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万見
- PDB-5dre: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D38GP39GD99N mutant fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dre
タイトルCrystal Structure of Ketosteroid Isomerase D38GP39GD99N mutant from Pseudomonas Testosteroni (tKSI)
要素Steroid Delta-isomerase
キーワードISOMERASE / ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid Delta-isomerase / steroid Delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Steroid delta5-4-isomerase / Ketosteroid isomerase / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Steroid Delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Comamonas testosteroni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.151 Å
データ登録者Lamba, V. / Yabukarski, F. / Herschlag, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1121778 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Evaluation of the Catalytic Contribution from a Positioned General Base in Ketosteroid Isomerase.
著者: Lamba, V. / Yabukarski, F. / Pinney, M. / Herschlag, D.
履歴
登録2015年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid Delta-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3131
ポリマ－13,3131
非ポリマー00
水55831
1
A: Steroid Delta-isomerase

A: Steroid Delta-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6262
ポリマ－26,6262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.362, 60.362, 142.103
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase


分子量: 13313.019 Da / 分子数: 1 / 変異: D38G, P39G, D99N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア)
遺伝子: ksi / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00947, steroid Delta-isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: Potassium Phosphate 40 mM, Ammonium Sulfate 0.6 M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月17日
放射モノクロメーター: Si(111) Side scattering bent cube-root I-beam single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→42.11 Å / Num. obs: 8865 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 12.89
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NXJ

3nxj


解像度: 2.151→42.107 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 31.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2676 459 5.19 %Random selection
Rwork0.2212 ---
obs0.2236 8850 99.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.151→42.107 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数921 0 0 31 952
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007937
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.961269
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.341330
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004169
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.151-2.46220.33711590.2642681X-RAY DIFFRACTION99
2.4622-3.1020.3511520.25132755X-RAY DIFFRACTION99
3.102-42.11460.22391480.20262955X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6180.52170.32461.463-0.83030.7350.1150.2067-0.0408-0.273-0.2325-0.6577-0.07550.53530.00070.37920.03660.01530.44220.06270.4533-21.196310.3656-11.9088
20.7058-0.34070.25691.0436-0.99381.5806-0.06020.10950.0563-0.2006-0.27120.01770.12170.0974-0.00140.40740.0078-0.03420.36590.02210.3339-28.16382.0641-9.4046
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 58 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 125 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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