[日本語] English
万見
- PDB-5dsf: Crystal structure of the mercury-bound form of MerB mutant D99S -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dsf
タイトルCrystal structure of the mercury-bound form of MerB mutant D99S
要素Alkylmercury lyase
キーワードLYASE / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


alkylmercury lyase / alkylmercury lyase activity / response to mercury ion
類似検索 - 分子機能
Beta-Lactamase - #410 / Alkylmercury lyase, helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain of alkylmercury lyase / Alkylmercury lyase / : / Alkylmercury lyase / Beta-Lactamase / Winged helix DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / : / Alkylmercury lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.954 Å
データ登録者Wahba, H.M. / Lecoq, L. / Stevenson, M. / Mansour, A. / Cappadocia, L. / Lafrance-Vanasse, J. / Wilkinson, K.J. / Sygusch, J. / Wilcox, D.E. / Omichinski, J.G.
資金援助 カナダ, 米国, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of a Copper-Binding Mutant of the Organomercurial Lyase MerB: Insight into the Key Role of the Active Site Aspartic Acid in Hg-Carbon Bond ...タイトル: Structural and Biochemical Characterization of a Copper-Binding Mutant of the Organomercurial Lyase MerB: Insight into the Key Role of the Active Site Aspartic Acid in Hg-Carbon Bond Cleavage and Metal Binding Specificity.
著者: Wahba, H.M. / Lecoq, L. / Stevenson, M. / Mansour, A. / Cappadocia, L. / Lafrance-Vanasse, J. / Wilkinson, K.J. / Sygusch, J. / Wilcox, D.E. / Omichinski, J.G.
履歴
登録2015年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22016年2月24日Group: Database references
改定 1.32016年3月2日Group: Database references
改定 1.42018年5月23日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alkylmercury lyase
B: Alkylmercury lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5425
ポリマ－46,0612
非ポリマー4813
水3,729207
1
A: Alkylmercury lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3113
ポリマ－23,0301
非ポリマー2802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Alkylmercury lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2312
ポリマ－23,0301
非ポリマー2011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.680, 88.349, 52.671
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.930, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Alkylmercury lyase / Organomercurial lyase


分子量: 23030.258 Da / 分子数: 2 / 変異: D99S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: merB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77072, alkylmercury lyase
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.1 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 23 % polyethylene glycol 2000 MME, 0.2 M sodium acetate pH 5.5, 0.2 M potassium bromide. Before flash freezing, the same precipitant was used except 25 % polyethylene glycol 2000 MME was used as a cryo-protectant

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.954→50 Å / Num. obs: 24336 / % possible obs: 99.12 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07695 / Net I/σ(I): 12.14
反射 シェル解像度: 1.954→2.024 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5835 / % possible all: 96.81

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F0O

3f0o


解像度: 1.954→36.996 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 21.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2084 2363 8.2 %Random selection
Rwork0.1652 43027 --
obs0.1687 24336 97.03 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.27 Å2 / Biso mean: 35.626 Å2 / Biso min: 12.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.954→36.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3174 0 3 207 3384
Biso mean--33.78 37.31 -
残基数----416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133240
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3744418
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008566
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3181156
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9539-1.97870.31321270.28011413154088
1.9787-2.00470.30111400.25551565170595
2.0047-2.03220.29531450.25451560170596
2.0322-2.06120.3031370.24651548168596
2.0612-2.0920.31021450.23191636178196
2.092-2.12470.25511370.21961542167996
2.1247-2.15950.26681410.21711579172096
2.1595-2.19670.251460.20361636178297
2.1967-2.23670.28091400.1951572171297
2.2367-2.27970.28641400.19311582172296
2.2797-2.32620.24831440.1891599174397
2.3262-2.37680.2311480.18391606175497
2.3768-2.4320.21771430.18081558170198
2.432-2.49290.21071410.17731615175697
2.4929-2.56020.18411440.16711624176898
2.5602-2.63560.23761470.16771620176798
2.6356-2.72060.18791390.16391593173298
2.7206-2.81780.23741430.17561617176098
2.8178-2.93060.24381420.16381639178199
2.9306-3.06390.22051420.17121588173099
3.0639-3.22530.20341480.17441634178298
3.2253-3.42730.21261430.15511644178798
3.4273-3.69170.19891450.15021594173998
3.6917-4.06280.1721440.13841600174498
4.0628-4.64970.15191450.12161626177198
4.6497-5.85440.17141400.13121624176499
5.8544-37.00310.14721450.12811613175898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6333-0.3577-0.18741.47850.62851.1982-0.03470.0435-0.07860.0804-0.03030.15410.0944-0.0302-0.0010.15030.0001-0.00160.1501-0.01090.1598.8676-2.739534.0039
20.3702-0.76280.25551.5583-0.4550.69180.03040.01890.012-0.0496-0.0658-0.03820.0126-0.0024-0.00010.15090.00910.00430.21550.01870.2044-1.1707-7.01149.8657
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 208

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る