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- PDB-5dsd: The crystal structure of the C-terminal domain of Ebola (Bundibug... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dsd
タイトルThe crystal structure of the C-terminal domain of Ebola (Bundibugyo) nucleoprotein
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Filoviridae
機能・相同性P40 nucleoprotein, subdomain 2, Borna disease virus / Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein / viral RNA genome packaging / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding / Nucleoprotein
機能・相同性情報
生物種Bundibugyo virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Baker, L. / Handing, K.B. / Utepbergenov, D. / Derewenda, U. / Derewenda, Z.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)HDTRA1-14-C-0006 米国
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Molecular architecture of the nucleoprotein C-terminal domain from the Ebola and Marburg viruses.
著者: Baker, L.E. / Ellena, J.F. / Handing, K.B. / Derewenda, U. / Utepbergenov, D. / Engel, D.A. / Derewenda, Z.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2014
タイトル: The structure of the C-terminal domain of the Zaire ebolavirus nucleoprotein.
著者: Dziubanska, P.J. / Derewenda, U. / Ellena, J.F. / Engel, D.A. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2015年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年9月30日ID: 5CIJ
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4874
ポリマ－12,2681
非ポリマー2203
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Nucleoprotein
ヘテロ分子

A: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9758
ポリマ－24,5352
非ポリマー4396
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+2/31
Buried area2910 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area12490 Å2
手法PISA
3
A: Nucleoprotein
ヘテロ分子

A: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9758
ポリマ－24,5352
非ポリマー4396
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/31
Buried area2050 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area13350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.957, 108.957, 82.736
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein


分子量: 12267.726 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 641-739) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bundibugyo virus (ウイルス) / 遺伝子: NP, DH33_45404gpNP / プラスミド: Parallel1-MBPHis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: B8XCM7
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Crystallization solution: 1.33 M LiSO4, 0.1 M Tris pH 8.5. 1:1 ratio (250 nL: 250 nL) of precipitant to protein (at a concentration of 13.9 mg/ml). 60 mcL reservoir. Protein purification ...詳細: Crystallization solution: 1.33 M LiSO4, 0.1 M Tris pH 8.5. 1:1 ratio (250 nL: 250 nL) of precipitant to protein (at a concentration of 13.9 mg/ml). 60 mcL reservoir. Protein purification buffer 50mM Tris-HCl, 150 mM NaCl; pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月14日
回折測定詳細: 0.50 degrees, -1.0 sec, detector distance 350.62 mm / 手法: \w scans
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.084 / 数: 184210
反射解像度: 2.3→80 Å / Num. obs: 12398 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/av σ(I): 31.34 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.432 / % possible all: 64.7
Cell measurementReflection used: 184210

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
REFMAC5.8.0103精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXモデル構築
HKL-3000データ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QB0

4qb0


解像度: 2.31→80 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / WRfactor Rfree: 0.2071 / WRfactor Rwork: 0.1698 / FOM work R set: 0.8163 / SU B: 9.71 / SU ML: 0.117 / SU R Cruickshank DPI: 0.1436 / SU Rfree: 0.1412 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2025 604 4.9 %RANDOM
Rwork0.1676 ---
obs0.1692 11792 94.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 243.89 Å2 / Biso mean: 81.78 Å2 / Biso min: 46.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20.34 Å20 Å2
2--0.68 Å2-0 Å2
3----2.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.31→80 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数861 0 13 113 987
Biso mean--115.8 79.01 -
残基数----103
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.019908
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2531.9361225
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89931866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6785104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.10224.90251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.3615153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.807153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211027
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it13.6963.935413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other13.6293.925412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it14.3635.917515
LS精密化 シェル解像度: 2.312→2.372 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 27 -
Rwork0.278 534 -
all-561 -
obs--59.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.9694-4.8245-5.653410.90716.152922.4559-0.2281-0.0362-0.52990.8334-0.38090.72541.9299-1.40080.6090.8102-0.13670.04810.6334-0.0990.0736-8.65266.0327.423
25.22560.835-0.347513.26045.30526.0221-0.07260.2498-0.3232-0.0731-0.21510.65020.0341-0.60760.28770.40490.0005-0.00960.4396-0.06580.0621-4.86857.11713.558
33.43090.34352.03978.38680.2656.5105-0.1390.0581-0.50160.004-0.03940.147-0.20020.08320.17840.5052-0.0008-0.0070.4583-0.03440.12313.44555.95817.46
44.0368-2.6128-1.76629.64492.15894.7331-0.6915-0.2001-0.41830.6160.18320.31460.2982-0.19340.50830.41920.04250.13370.44130.01550.08455.88846.05724.51
512.2717-3.0546-6.43579.0614-0.443115.8036-0.7594-0.7271-1.32640.76810.30450.27321.02970.19330.45480.47570.0380.3090.28580.05110.376412.66231.19522.992
65.5817-5.3055-0.77656.68941.07375.6811-0.1280.6475-1.0672-0.2807-0.21640.93180.2186-0.4450.34450.5341-0.10770.20180.4981-0.14080.33398.45138.77814.976
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A637 - 645
2X-RAY DIFFRACTION2A646 - 661
3X-RAY DIFFRACTION3A662 - 671
4X-RAY DIFFRACTION4A672 - 698
5X-RAY DIFFRACTION5A699 - 715
6X-RAY DIFFRACTION6A716 - 739

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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