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- PDB-5dsb: Crystal structure of Holliday junctions stabilized by 5-hydroxyme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dsb
タイトルCrystal structure of Holliday junctions stabilized by 5-hydroxymethylcytosine in GCC junction core
要素5'-D(*CP*CP*GP*GP*CP*GP*5HCP*CP*GP*G)-3'
キーワードDNA / Holliday junction / 5-hydroxymethylcytosine
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.4959 Å
データ登録者Vander Zanden, C.M. / Rowe, R.K. / Broad, A.J. / Ho, P.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1F31GM1132580-01 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Effect of Hydroxymethylcytosine on the Structure and Stability of Holliday Junctions.
著者: Vander Zanden, C.M. / Rowe, R.K. / Broad, A.J. / Robertson, A.B. / Ho, P.S.
履歴
登録2015年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22016年10月19日Group: Database references
改定 1.32017年2月1日Group: Database references
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.62019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.72023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*CP*GP*5HCP*CP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*CP*GP*5HCP*CP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1943
ポリマ－6,1542
非ポリマー401
水1,65792
1
A: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*CP*GP*5HCP*CP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*CP*GP*5HCP*CP*GP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*CP*GP*5HCP*CP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*CP*GP*5HCP*CP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3886
ポリマ－12,3084
非ポリマー802
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area2790 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area6930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.073, 24.768, 38.061
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.820, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*GP*GP*CP*GP*5HCP*CP*GP*G)-3'


分子量: 3077.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.64 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.78 mM DNA, 0.8 mM Spermine, 5 mM CaCl2, 25 mM sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月28日
放射モノクロメーター: Rigaku collimator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4959→50 Å / Num. obs: 9346 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 19.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 6.127 / Net I/av σ(I): 50.444 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 62380
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.4959-1.532.20.6394440.3180.4780.8023.79894.3
1.53-1.552.40.6074530.720.4480.7592.61896.8
1.55-1.582.50.364230.9010.2640.451.67497.5
1.58-1.622.70.2744820.9690.1970.341.58698
1.62-1.652.90.2624610.9690.180.321.57999.6
1.65-1.693.10.2214580.9740.1490.2681.62299.6
1.69-1.733.40.2544650.7440.1710.3093.30599.8
1.73-1.784.60.2644820.970.1370.2992.848100
1.78-1.835.20.3194570.9370.1560.3572.654100
1.83-1.895.70.3464730.9350.1580.3823.119100
1.89-1.966.10.4734490.9140.2030.5164.13100
1.96-2.046.50.254610.9510.1060.2722.974100
2.04-2.136.80.2224740.9710.0930.2413.834100
2.13-2.247.30.194890.9770.0770.2063.58100
2.24-2.389.10.4034660.9890.140.4285.421100
2.38-2.5610.10.1754600.9880.0570.1844.09100
2.56-2.8211.20.1484730.9930.0460.1565.693100
2.82-3.2312.30.1024910.9960.030.1067.207100
3.23-4.0713.60.0874730.9980.0250.09110.621100
4.07-5013.90.1095120.9880.0310.11313.347100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1p4y

1p4y


解像度: 1.4959→35.335 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 41.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2883 466 5.02 %random selection
Rwork0.2506 8822 --
obs0.2528 9288 98.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 40.62 Å2 / Biso mean: 25.3288 Å2 / Biso min: 12.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4959→35.335 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 408 1 98 507
Biso mean--21.18 29.72 -
残基数----20
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.276716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04772
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d44.647235
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4959-1.71240.40811500.33662817296795
1.7124-2.15740.33221630.32352952311599
2.1574-35.3450.25511530.218530533206100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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