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- PDB-5dt1: Crystal structure of human Fab CAP256-VRC26.25, a potent V1V2-dir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dt1
タイトルCrystal structure of human Fab CAP256-VRC26.25, a potent V1V2-directed HIV-1 broadly neutralizing antibody
要素
  • Fab Heavy chain of broadly neutralizing antibody VRC26.25
  • Fab Light chain of broadly neutralizing antibody VRC26.25
キーワードIMMUNE SYSTEM / VRC26 / CAP256 / V1V2 / HIV-1 / Env / Envelope / Broadly Neutralizing / superinfection
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.954 Å
データ登録者Gorman, J. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: New Member of the V1V2-Directed CAP256-VRC26 Lineage That Shows Increased Breadth and Exceptional Potency.
著者: Doria-Rose, N.A. / Bhiman, J.N. / Roark, R.S. / Schramm, C.A. / Gorman, J. / Chuang, G.Y. / Pancera, M. / Cale, E.M. / Ernandes, M.J. / Louder, M.K. / Asokan, M. / Bailer, R.T. / Druz, A. / ...著者: Doria-Rose, N.A. / Bhiman, J.N. / Roark, R.S. / Schramm, C.A. / Gorman, J. / Chuang, G.Y. / Pancera, M. / Cale, E.M. / Ernandes, M.J. / Louder, M.K. / Asokan, M. / Bailer, R.T. / Druz, A. / Fraschilla, I.R. / Garrett, N.J. / Jarosinski, M. / Lynch, R.M. / McKee, K. / O'Dell, S. / Pegu, A. / Schmidt, S.D. / Staupe, R.P. / Sutton, M.S. / Wang, K. / Wibmer, C.K. / Haynes, B.F. / Abdool-Karim, S. / Shapiro, L. / Kwong, P.D. / Moore, P.L. / Morris, L. / Mascola, J.R.
履歴
登録2015年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22015年12月30日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab Heavy chain of broadly neutralizing antibody VRC26.25
L: Fab Light chain of broadly neutralizing antibody VRC26.25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7233
ポリマ－51,1362
非ポリマー5871
水5,999333
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area22010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.016, 77.027, 85.227
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-356-

HOH

21L-564-

HOH

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要素

#1: 抗体 Fab Heavy chain of broadly neutralizing antibody VRC26.25


分子量: 28083.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi 293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab Light chain of broadly neutralizing antibody VRC26.25


分子量: 23052.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi 293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: Crystals grown in a reservoir solution of 23% PEG 8000 and 0.1M HEPES pH 7.5 and flash frozen in liquid nitrogen with 20% PEG 400 as a cryoprotectant
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.954→42.614 Å / Num. obs: 33667 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 24.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.125 / Χ2: 1.017 / Net I/av σ(I): 11.969 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 179032
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.97-2.041.60.32918410.8170.2830.4361.03950.4
2.04-2.121.90.30525670.8130.240.391.06270.8
2.12-2.222.50.30132260.8520.2120.3711.06187.8
2.22-2.343.50.31635740.8780.1890.3711.07597.9
2.34-2.4850.30436670.9390.1480.3391.06399.8
2.48-2.676.40.2737160.9610.1150.2941.052100
2.67-2.947.20.19536690.9840.0780.211.025100
2.94-3.377.40.13437160.990.0530.1441.065100
3.37-4.247.30.09237530.9940.0360.0990.943100
4.24-5070.07639380.9930.0310.0820.94299.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OD1

4od1


解像度: 1.954→42.614 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2146 1684 5.01 %
Rwork0.1693 31938 -
obs0.1716 33622 89.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 174.03 Å2 / Biso mean: 33.7624 Å2 / Biso min: 12.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.954→42.614 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3484 0 72 333 3889
Biso mean--92.28 37.25 -
残基数----460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073617
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8894941
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055561
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006626
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6072152
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9537-2.01120.2542660.2451148121440
2.0112-2.07610.2845950.21831873196864
2.0761-2.15030.2671200.20732354247481
2.1503-2.23640.24541470.19762711285893
2.2364-2.33820.23661540.1782910306499
2.3382-2.46140.23161540.175829313085100
2.4614-2.61560.2251550.168829273082100
2.6156-2.81760.19861540.169229603114100
2.8176-3.1010.21751540.17429843138100
3.101-3.54960.19691590.159429713130100
3.5496-4.47130.18431590.143330213180100
4.4713-42.62360.21711670.16931483315100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3091.1641-1.47411.2732-0.41781.293-0.0343-0.0607-0.0411-0.06980.0293-0.1122-0.06020.07330.01450.15620.0208-0.02220.1160.00270.107722.1988-21.3353-32.7523
24.155-1.0113-0.67013.3294-0.56417.1855-0.1862-0.3314-0.02630.35650.13230.1615-0.2752-0.00030.03640.19740.0066-0.03990.17380.00790.182-20.8442-13.833-23.775
33.0583-1.644-1.60833.21981.62883.46620.019-0.11590.06140.09760.0622-0.11740.04530.2426-0.06660.15-0.0299-0.03390.15790.01210.116616.9765-15.4095-11.6996
43.15643.17511.26915.75241.52072.75930.0053-0.0505-0.04420.03690.02740.05340.0787-0.0063-0.00230.09480.0486-0.01820.11690.00670.1534-12.5407-20.8981-11.8407
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 2 through 114 )H0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 115 through 214 )H0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 2 through 107 )L0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 108 through 210 )L0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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