PDB-5du9: First condensation domain of the calcium-dependent antibiotic syn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5du9

タイトル

First condensation domain of the calcium-dependent antibiotic synthetase in complex with substrate analogue 2a

要素

CDA peptide synthetase I

キーワード

Phosphopantetheine binding protein / Nonribosomal peptide synthetase / condensation domain / chemical probe / substrate analogue

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / lipid biosynthetic process / catalytic activity / phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Bloudoff, K. / Alonzo, D.A. / Schmeing, T.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2016
タイトル: Chemical Probes Allow Structural Insight into the Condensation Reaction of Nonribosomal Peptide Synthetases.
著者: Bloudoff, K. / Alonzo, D.A. / Schmeing, T.M.

履歴

登録	2015年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5du9.cif.gz	499.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5du9.ent.gz	415.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5du9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5du9_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5du9_full_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示
XML形式データ	5du9_validation.xml.gz	43.3 KB	表示
CIF形式データ	5du9_validation.cif.gz	67.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/5du9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/5du9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5duaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gr5-1 4k4g-1 7c6j-1 3vvy-1 5dua-2 4g22-2 6jcu-1 6dna-1 3ocv-1 4zek-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (6) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CDA peptide synthetase I

B: CDA peptide synthetase I

ヘテロ分子

97.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CDA peptide synthetase I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CDA peptide synthetase I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	213.428, 213.428, 52.901
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	CDA peptide synthetase I 分子量: 48508.500 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues1-449 / 変異: E17C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア) 株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO3230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z4X6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-UM2 / (2S)-2-amino-N-butyl-propanamide / N-butyl-L-alaninamide タイプ: L-peptide linking / 分子量: 144.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆N₂O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.54 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25-27% PEG 3000, 0.2-0.25M Lithium Sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→42.17 Å / Num. obs: 135546 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 3.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.6→42.17 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1926	1656	1.4 %
R_work	0.1711	-	-
obs	0.1714	118454	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6452	0	27	1271	7750

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6662
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.839	9089
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.065	2413
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	1022
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1207

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6471	0.2733	136	0.251	9707	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6471-1.7003	0.2505	138	0.2359	9749	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7003-1.761	0.2609	138	0.2234	9738	X-RAY DIFFRACTION	100
1.761-1.8315	0.2833	137	0.2174	9746	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8315-1.9149	0.2247	139	0.1979	9739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9149-2.0158	0.1871	139	0.1879	9717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0158-2.1421	0.2169	138	0.1734	9717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1421-2.3075	0.1851	136	0.1621	9744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3075-2.5397	0.1766	138	0.16	9759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5397-2.9071	0.2025	137	0.1657	9750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9071-3.6624	0.1868	138	0.1589	9735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6624-42.17	0.1581	142	0.1519	9697	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6643	0.78	0.4009	2.9331	0.5006	1.8922	-0.2239	0.2023	0.2994	-0.3209	0.1845	-0.0326	-0.322	-0.1351	0.0459	0.2276	0.0231	-0.0244	0.1797	0.0298	0.079	17.4078	-7.2653	2.0286
2	1.3563	-0.1722	0.6131	1.3444	-0.1329	1.6427	-0.0474	-0.1252	0.0564	0.0735	0.0346	0.0322	0.0443	-0.2439	0.0072	0.1383	0.0056	0.0366	0.1645	-0.0124	0.0612	22.7932	-25.4643	17.1569
3	0.5492	0.89	-1.0724	4.3299	-1.052	2.3598	-0.0177	-0.1191	0.5208	0.0115	0.0389	-0.3817	0.0047	0.2054	-0.0233	0.0693	-0.0056	-0.0232	0.1907	-0.0474	0.6537	67.2034	-25.3516	25.3871
4	1.4191	-0.052	-0.6219	2.8917	-0.6616	1.7323	0.0408	-0.0472	0.7716	0.0436	-0.0456	-0.3719	-0.1286	0.24	0.022	0.1451	-0.0299	0.0052	0.1648	-0.0099	0.746	68.2341	-19.7938	22.92
5	0.322	1.7734	-0.0532	2.0015	-0.233	0.8218	0.0464	-0.1525	0.5831	0.9783	0.2112	0.4055	-0.2079	0.0455	-0.2471	0.3403	0.0276	0.0513	0.1889	-0.0738	0.4785	56.5486	-27.928	37.0999
6	1.5041	-0.3991	0.0014	1.4891	-0.2089	0.6482	0.1185	0.2825	0.0369	-0.2561	-0.1907	-0.2788	0.1899	0.0586	0.0914	0.2004	0.0283	0.0683	0.1698	-0.0071	0.1355	49.8586	-39.5611	11.6367
7	2.6696	1.293	2.1031	7.0525	7.4675	8.138	0.0078	-0.0738	0.3523	-0.0177	-0.5485	0.4121	-0.044	-0.5687	0.5252	0.1819	0.0036	0.0493	0.1492	0.0002	0.2299	50.8162	-36.8867	22.4578
8	2.1439	-1.5426	0.3423	2.5886	0.0352	1.7688	0.2233	0.3874	-0.1881	-0.1141	0.0963	-0.2739	0.3935	0.2599	-0.3138	0.1804	-0.0009	0.103	0.1311	0.0275	0.1135	49.6598	-41.2248	16.5134
9	4.9362	-2.1367	3.4721	1.8071	-2.3958	6.6077	0.0545	-0.2601	-0.391	0.0647	0.09	0.1516	0.1534	-0.2829	-0.1538	0.1851	-0.0182	0.0551	0.0385	-0.0358	0.138	47.6849	-44.5618	19.9925
10	0.7442	0.542	0.2064	0.4636	-0.1195	1.1906	0.0174	0.0139	0.6405	0.0262	-0.0514	-0.3243	0.0239	-0.0352	0.0291	0.1425	0.0234	0.0336	0.1649	-0.0004	0.4312	53.1581	-27.3047	17.2279
11	4.8181	-1.8053	-0.1583	1.4528	-0.5992	1.2424	0.2012	0.6723	0.4091	-0.4142	-0.2818	-0.4389	0.0914	0.1155	0.0456	0.2503	0.0584	0.1035	0.2407	0.0862	0.2451	52.8151	-32.0254	4.3246

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 181 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 182 through 449 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 6 through 58 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 59 through 180 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 181 through 206 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 207 through 282 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 283 through 303 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 304 through 323 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 324 through 353 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 354 through 378 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 379 through 447 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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