PDB-5dtl: Crystal structure of mEos2-A69T fluorescent protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dtl

タイトル

Crystal structure of mEos2-A69T fluorescent protein

要素

Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / mEos2 / blinking

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Berardozzi, R. / Adam, V. / Martins, A. / Bourgeois, D.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Arginine 66 Controls Dark-State Formation in Green-to-Red Photoconvertible Fluorescent Proteins.
著者: Berardozzi, R. / Adam, V. / Martins, A. / Bourgeois, D.

履歴

登録	2015年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月13日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月27日	Group: Database references
改定 2.0	2021年9月1日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1 / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.mon_id
改定 3.0	2023年11月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 3.1	2024年1月10日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 3.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dtl.cif.gz	533.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dtl.ent.gz	438.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dtl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5dtl_validation.pdf.gz	502.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dtl_full_validation.pdf.gz	538.2 KB	表示
XML形式データ	5dtl_validation.xml.gz	98.7 KB	表示
CIF形式データ	5dtl_validation.cif.gz	125.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dtl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dtl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3s05S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gob-d 2a46-1 4uts-d 2p4m-2 5exc-3 2pxw-2 6nqp-2 2icr-1 4hq8-1 4ppk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

B: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

C: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

D: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

E: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

F: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

G: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

H: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

I: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

J: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

K: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

L: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

311 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

D: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

E: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

J: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

F: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

G: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

K: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

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3

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H: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

I: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

L: Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP

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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.370, 96.500, 100.060
Angle α, β, γ (deg.)	91.68, 107.83, 97.38
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	PHE	PHE	A	A	2 - 61	2 - 61
2	1	SER	SER	PHE	PHE	B	B	2 - 61	2 - 61
1	2	SER	SER	PHE	PHE	A	A	2 - 61	2 - 61
2	2	SER	SER	PHE	PHE	C	C	2 - 61	2 - 61
1	3	SER	SER	PHE	PHE	A	A	2 - 61	2 - 61
2	3	SER	SER	PHE	PHE	D	D	2 - 61	2 - 61
1	4	SER	SER	PHE	PHE	A	A	2 - 61	2 - 61
2	4	SER	SER	PHE	PHE	E	E	2 - 61	2 - 61
1	5	SER	SER	PHE	PHE	A	A	2 - 61	2 - 61
2	5	SER	SER	PHE	PHE	F	F	2 - 61	2 - 61
1	6	SER	SER	PHE	PHE	A	A	2 - 61	2 - 61
2	6	SER	SER	PHE	PHE	G	G	2 - 61	2 - 61
1	7	SER	SER	PHE	PHE	A	A	2 - 61	2 - 61
2	7	SER	SER	PHE	PHE	H	H	2 - 61	2 - 61
1	8	SER	SER	PHE	PHE	A	A	2 - 61	2 - 61
2	8	SER	SER	PHE	PHE	I	I	2 - 61	2 - 61
1	9	SER	SER	PHE	PHE	A	A	2 - 61	2 - 61
2	9	SER	SER	PHE	PHE	J	J	2 - 61	2 - 61
1	10	SER	SER	PHE	PHE	A	A	2 - 61	2 - 61
2	10	SER	SER	PHE	PHE	K	K	2 - 61	2 - 61
1	11	SER	SER	PHE	PHE	A	A	2 - 61	2 - 61
2	11	SER	SER	PHE	PHE	L	L	2 - 61	2 - 61
1	12	ASN	ASN	ASN	ASN	A	A	65 - 223	63 - 221
2	12	ASN	ASN	ASN	ASN	B	B	65 - 223	63 - 221
1	13	ASN	ASN	ASN	ASN	A	A	65 - 223	63 - 221
2	13	ASN	ASN	ASN	ASN	C	C	65 - 223	63 - 221
1	14	ASN	ASN	ASN	ASN	A	A	65 - 223	63 - 221
2	14	ASN	ASN	ASN	ASN	D	D	65 - 223	63 - 221
1	15	ASN	ASN	ASN	ASN	A	A	65 - 223	63 - 221
2	15	ASN	ASN	ASN	ASN	E	E	65 - 223	63 - 221
1	16	ASN	ASN	ASN	ASN	A	A	65 - 223	63 - 221
2	16	ASN	ASN	ASN	ASN	F	F	65 - 223	63 - 221
1	17	ASN	ASN	ASN	ASN	A	A	65 - 223	63 - 221
2	17	ASN	ASN	ASN	ASN	G	G	65 - 223	63 - 221
1	18	ASN	ASN	ASN	ASN	A	A	65 - 223	63 - 221
2	18	ASN	ASN	ASN	ASN	H	H	65 - 223	63 - 221
1	19	ASN	ASN	ASN	ASN	A	A	65 - 223	63 - 221
2	19	ASN	ASN	ASN	ASN	I	I	65 - 223	63 - 221
1	20	ASN	ASN	ASN	ASN	A	A	65 - 223	63 - 221
2	20	ASN	ASN	ASN	ASN	J	J	65 - 223	63 - 221
1	21	ASN	ASN	ASN	ASN	A	A	65 - 223	63 - 221
2	21	ASN	ASN	ASN	ASN	K	K	65 - 223	63 - 221
1	22	ASN	ASN	ASN	ASN	A	A	65 - 223	63 - 221
2	22	ASN	ASN	ASN	ASN	L	L	65 - 223	63 - 221
1	23	SER	SER	PHE	PHE	B	B	2 - 61	2 - 61
2	23	SER	SER	PHE	PHE	C	C	2 - 61	2 - 61
1	24	SER	SER	PHE	PHE	B	B	2 - 61	2 - 61
2	24	SER	SER	PHE	PHE	D	D	2 - 61	2 - 61
1	25	SER	SER	PHE	PHE	B	B	2 - 61	2 - 61
2	25	SER	SER	PHE	PHE	E	E	2 - 61	2 - 61
1	26	SER	SER	PHE	PHE	B	B	2 - 61	2 - 61
2	26	SER	SER	PHE	PHE	F	F	2 - 61	2 - 61
1	27	SER	SER	PHE	PHE	B	B	2 - 61	2 - 61
2	27	SER	SER	PHE	PHE	G	G	2 - 61	2 - 61
1	28	SER	SER	PHE	PHE	B	B	2 - 61	2 - 61
2	28	SER	SER	PHE	PHE	H	H	2 - 61	2 - 61
1	29	SER	SER	PHE	PHE	B	B	2 - 61	2 - 61
2	29	SER	SER	PHE	PHE	I	I	2 - 61	2 - 61
1	30	SER	SER	PHE	PHE	B	B	2 - 61	2 - 61
2	30	SER	SER	PHE	PHE	J	J	2 - 61	2 - 61
1	31	SER	SER	PHE	PHE	B	B	2 - 61	2 - 61
2	31	SER	SER	PHE	PHE	K	K	2 - 61	2 - 61
1	32	SER	SER	PHE	PHE	B	B	2 - 61	2 - 61
2	32	SER	SER	PHE	PHE	L	L	2 - 61	2 - 61
1	33	ASN	ASN	ASN	ASN	B	B	65 - 223	63 - 221
2	33	ASN	ASN	ASN	ASN	C	C	65 - 223	63 - 221
1	34	ASN	ASN	ASN	ASN	B	B	65 - 223	63 - 221
2	34	ASN	ASN	ASN	ASN	D	D	65 - 223	63 - 221
1	35	ASN	ASN	ASN	ASN	B	B	65 - 223	63 - 221
2	35	ASN	ASN	ASN	ASN	E	E	65 - 223	63 - 221
1	36	ASN	ASN	ASN	ASN	B	B	65 - 223	63 - 221
2	36	ASN	ASN	ASN	ASN	F	F	65 - 223	63 - 221
1	37	ASN	ASN	ASN	ASN	B	B	65 - 223	63 - 221
2	37	ASN	ASN	ASN	ASN	G	G	65 - 223	63 - 221
1	38	ASN	ASN	ASN	ASN	B	B	65 - 223	63 - 221
2	38	ASN	ASN	ASN	ASN	H	H	65 - 223	63 - 221
1	39	ASN	ASN	ASN	ASN	B	B	65 - 223	63 - 221
2	39	ASN	ASN	ASN	ASN	I	I	65 - 223	63 - 221
1	40	ASN	ASN	ASN	ASN	B	B	65 - 223	63 - 221
2	40	ASN	ASN	ASN	ASN	J	J	65 - 223	63 - 221
1	41	ASN	ASN	ASN	ASN	B	B	65 - 223	63 - 221
2	41	ASN	ASN	ASN	ASN	K	K	65 - 223	63 - 221
1	42	ASN	ASN	ASN	ASN	B	B	65 - 223	63 - 221
2	42	ASN	ASN	ASN	ASN	L	L	65 - 223	63 - 221
1	43	SER	SER	PHE	PHE	C	C	2 - 61	2 - 61
2	43	SER	SER	PHE	PHE	D	D	2 - 61	2 - 61
1	44	SER	SER	PHE	PHE	C	C	2 - 61	2 - 61
2	44	SER	SER	PHE	PHE	E	E	2 - 61	2 - 61
1	45	SER	SER	PHE	PHE	C	C	2 - 61	2 - 61
2	45	SER	SER	PHE	PHE	F	F	2 - 61	2 - 61
1	46	SER	SER	PHE	PHE	C	C	2 - 61	2 - 61
2	46	SER	SER	PHE	PHE	G	G	2 - 61	2 - 61
1	47	SER	SER	PHE	PHE	C	C	2 - 61	2 - 61
2	47	SER	SER	PHE	PHE	H	H	2 - 61	2 - 61
1	48	SER	SER	PHE	PHE	C	C	2 - 61	2 - 61
2	48	SER	SER	PHE	PHE	I	I	2 - 61	2 - 61
1	49	SER	SER	PHE	PHE	C	C	2 - 61	2 - 61
2	49	SER	SER	PHE	PHE	J	J	2 - 61	2 - 61
1	50	SER	SER	PHE	PHE	C	C	2 - 61	2 - 61
2	50	SER	SER	PHE	PHE	K	K	2 - 61	2 - 61
1	51	SER	SER	PHE	PHE	C	C	2 - 61	2 - 61
2	51	SER	SER	PHE	PHE	L	L	2 - 61	2 - 61
1	52	ASN	ASN	ASN	ASN	C	C	65 - 223	63 - 221
2	52	ASN	ASN	ASN	ASN	D	D	65 - 223	63 - 221
1	53	ASN	ASN	ASN	ASN	C	C	65 - 223	63 - 221
2	53	ASN	ASN	ASN	ASN	E	E	65 - 223	63 - 221
1	54	ASN	ASN	ASN	ASN	C	C	65 - 223	63 - 221
2	54	ASN	ASN	ASN	ASN	F	F	65 - 223	63 - 221
1	55	ASN	ASN	ASN	ASN	C	C	65 - 223	63 - 221
2	55	ASN	ASN	ASN	ASN	G	G	65 - 223	63 - 221
1	56	ASN	ASN	ASN	ASN	C	C	65 - 223	63 - 221
2	56	ASN	ASN	ASN	ASN	H	H	65 - 223	63 - 221
1	57	ASN	ASN	ASN	ASN	C	C	65 - 223	63 - 221
2	57	ASN	ASN	ASN	ASN	I	I	65 - 223	63 - 221
1	58	ASN	ASN	ASN	ASN	C	C	65 - 223	63 - 221
2	58	ASN	ASN	ASN	ASN	J	J	65 - 223	63 - 221
1	59	ASN	ASN	ASN	ASN	C	C	65 - 223	63 - 221
2	59	ASN	ASN	ASN	ASN	K	K	65 - 223	63 - 221
1	60	ASN	ASN	ASN	ASN	C	C	65 - 223	63 - 221
2	60	ASN	ASN	ASN	ASN	L	L	65 - 223	63 - 221
1	61	SER	SER	PHE	PHE	D	D	2 - 61	2 - 61
2	61	SER	SER	PHE	PHE	E	E	2 - 61	2 - 61
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1	64	SER	SER	PHE	PHE	D	D	2 - 61	2 - 61
2	64	SER	SER	PHE	PHE	H	H	2 - 61	2 - 61
1	65	SER	SER	PHE	PHE	D	D	2 - 61	2 - 61
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1	66	SER	SER	PHE	PHE	D	D	2 - 61	2 - 61
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1	67	SER	SER	PHE	PHE	D	D	2 - 61	2 - 61
2	67	SER	SER	PHE	PHE	K	K	2 - 61	2 - 61
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2	68	SER	SER	PHE	PHE	L	L	2 - 61	2 - 61
1	69	ASN	ASN	ASN	ASN	D	D	65 - 223	63 - 221
2	69	ASN	ASN	ASN	ASN	E	E	65 - 223	63 - 221
1	70	ASN	ASN	ASN	ASN	D	D	65 - 223	63 - 221
2	70	ASN	ASN	ASN	ASN	F	F	65 - 223	63 - 221
1	71	ASN	ASN	ASN	ASN	D	D	65 - 223	63 - 221
2	71	ASN	ASN	ASN	ASN	G	G	65 - 223	63 - 221
1	72	ASN	ASN	ASN	ASN	D	D	65 - 223	63 - 221
2	72	ASN	ASN	ASN	ASN	H	H	65 - 223	63 - 221
1	73	ASN	ASN	ASN	ASN	D	D	65 - 223	63 - 221
2	73	ASN	ASN	ASN	ASN	I	I	65 - 223	63 - 221
1	74	ASN	ASN	ASN	ASN	D	D	65 - 223	63 - 221
2	74	ASN	ASN	ASN	ASN	J	J	65 - 223	63 - 221
1	75	ASN	ASN	ASN	ASN	D	D	65 - 223	63 - 221
2	75	ASN	ASN	ASN	ASN	K	K	65 - 223	63 - 221
1	76	ASN	ASN	ASN	ASN	D	D	65 - 223	63 - 221
2	76	ASN	ASN	ASN	ASN	L	L	65 - 223	63 - 221
1	77	SER	SER	PHE	PHE	E	E	2 - 61	2 - 61
2	77	SER	SER	PHE	PHE	F	F	2 - 61	2 - 61
1	78	SER	SER	PHE	PHE	E	E	2 - 61	2 - 61
2	78	SER	SER	PHE	PHE	G	G	2 - 61	2 - 61
1	79	SER	SER	PHE	PHE	E	E	2 - 61	2 - 61
2	79	SER	SER	PHE	PHE	H	H	2 - 61	2 - 61
1	80	SER	SER	PHE	PHE	E	E	2 - 61	2 - 61
2	80	SER	SER	PHE	PHE	I	I	2 - 61	2 - 61
1	81	SER	SER	PHE	PHE	E	E	2 - 61	2 - 61
2	81	SER	SER	PHE	PHE	J	J	2 - 61	2 - 61
1	82	SER	SER	PHE	PHE	E	E	2 - 61	2 - 61
2	82	SER	SER	PHE	PHE	K	K	2 - 61	2 - 61
1	83	SER	SER	PHE	PHE	E	E	2 - 61	2 - 61
2	83	SER	SER	PHE	PHE	L	L	2 - 61	2 - 61
1	84	ASN	ASN	ASN	ASN	E	E	65 - 223	63 - 221
2	84	ASN	ASN	ASN	ASN	F	F	65 - 223	63 - 221
1	85	ASN	ASN	ASN	ASN	E	E	65 - 223	63 - 221
2	85	ASN	ASN	ASN	ASN	G	G	65 - 223	63 - 221
1	86	ASN	ASN	ASN	ASN	E	E	65 - 223	63 - 221
2	86	ASN	ASN	ASN	ASN	H	H	65 - 223	63 - 221
1	87	ASN	ASN	ASN	ASN	E	E	65 - 223	63 - 221
2	87	ASN	ASN	ASN	ASN	I	I	65 - 223	63 - 221
1	88	ASN	ASN	ASN	ASN	E	E	65 - 223	63 - 221
2	88	ASN	ASN	ASN	ASN	J	J	65 - 223	63 - 221
1	89	ASN	ASN	ASN	ASN	E	E	65 - 223	63 - 221
2	89	ASN	ASN	ASN	ASN	K	K	65 - 223	63 - 221
1	90	ASN	ASN	ASN	ASN	E	E	65 - 223	63 - 221
2	90	ASN	ASN	ASN	ASN	L	L	65 - 223	63 - 221
1	91	SER	SER	PHE	PHE	F	F	2 - 61	2 - 61
2	91	SER	SER	PHE	PHE	G	G	2 - 61	2 - 61
1	92	SER	SER	PHE	PHE	F	F	2 - 61	2 - 61
2	92	SER	SER	PHE	PHE	H	H	2 - 61	2 - 61
1	93	SER	SER	PHE	PHE	F	F	2 - 61	2 - 61
2	93	SER	SER	PHE	PHE	I	I	2 - 61	2 - 61
1	94	SER	SER	PHE	PHE	F	F	2 - 61	2 - 61
2	94	SER	SER	PHE	PHE	J	J	2 - 61	2 - 61
1	95	SER	SER	PHE	PHE	F	F	2 - 61	2 - 61
2	95	SER	SER	PHE	PHE	K	K	2 - 61	2 - 61
1	96	SER	SER	PHE	PHE	F	F	2 - 61	2 - 61
2	96	SER	SER	PHE	PHE	L	L	2 - 61	2 - 61
1	97	ASN	ASN	ASN	ASN	F	F	65 - 223	63 - 221
2	97	ASN	ASN	ASN	ASN	G	G	65 - 223	63 - 221
1	98	ASN	ASN	ASN	ASN	F	F	65 - 223	63 - 221
2	98	ASN	ASN	ASN	ASN	H	H	65 - 223	63 - 221
1	99	ASN	ASN	ASN	ASN	F	F	65 - 223	63 - 221
2	99	ASN	ASN	ASN	ASN	I	I	65 - 223	63 - 221
1	100	ASN	ASN	ASN	ASN	F	F	65 - 223	63 - 221
2	100	ASN	ASN	ASN	ASN	J	J	65 - 223	63 - 221
1	101	ASN	ASN	ASN	ASN	F	F	65 - 223	63 - 221
2	101	ASN	ASN	ASN	ASN	K	K	65 - 223	63 - 221
1	102	ASN	ASN	ASN	ASN	F	F	65 - 223	63 - 221
2	102	ASN	ASN	ASN	ASN	L	L	65 - 223	63 - 221
1	103	SER	SER	PHE	PHE	G	G	2 - 61	2 - 61
2	103	SER	SER	PHE	PHE	H	H	2 - 61	2 - 61
1	104	SER	SER	PHE	PHE	G	G	2 - 61	2 - 61
2	104	SER	SER	PHE	PHE	I	I	2 - 61	2 - 61
1	105	SER	SER	PHE	PHE	G	G	2 - 61	2 - 61
2	105	SER	SER	PHE	PHE	J	J	2 - 61	2 - 61
1	106	SER	SER	PHE	PHE	G	G	2 - 61	2 - 61
2	106	SER	SER	PHE	PHE	K	K	2 - 61	2 - 61
1	107	SER	SER	PHE	PHE	G	G	2 - 61	2 - 61
2	107	SER	SER	PHE	PHE	L	L	2 - 61	2 - 61
1	108	ASN	ASN	ASN	ASN	G	G	65 - 223	63 - 221
2	108	ASN	ASN	ASN	ASN	H	H	65 - 223	63 - 221
1	109	ASN	ASN	ASN	ASN	G	G	65 - 223	63 - 221
2	109	ASN	ASN	ASN	ASN	I	I	65 - 223	63 - 221
1	110	ASN	ASN	ASN	ASN	G	G	65 - 223	63 - 221
2	110	ASN	ASN	ASN	ASN	J	J	65 - 223	63 - 221
1	111	ASN	ASN	ASN	ASN	G	G	65 - 223	63 - 221
2	111	ASN	ASN	ASN	ASN	K	K	65 - 223	63 - 221
1	112	ASN	ASN	ASN	ASN	G	G	65 - 223	63 - 221
2	112	ASN	ASN	ASN	ASN	L	L	65 - 223	63 - 221
1	113	SER	SER	PHE	PHE	H	H	2 - 61	2 - 61
2	113	SER	SER	PHE	PHE	I	I	2 - 61	2 - 61
1	114	SER	SER	PHE	PHE	H	H	2 - 61	2 - 61
2	114	SER	SER	PHE	PHE	J	J	2 - 61	2 - 61
1	115	SER	SER	PHE	PHE	H	H	2 - 61	2 - 61
2	115	SER	SER	PHE	PHE	K	K	2 - 61	2 - 61
1	116	SER	SER	PHE	PHE	H	H	2 - 61	2 - 61
2	116	SER	SER	PHE	PHE	L	L	2 - 61	2 - 61
1	117	ASN	ASN	ASN	ASN	H	H	65 - 223	63 - 221
2	117	ASN	ASN	ASN	ASN	I	I	65 - 223	63 - 221
1	118	ASN	ASN	ASN	ASN	H	H	65 - 223	63 - 221
2	118	ASN	ASN	ASN	ASN	J	J	65 - 223	63 - 221
1	119	ASN	ASN	ASN	ASN	H	H	65 - 223	63 - 221
2	119	ASN	ASN	ASN	ASN	K	K	65 - 223	63 - 221
1	120	ASN	ASN	ASN	ASN	H	H	65 - 223	63 - 221
2	120	ASN	ASN	ASN	ASN	L	L	65 - 223	63 - 221
1	121	SER	SER	PHE	PHE	I	I	2 - 61	2 - 61
2	121	SER	SER	PHE	PHE	J	J	2 - 61	2 - 61
1	122	SER	SER	PHE	PHE	I	I	2 - 61	2 - 61
2	122	SER	SER	PHE	PHE	K	K	2 - 61	2 - 61
1	123	SER	SER	PHE	PHE	I	I	2 - 61	2 - 61
2	123	SER	SER	PHE	PHE	L	L	2 - 61	2 - 61
1	124	ASN	ASN	ASN	ASN	I	I	65 - 223	63 - 221
2	124	ASN	ASN	ASN	ASN	J	J	65 - 223	63 - 221
1	125	ASN	ASN	ASN	ASN	I	I	65 - 223	63 - 221
2	125	ASN	ASN	ASN	ASN	K	K	65 - 223	63 - 221
1	126	ASN	ASN	ASN	ASN	I	I	65 - 223	63 - 221
2	126	ASN	ASN	ASN	ASN	L	L	65 - 223	63 - 221
1	127	SER	SER	PHE	PHE	J	J	2 - 61	2 - 61
2	127	SER	SER	PHE	PHE	K	K	2 - 61	2 - 61
1	128	SER	SER	PHE	PHE	J	J	2 - 61	2 - 61
2	128	SER	SER	PHE	PHE	L	L	2 - 61	2 - 61
1	129	ASN	ASN	ASN	ASN	J	J	65 - 223	63 - 221
2	129	ASN	ASN	ASN	ASN	K	K	65 - 223	63 - 221
1	130	ASN	ASN	ASN	ASN	J	J	65 - 223	63 - 221
2	130	ASN	ASN	ASN	ASN	L	L	65 - 223	63 - 221
1	131	SER	SER	PHE	PHE	K	K	2 - 61	2 - 61
2	131	SER	SER	PHE	PHE	L	L	2 - 61	2 - 61
1	132	ASN	ASN	ASN	ASN	K	K	65 - 223	63 - 221
2	132	ASN	ASN	ASN	ASN	L	L	65 - 223	63 - 221

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP 分子量: 25893.434 Da / 分子数: 12 / 変異: A69T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ) プラスミド: pRSET-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5S6Z9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.2 M chloride hexahydrate, 0.1 M Tris, 30% w/v polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.872 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月15日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→95.45 Å / Num. obs: 67723 / % possible obs: 95.42 % / 冗長度: 1.7 % / B_iso Wilson estimate: 35.46 Å² / R_sym value: 0.101 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 2.7→2.78 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 95.48

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0071	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3S05

3s05

解像度: 2.7→95.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 15.972 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.377 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23151	3344	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21088	-	-	-
obs	0.21189	64379	95.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0.06 Å²	-0.01 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0.01 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→95.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21444	0	0	471	21915

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	22056
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	20412
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.195	1.963	29688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.968	3	47172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.335	5	2604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.315	24.157	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.77	15	3756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.726	15	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	3000
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	24816
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	5280
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.114	3.43	10512
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.113	3.429	10511
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.407	5.139	13068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.408	5.139	13069
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.414	3.644	11544
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.414	3.645	11545
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.941	5.358	16621
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.237	26.596	23250
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.226	26.605	23185
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	2949	0.14
1	2	B	2949	0.14
2	1	A	2905	0.17
2	2	C	2905	0.17
3	1	A	2925	0.16
3	2	D	2925	0.16
4	1	A	2916	0.15
4	2	E	2916	0.15
5	1	A	2875	0.15
5	2	F	2875	0.15
6	1	A	2921	0.15
6	2	G	2921	0.15
7	1	A	2976	0.15
7	2	H	2976	0.15
8	1	A	2915	0.16
8	2	I	2915	0.16
9	1	A	2961	0.14
9	2	J	2961	0.14
10	1	A	2945	0.15
10	2	K	2945	0.15
11	1	A	2883	0.16
11	2	L	2883	0.16
12	1	A	8641	0.11
12	2	B	8641	0.11
13	1	A	8727	0.11
13	2	C	8727	0.11
14	1	A	8515	0.13
14	2	D	8515	0.13
15	1	A	8601	0.11
15	2	E	8601	0.11
16	1	A	8543	0.12
16	2	F	8543	0.12
17	1	A	8472	0.12
17	2	G	8472	0.12
18	1	A	8528	0.12
18	2	H	8528	0.12
19	1	A	8589	0.12
19	2	I	8589	0.12
20	1	A	8518	0.12
20	2	J	8518	0.12
21	1	A	8488	0.13
21	2	K	8488	0.13
22	1	A	8730	0.11
22	2	L	8730	0.11
23	1	B	2979	0.15
23	2	C	2979	0.15
24	1	B	3021	0.14
24	2	D	3021	0.14
25	1	B	3150	0.09
25	2	E	3150	0.09
26	1	B	3007	0.14
26	2	F	3007	0.14
27	1	B	2977	0.14
27	2	G	2977	0.14
28	1	B	3028	0.12
28	2	H	3028	0.12
29	1	B	2993	0.14
29	2	I	2993	0.14
30	1	B	3034	0.13
30	2	J	3034	0.13
31	1	B	2957	0.14
31	2	K	2957	0.14
32	1	B	2986	0.12
32	2	L	2986	0.12
33	1	B	8638	0.12
33	2	C	8638	0.12
34	1	B	8626	0.13
34	2	D	8626	0.13
35	1	B	8600	0.12
35	2	E	8600	0.12
36	1	B	8526	0.12
36	2	F	8526	0.12
37	1	B	8456	0.13
37	2	G	8456	0.13
38	1	B	8626	0.12
38	2	H	8626	0.12
39	1	B	8531	0.12
39	2	I	8531	0.12
40	1	B	8482	0.13
40	2	J	8482	0.13
41	1	B	8537	0.12
41	2	K	8537	0.12
42	1	B	8702	0.11
42	2	L	8702	0.11
43	1	C	2976	0.13
43	2	D	2976	0.13
44	1	C	2949	0.14
44	2	E	2949	0.14
45	1	C	2928	0.16
45	2	F	2928	0.16
46	1	C	2949	0.16
46	2	G	2949	0.16
47	1	C	2975	0.15
47	2	H	2975	0.15
48	1	C	3042	0.14
48	2	I	3042	0.14
49	1	C	2996	0.14
49	2	J	2996	0.14
50	1	C	2942	0.15
50	2	K	2942	0.15
51	1	C	2925	0.15
51	2	L	2925	0.15
52	1	C	8546	0.13
52	2	D	8546	0.13
53	1	C	8678	0.11
53	2	E	8678	0.11
54	1	C	8607	0.12
54	2	F	8607	0.12
55	1	C	8517	0.12
55	2	G	8517	0.12
56	1	C	8643	0.12
56	2	H	8643	0.12
57	1	C	8581	0.12
57	2	I	8581	0.12
58	1	C	8555	0.12
58	2	J	8555	0.12
59	1	C	8445	0.13
59	2	K	8445	0.13
60	1	C	8717	0.11
60	2	L	8717	0.11
61	1	D	3016	0.13
61	2	E	3016	0.13
62	1	D	2963	0.14
62	2	F	2963	0.14
63	1	D	2968	0.16
63	2	G	2968	0.16
64	1	D	3036	0.13
64	2	H	3036	0.13
65	1	D	2977	0.14
65	2	I	2977	0.14
66	1	D	3012	0.14
66	2	J	3012	0.14
67	1	D	3007	0.13
67	2	K	3007	0.13
68	1	D	2973	0.15
68	2	L	2973	0.15
69	1	D	8555	0.12
69	2	E	8555	0.12
70	1	D	8410	0.13
70	2	F	8410	0.13
71	1	D	8516	0.12
71	2	G	8516	0.12
72	1	D	8462	0.13
72	2	H	8462	0.13
73	1	D	8491	0.13
73	2	I	8491	0.13
74	1	D	8401	0.14
74	2	J	8401	0.14
75	1	D	8322	0.14
75	2	K	8322	0.14
76	1	D	8600	0.12
76	2	L	8600	0.12
77	1	E	3006	0.14
77	2	F	3006	0.14
78	1	E	2973	0.14
78	2	G	2973	0.14
79	1	E	3029	0.11
79	2	H	3029	0.11
80	1	E	2959	0.14
80	2	I	2959	0.14
81	1	E	3006	0.13
81	2	J	3006	0.13
82	1	E	2940	0.14
82	2	K	2940	0.14
83	1	E	2974	0.13
83	2	L	2974	0.13
84	1	E	8575	0.12
84	2	F	8575	0.12
85	1	E	8633	0.12
85	2	G	8633	0.12
86	1	E	8564	0.12
86	2	H	8564	0.12
87	1	E	8577	0.12
87	2	I	8577	0.12
88	1	E	8583	0.12
88	2	J	8583	0.12
89	1	E	8435	0.13
89	2	K	8435	0.13
90	1	E	8578	0.11
90	2	L	8578	0.11
91	1	F	2926	0.13
91	2	G	2926	0.13
92	1	F	2944	0.14
92	2	H	2944	0.14
93	1	F	2878	0.16
93	2	I	2878	0.16
94	1	F	2947	0.14
94	2	J	2947	0.14
95	1	F	2883	0.15
95	2	K	2883	0.15
96	1	F	2865	0.16
96	2	L	2865	0.16
97	1	F	8472	0.13
97	2	G	8472	0.13
98	1	F	8506	0.12
98	2	H	8506	0.12
99	1	F	8550	0.12
99	2	I	8550	0.12
100	1	F	8446	0.13
100	2	J	8446	0.13
101	1	F	8567	0.13
101	2	K	8567	0.13
102	1	F	8520	0.12
102	2	L	8520	0.12
103	1	G	3067	0.12
103	2	H	3067	0.12
104	1	G	2988	0.14
104	2	I	2988	0.14
105	1	G	2968	0.14
105	2	J	2968	0.14
106	1	G	2978	0.15
106	2	K	2978	0.15
107	1	G	2981	0.14
107	2	L	2981	0.14
108	1	G	8404	0.13
108	2	H	8404	0.13
109	1	G	8589	0.12
109	2	I	8589	0.12
110	1	G	8362	0.14
110	2	J	8362	0.14
111	1	G	8437	0.14
111	2	K	8437	0.14
112	1	G	8409	0.13
112	2	L	8409	0.13
113	1	H	2961	0.15
113	2	I	2961	0.15
114	1	H	3039	0.11
114	2	J	3039	0.11
115	1	H	3041	0.13
115	2	K	3041	0.13
116	1	H	3058	0.13
116	2	L	3058	0.13
117	1	H	8473	0.12
117	2	I	8473	0.12
118	1	H	8503	0.13
118	2	J	8503	0.13
119	1	H	8346	0.14
119	2	K	8346	0.14
120	1	H	8576	0.12
120	2	L	8576	0.12
121	1	I	2951	0.15
121	2	J	2951	0.15
122	1	I	2945	0.15
122	2	K	2945	0.15
123	1	I	2916	0.16
123	2	L	2916	0.16
124	1	I	8426	0.14
124	2	J	8426	0.14
125	1	I	8507	0.13
125	2	K	8507	0.13
126	1	I	8565	0.12
126	2	L	8565	0.12
127	1	J	2990	0.13
127	2	K	2990	0.13
128	1	J	3005	0.14
128	2	L	3005	0.14
129	1	J	8352	0.14
129	2	K	8352	0.14
130	1	J	8512	0.13
130	2	L	8512	0.13
131	1	K	3007	0.13
131	2	L	3007	0.13
132	1	K	8490	0.13
132	2	L	8490	0.13

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	259	-
R_work	0.32	4771	-
obs	-	-	95.45 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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