PDB-5dra: t3284 loop variant of beta1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dra

タイトル

t3284 loop variant of beta1

要素

3beta1

キーワード

DE NOVO PROTEIN / synthetic protein / loop design

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Kabasakal, B.V. / MacDonald, J.T. / Murray, W.W.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Synthetic beta-solenoid proteins with the fragment-free computational design of a beta-hairpin extension.
著者: MacDonald, J.T. / Kabasakal, B.V. / Godding, D. / Kraatz, S. / Henderson, L. / Barber, J. / Freemont, P.S. / Murray, J.W.

履歴

登録	2015年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月12日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dra.cif.gz	85 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dra.ent.gz	65.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dra.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dra_validation.pdf.gz	427.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dra_full_validation.pdf.gz	433 KB	表示
XML形式データ	5dra_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	5dra_validation.cif.gz	11.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/5dra ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/5dra	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yc5C 4ycqC 4ydtC 4yeiC 4yfoC 5di5C 5dn0C 5dnsC 5dqaC 5dzbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xt2-d 5cyl-4 2xt4-d 5afo-2 5cyl-6 2bez-1 5cyl-2 5fn6-d 5cyl-1 6wo6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3beta1

23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3beta1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.340, 48.340, 221.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	3beta1 分子量: 23201.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pRSETA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 / 詳細: 1.1M sodium acetate pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→48.45 Å / Num. obs: 5854 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.1 % / R_merge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 33.07
反射シェル	解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 12.1 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Mean I/σ(I) obs: 14.06 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→47.227 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3071	251	4.34 %
R_work	0.2496	-	-
obs	0.2522	5784	98.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→47.227 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1416	0	0	0	1416

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1429
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.446	1941
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.59	867
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	228
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	267

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9937-3.7716	0.3578	127	0.2675	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7716-47.2332	0.2833	124	0.2407	2858	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.155	-1.8639	1.3961	2.3702	-4.0238	2	0.0369	0.728	-0.4272	-0.7865	-0.2551	-0.0151	0.2358	0.1716	0.2275	1.757	-0.3102	0.3699	1.7087	-0.5441	0.8544	12.7255	-24.1953	2.9894
2	1.6023	0.6796	-0.3532	0.8822	-0.3603	0.1524	-0.2842	0.6405	0.2357	-0.0194	0.0888	-0.4474	-0.0938	0.252	-0.0429	0.6051	0.0512	-0.119	2.235	-0.2591	0.9143	8.4759	-16.7201	6.2026
3	1.1025	0.5769	0.9299	1.1687	0.3686	3.052	-0.0013	0.1079	-0.2122	0.3694	0.1967	-0.2471	1.2595	0.0945	0.0129	0.7964	-0.0515	0.0027	1.6323	-0.5084	0.6552	8.6015	-23.486	14.5815
4	0.8964	0.1154	-0.3332	1.6939	1.1901	1.9133	-0.1098	-0.0797	-0.0357	0.1481	0.3471	-0.2371	0.1215	0.3476	-0.0153	0.3576	0.0882	-0.0123	1.424	-0.243	0.4065	13.0846	-16.9214	18.0541
5	1.5281	-1.1278	1.3371	4.3076	-2.7804	5.7471	0.0284	-0.3726	0.0085	-0.1554	0.1438	0.0463	0.5826	-0.2293	-0.1401	0.5481	-0.2877	0.0878	1.3368	-0.2875	0.4034	2.3434	-22.9599	21.5031
6	4.7906	-0.6335	-2.4808	3.588	0.2061	2.4242	-0.1885	-0.0002	-0.2136	-0.1148	0.0748	-0.3761	0.2261	0.287	-0.0453	0.4564	0.0841	0.0923	1.317	-0.3865	0.6042	12.358	-16.2854	22.4938
7	0.5094	0.7081	1.237	4.3987	0.1567	3.7176	0.3625	-0.3687	-0.0884	-0.0464	-0.0777	0.1599	0.7068	-0.2376	-0.3498	0.6782	-0.1545	-0.1373	1.1214	-0.3064	0.4786	1.9851	-21.4753	25.9964
8	7.2057	1.6406	-1.1494	1.4017	-1.2318	3.0854	-0.3043	0.5445	-1.0947	-0.0488	0.1381	-0.062	0.3686	0.0238	0.1702	0.325	-0.0541	0.0752	1.0668	-0.4074	0.5715	10.6839	-18.3935	29.7208
9	2.0376	0.7616	-1.2379	0.285	-0.4728	1.0251	0.053	0.1569	0.5318	0.0823	-0.0526	0.3896	0.1196	-0.2675	0.0473	0.3246	-0.2369	0.0287	0.9422	-0.1465	0.5181	4.8148	-11.7375	32.7623
10	2.9481	0.3296	-0.1737	1.0921	-0.165	1.6121	-0.0259	0.5567	-0.2955	-0.0607	-0.0814	0.0376	0.1513	-0.094	-0.0056	0.0728	-0.1197	-0.0362	0.2878	-0.0177	0.4093	8.4073	-12.8155	44.4758

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 24:28)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 29:41)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 42:66)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 67:78)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 79:85)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 86:98)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 99:105)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 106:133)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 134:143)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 144:213)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)