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- PDB-5dqu: Crystal Structure of Cas-DNA-10 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dqu
タイトルCrystal Structure of Cas-DNA-10 complex
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cas1
  • CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*C)-3')
キーワードHYDROLASE/DNA / protein-DNA complex / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CRISPR-cas system / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / DNA damage response / protein homodimerization activity ...CRISPR-cas system / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / DNA damage response / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cas2 subtype / CRISPR-associated protein (Cas_Cas2CT1978) / CRISPR-associated protein Cas1, ECOLI subtype / CRISPR-associated protein Cas1, type I-E / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 / CRISPR-associated endonuclease Cas1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Wang, J. / Li, J. / Zhao, H. / Sheng, G. / Wang, M. / Yin, M. / Wang, Y.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Structural and Mechanistic Basis of PAM-Dependent Spacer Acquisition in CRISPR-Cas Systems.
著者: Wang, J. / Li, J. / Zhao, H. / Sheng, G. / Wang, M. / Yin, M. / Wang, Y.
履歴
登録2015年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas1
E: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
D: CRISPR-associated endonuclease Cas1
C: CRISPR-associated endonuclease Cas1
F: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
B: CRISPR-associated endonuclease Cas1
H: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
I: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
J: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*C)-3')
G: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,43510
ポリマ－170,43510
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23330 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area58200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.095, 195.775, 194.716
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12A
22C
13A
23B
14E
24F
15D
25C
16D
26B
17C
27B
18H
28I
19J
29G

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALPROPROAA15 - 28015 - 280
21VALVALPROPRODC15 - 28015 - 280
12VALVALPROPROAA15 - 27915 - 279
22VALVALPROPROCD15 - 27915 - 279
13VALVALILEILEAA15 - 27715 - 277
23VALVALILEILEBF15 - 27715 - 277
14SERSERLEULEUEB2 - 922 - 92
24SERSERLEULEUFE2 - 922 - 92
15VALVALALAALADC15 - 28115 - 281
25VALVALALAALACD15 - 28115 - 281
16VALVALILEILEDC15 - 27715 - 277
26VALVALILEILEBF15 - 27715 - 277
17TRPTRPILEILECD3 - 2773 - 277
27TRPTRPILEILEBF3 - 2773 - 277
18DGDGDTDTHG1 - 151 - 15
28DGDGDTDTIH601 - 6151 - 15
19DTDTDCDCJI5 - 161 - 12
29DTDTDCDCGJ9 - 201 - 12

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

-
要素

#1: タンパク質
CRISPR-associated endonuclease Cas1


分子量: 33235.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ygbT, cas1, b2755, JW2725 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q46896, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 CRISPR-associated endoribonuclease Cas2


分子量: 10527.212 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ygbF, cas2, b2754, JW5438 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P45956, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 4605.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA-10-1 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*C)-3')


分子量: 3613.366 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA-10-2 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 8% PEG8000,100mM Tris-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月20日 / 詳細: Mono-chromator and mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→50 Å / Num. obs: 17232 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.169 / Χ2: 0.913 / Net I/av σ(I): 9.338 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 106617
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
4.5-4.666.10.68816570.820.30.7520.904100
4.66-4.856.30.51716930.8630.220.5620.93799.9
4.85-5.076.30.49916990.8780.2120.5430.914100
5.07-5.336.30.4116800.9030.1750.4470.92100
5.33-5.6760.33517050.9210.1470.3660.92199.9
5.67-6.115.90.29617020.9220.1310.3240.936100
6.11-6.726.50.23317230.950.0980.2530.905100
6.72-7.696.50.16517340.9770.0690.1790.917100
7.69-9.675.90.12317610.9790.0550.1350.86999.9
9.67-5060.12318780.9590.0540.1350.90899.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
HKL-2000data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P6I

4p6i


解像度: 4.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.805 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.781 / SU B: 70.998 / SU ML: 0.852 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2873 852 5 %RANDOM
Rwork0.2646 ---
obs0.2657 16155 97.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 176.5 Å2 / Biso mean: 64.582 Å2 / Biso min: 16.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.35 Å20 Å2-0 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3---2.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9578 1094 0 0 10672
残基数----1301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01810942
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0210314
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6781.87615067
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.511323641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.49851239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.15322.353391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.905151608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6541596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8946.3174995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8916.3174994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.159.4696221
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A152170.1
12D152170.1
21A117280.22
22C117280.22
31A116740.22
32B116740.22
41E52460.07
42F52460.07
51D117760.22
52C117760.22
61D116200.22
62B116200.22
71C160880.09
72B160880.09
81H12440.01
82I12440.01
91J9490.01
92G9490.01
LS精密化 シェル解像度: 4.5→4.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 37 -
Rwork0.303 956 -
all-993 -
obs--80.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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