PDB-5dtp: Crystal structure of M. tuberculosis EchA6 (apo, trigonal crystal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dtp

タイトル

Crystal structure of M. tuberculosis EchA6 (apo, trigonal crystal form)

要素

Probable enoyl-CoA hydratase echA6

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / enoyl-CoA hydratase-like / lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-CoA hydratase / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / peptidoglycan-based cell wall / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Cox, J.A.G. / Besra, G.S. / Futterer, K.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: THPP target assignment reveals EchA6 as an essential fatty acid shuttle in mycobacteria.
著者: Cox, J.A. / Abrahams, K.A. / Alemparte, C. / Ghidelli-Disse, S. / Rullas, J. / Angulo-Barturen, I. / Singh, A. / Gurcha, S.S. / Nataraj, V. / Bethell, S. / Remuinan, M.J. / Encinas, L. / ...

履歴

登録	2015年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月14日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dtp.cif.gz	274.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dtp.ent.gz	221.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dtp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dtp_validation.pdf.gz	449.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dtp_full_validation.pdf.gz	451.8 KB	表示
XML形式データ	5dtp_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	5dtp_validation.cif.gz	40.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dtp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dtp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dtwC 5du4C 5du6C 5du8C 5ducC 5dufC 3he2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5duc-d 5dtw-2 5dtw-1 3he2-d 4q1h-d 3q0j-1 4knp-1 5du8-d 5du6-d 4fjw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable enoyl-CoA hydratase echA6

B: Probable enoyl-CoA hydratase echA6

C: Probable enoyl-CoA hydratase echA6

84.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.120, 103.120, 143.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	1 - 250
2	1	1	5	B	1 - 250
3	1	1	5	C	1 - 250

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.502539, -0.204278, -0.840075), (0.225501, 0.907079, -0.355468), (0.834628, -0.368074, -0.409777)	80.78642, -17.92671, -67.39784
3	given	(-0.495146, 0.229223, 0.838025), (-0.205517, 0.90629, -0.369325), (-0.844152, -0.355098, -0.401637)	100.59647, 8.01284, 34.21481

#1: タンパク質	Probable enoyl-CoA hydratase echA6 分子量: 28163.115 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: echA6, Rv0905, MTCY31.33 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WNP1, enoyl-CoA hydratase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 60% v/v polypropylene glycol 400 / PH範囲: 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→89.3 Å / Num. obs: 68929 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.065 / R_sym value: 0.065 / Net I/av σ(I): 15.9 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.91→1.96 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HE2

3he2

解像度: 1.91→89.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 4.762 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20099	3508	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1822	-	-	-
obs	0.18315	65376	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.515 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.91→89.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5284	0	0	326	5610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	5373
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.976	1.955	7292
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.039	5	706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.236	23.904	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.732	15	854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.15	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	4093
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	904	medium positional	0.22	0.5
B	904	medium positional	0.25	0.5
C	904	medium positional	0.14	0.5
A	778	loose positional	0.34	5
B	778	loose positional	0.38	5
C	778	loose positional	0.27	5
A	904	medium thermal	3.08	2
B	904	medium thermal	2.06	2
C	904	medium thermal	2.88	2
A	778	loose thermal	2.71	10
B	778	loose thermal	2.22	10
C	778	loose thermal	2.67	10

LS精密化シェル

解像度: 1.91→1.96 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.275	248	-
R_work	0.25	4514	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3439	0.087	0.4122	1.1064	0.254	1.5735	-0.0111	-0.2352	0.0315	0.2153	0.0461	-0.1361	-0.0126	0.1415	-0.0349	0.1411	0.0276	-0.0571	0.0928	-0.0112	0.0842	72.681	0.692	3.696
2	1.22	-0.1216	-0.0534	1.0344	0.3387	1.7727	0.0212	0.2432	-0.0311	-0.1621	0.0205	-0.1504	0.0129	0.1762	-0.0417	0.1185	0.0254	0.0159	0.0811	-0.0092	0.0687	67.192	-7.724	-28.663
3	1.5609	-0.1443	-0.2097	1.0222	-0.0764	0.8803	-0.0222	-0.0514	-0.0288	0.0649	0.0468	0.1943	0.0094	-0.1872	-0.0245	0.0917	0.0144	0.0058	0.0645	0.0276	0.0652	41.111	-2.245	-8.46

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 240
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 240
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 240

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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