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- PDB-5dqz: Crystal Structure of Cas-DNA-PAM complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dqz
タイトルCrystal Structure of Cas-DNA-PAM complex
要素
  • (CRISPR-associated ...) x 2
  • (DNA (36-MER)) x 2
キーワードHYDROLASE/DNA / protein-DNA complex / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CRISPR-cas system / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / DNA damage response / protein homodimerization activity ...CRISPR-cas system / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / DNA damage response / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cas2 subtype / CRISPR-associated protein (Cas_Cas2CT1978) / CRISPR-associated protein Cas1, ECOLI subtype / CRISPR-associated protein Cas1, type I-E / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / : / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain ...CRISPR-associated protein Cas2 subtype / CRISPR-associated protein (Cas_Cas2CT1978) / CRISPR-associated protein Cas1, ECOLI subtype / CRISPR-associated protein Cas1, type I-E / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / : / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 / CRISPR-associated endonuclease Cas1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang, J. / Li, J. / Zhao, H. / Sheng, G. / Wang, M. / Yin, M. / Wang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Structural and Mechanistic Basis of PAM-Dependent Spacer Acquisition in CRISPR-Cas Systems.
著者: Wang, J. / Li, J. / Zhao, H. / Sheng, G. / Wang, M. / Yin, M. / Wang, Y.
履歴
登録2015年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: CRISPR-associated endonuclease Cas1
C: CRISPR-associated endonuclease Cas1
A: CRISPR-associated endonuclease Cas1
B: CRISPR-associated endonuclease Cas1
G: DNA (36-MER)
H: DNA (36-MER)
F: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
E: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,04910
ポリマ－176,0008
非ポリマー492
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29600 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area59750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.771, 193.380, 193.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain B and segid B
31chain C and segid C
41chain D and segid D
12chain E and segid E
22chain F and segid F
13chain G and segid G
23chain H and segid H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain B and segid BB0
311chain C and segid CC0
411chain D and segid DD0
112chain E and segid EE0
212chain F and segid FF0
113chain G and segid GG0
213chain H and segid HH0

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
CRISPR-associated ... , 2種, 6分子 DCABFE

#1: タンパク質
CRISPR-associated endonuclease Cas1


分子量: 33235.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ygbT, cas1, b2755, JW2725 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q46896, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#4: タンパク質 CRISPR-associated endoribonuclease Cas2


分子量: 10527.212 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ygbF, cas2, b2754, JW5438 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P45956, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 GH

#2: DNA鎖 DNA (36-MER)


分子量: 11022.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA-PAM-F / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (36-MER)


分子量: 10982.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA-PAM-R / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 2種, 171分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.99 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50mM Na cacodylate,0.9mM spermine,18mM Magnesium chloride, 1.8mM Cobalt chloride, 9% isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月13日 / 詳細: Mono-chromator and mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 76448 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 69.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Χ2: 1.135 / Net I/av σ(I): 17.295 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 590102
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
2.7-2.87.875571.06299.6
2.8-2.917.875381.08799.8
2.91-3.047.876111.09899.80.909
3.04-3.27.975801.10199.80.535
3.2-3.4876091.18699.90.319
3.4-3.667.976191.2721000.206
3.66-4.037.876811.2541000.147
4.03-4.627.777111.10899.70.087
4.62-5.817.477331.00399.80.073
5.81-507.178091.16896.20.044

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
HKL-2000data processing
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P6I

4p6i


解像度: 2.7→29.534 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2239 3745 4.91 %
Rwork0.1974 72558 -
obs0.1987 76303 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 195.98 Å2 / Biso mean: 83.0881 Å2 / Biso min: 40.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→29.534 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10165 1429 2 169 11765
Biso mean--69.6 76.27 -
残基数----1395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00511959
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97916536
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381901
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071889
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7524541
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5287X-RAY DIFFRACTION9.103TORSIONAL
12B5287X-RAY DIFFRACTION9.103TORSIONAL
13C5287X-RAY DIFFRACTION9.103TORSIONAL
14D5287X-RAY DIFFRACTION9.103TORSIONAL
21E880X-RAY DIFFRACTION9.103TORSIONAL
22F880X-RAY DIFFRACTION9.103TORSIONAL
31G666X-RAY DIFFRACTION9.103TORSIONAL
32H666X-RAY DIFFRACTION9.103TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.73420.32361320.35152612274497
2.7342-2.77010.3644980.327126862784100
2.7701-2.8080.39521100.318126482758100
2.808-2.84810.33061520.305726772829100
2.8481-2.89060.35111170.310827002817100
2.8906-2.93570.32731790.288725892768100
2.9357-2.98380.29551360.279526522788100
2.9838-3.03520.27831200.278426912811100
3.0352-3.09030.32461500.281926852835100
3.0903-3.14970.26971440.273326352779100
3.1497-3.21390.30531640.246926752839100
3.2139-3.28370.29981450.252826722817100
3.2837-3.360.25361530.230826712824100
3.36-3.44390.28571430.222326532796100
3.4439-3.53690.24221250.212827222847100
3.5369-3.64080.23971250.211426772802100
3.6408-3.75810.26081550.221326982853100
3.7581-3.89210.23791220.198227192841100
3.8921-4.04760.20721420.180626972839100
4.0476-4.23130.1751420.167626782820100
4.2313-4.45370.18261510.149527072858100
4.4537-4.73160.18211070.14742730283799
4.7316-5.09530.14621380.151127422880100
5.0953-5.60490.20591630.164727102873100
5.6049-6.40870.23031700.177527372907100
6.4087-8.04710.19251410.174927912932100
8.0471-29.53610.1671210.16872704282592
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0717-1.16330.50352.5567-1.37642.3690.06630.2282-0.34-0.3555-0.12490.04650.5194-0.10250.01880.75670.0086-0.01440.5256-0.12580.587935.1503-30.524-76.5764
23.2619-1.912-0.65512.197-0.34914.7069-0.55061.4047-0.0734-1.01240.41561.4763-0.0253-2.3159-0.00820.929-0.0936-0.12151.4533-0.11711.0124.9124-20.7243-89.017
33.53791.2447-2.02043.1261-0.95594.06180.03930.1251-0.17420.2322-0.05930.64510.1027-0.80060.01010.5121-0.06110.00530.6926-0.08090.72711.5529-26.2843-71.3719
41.5479-0.19250.99772.9713-0.79875.02860.02790.0030.17990.3178-0.0557-0.03870.1095-0.06770.02950.52760.02570.04350.3594-0.03090.433739.7561-15.9432-69.0688
54.9127-0.4128-0.10371.4761-0.07971.4120.09170.41170.2346-0.4063-0.0826-0.157-0.21420.1382-0.02310.77680.06580.0560.60670.01920.474347.3864-5.4461-90.3958
66.73251.8286-2.30082.1137-0.52881.96750.104-0.16750.0215-0.076-0.10180.14520.0511-0.01830.02220.65560.10330.03020.5298-0.08730.593235.5793-4.7259-76.789
73.8016-0.4654-0.25563.2543-3.02593.55540.0374-0.30.34130.69630.0105-0.0338-0.4896-0.2226-0.04570.8025-0.0171-0.00730.6181-0.11340.463354.510825.0013-14.4062
84.6763.07590.65977.7696-0.40351.45060.2096-0.46070.62940.4143-0.2824-0.1012-0.30140.46920.01490.844-0.05450.06720.5708-0.10590.866166.601940.8276-30.4409
96.6377-0.7154-4.4811.8176-0.44128.6596-0.4176-0.47190.8215-0.31080.3373-2.1849-0.71162.29860.03070.9739-0.164-0.10151.0307-0.13921.422887.484140.8455-27.4746
105.7719-1.52991.16554.1743-0.84283.43520.2593-0.14560.0934-0.2404-0.0314-0.75860.190.8339-0.20730.58060.0074-0.00180.7291-0.0540.688883.415221.5511-25.9641
113.8513-2.66555.73996.784-1.53519.74430.00820.65251.03860.183-0.5311-1.03320.56331.88820.43070.7070.0746-0.07910.9955-0.01050.878580.258328.1936-23.1298
124.1964-0.93061.39692.814-1.66034.2085-0.0087-0.6242-0.24260.4457-0.0279-0.4888-0.01350.20110.01770.52650.0086-0.06550.8367-0.13120.727276.740824.1382-16.0789
131.67570.9613-0.01985.5313-0.89332.56640.08220.0547-0.00460.1049-0.0117-0.01070.2153-0.0328-0.11720.54150.03940.03770.4314-0.04790.38152.443120.8111-32.3885
144.4816-0.50640.31621.8507-0.0531.5160.15560.2480.1975-0.1506-0.06390.0775-0.272-0.0217-0.09960.65420.02740.07390.4375-0.00120.522648.736837.5264-43.0445
153.0604-0.7262-2.17930.5528-0.50334.35410.67480.1873-0.1626-0.7002-0.5818-0.2334-0.7555-2.0707-0.56321.2767-0.12630.06090.920.20711.16233.2547-50.9283-62.7829
165.24431.95674.44071.82190.94246.42260.6392-1.1283-0.31661.3117-0.5329-0.71540.442-0.7805-0.15581.4082-0.2403-0.07550.72510.05830.701537.4298-28.6992-45.2029
177.04033.82724.56474.1952.28527.18560.7797-0.7597-1.03050.4203-0.0951-0.92020.2439-0.7135-0.63331.1956-0.0669-0.14130.7637-0.01310.823750.723-9.3196-23.9345
188.91194.319-4.86475.8182-4.74026.2836-0.1230.4395-0.41110.31440.0586-0.39810.4448-0.01830.16960.92020.0784-0.05390.6143-0.10450.830173.886313.0406-24.3666
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278.78220.9878-0.96762.8987-2.70013.03320.3163-0.32550.82951.1377-0.41560.9553-0.7868-0.48340.01020.76950.03620.05630.567-0.14890.483937.25852.497-46.7695
283.91082.45620.82391.70211.11214.57380.1688-0.13160.23550.1322-0.25090.64470.4622-0.34180.12920.75850.04590.11970.5941-0.09770.543536.28573.6553-39.1096
296.6627-0.83780.50539.0927-2.92266.22040.5736-0.13620.20810.1059-0.59390.8977-0.5530.33920.0771.0021-0.02320.11490.6013-0.12480.644438.60547.5182-33.7924
305.8347-3.11644.1114.1349-3.98774.36380.0438-0.0576-0.57520.25580.2716-0.22550.1784-0.2657-0.25370.90960.07320.06760.408-0.16470.507752.3530.18-43.7796
314.61512.5733-1.17094.62810.64261.72690.2258-0.10920.02080.104-0.1176-0.31990.0249-0.0987-0.05030.70980.0318-0.01980.4247-0.02870.447451.35324.1456-39.0912
328.8798-3.99942.50565.2186-6.01177.70660.08540.24980.3889-0.5310.0153-1.9609-0.18730.6893-0.18040.7899-0.04640.03910.605-0.1330.625561.16425.5021-45.3572
334.5383-2.38393.53533.3757-2.95263.49990.46040.6973-0.4824-0.3993-0.053-0.70510.88961.4383-0.30270.73840.06290.06750.5088-0.08770.624855.3441-2.0625-51.2688
346.20341.59875.99673.25933.57067.28410.01330.0053-0.13850.86370.3334-0.0843-0.11721.0388-0.30470.7960.1470.02990.4873-0.09560.741655.69-13.4774-51.6961
353.70310.4212-0.56462.8945-2.7597.52160.62010.13630.0707-0.7617-0.07810.3610.03490.6947-0.48371.01910.1120.06780.6263-0.11880.656353.5673-14.5135-55.7659
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 15 through 108 )D0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 109 through 133 )D0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 134 through 281 )D0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 2 through 108 )C0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 109 through 238 )C0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 239 through 305 )C0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 15 through 88 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 89 through 108 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 109 through 133 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 134 through 213 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 214 through 227 )A0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 228 through 281 )A0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 2 through 108 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 109 through 305 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 2 through 6 )G0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resid 7 through 16 )G0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 17 through 26 )G0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resid 27 through 37 )G0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 2 through 6 )H0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 7 through 16 )H0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 17 through 26 )H0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 27 through 37 )H0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 1 through 9 )F0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 10 through 21 )F0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 22 through 36 )F0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 37 through 50 )F0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 51 through 67 )F0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 68 through 83 )F0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 84 through 94 )F0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 1 through 12 )E0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 13 through 36 )E0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 37 through 50 )E0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 51 through 73 )E0
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 74 through 83 )E0
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 84 through 94 )E0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る