.20260.02830.270999.9926335.8433653.6931
33.02621.5485-0.41272.6209-0.2641.9913-0.0749-0.0149-0.2280.01420.0096-0.29860.02660.1644-0.00030.3207-0.033-0.01530.2437-0.06020.230485.0336307.5348626.4528
43.12221.2084-0.18083.3439-0.1532.35980.0192-0.0329-0.3090.01760.0076-0.18750.16070.03620.00040.17420.0085-0.05450.2317-0.03610.1975151.9275377.5066661.1369
52.43950.81751.89911.41710.6272.56940.06890.31550.0996-0.08460.0445-0.0766-0.1490.28660.00420.22690.01660.06960.2342-0.04180.2066121.9683361.4187638.2739
62.25130.35761.12381.05590.41811.6834-0.0697-0.25380.2555-0.0617-0.08130.1558-0.2726-0.2198-0.00030.2490.03510.04650.2239-0.01220.2348107.6981369.8557647.2042
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain L
2X-RAY DIFFRACTION2chain H
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain A
5X-RAY DIFFRACTION5chain B
6X-RAY DIFFRACTION6chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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