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- PDB-5dpn: Engineered CBM X-2 L110F in complex with branched carbohydrate XXXG. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dpn
タイトルEngineered CBM X-2 L110F in complex with branched carbohydrate XXXG.
要素Xylanase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / carbohydrate binding module hydrogen bond H/D exchanged
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Secretion system C-terminal sorting domain / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily ...Secretion system C-terminal sorting domain / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / Xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodothermus marinus (バクテリア)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Ohlin, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Neutron Crystallographic Studies Reveal Hydrogen Bond and Water-Mediated Interactions between a Carbohydrate-Binding Module and Its Bound Carbohydrate Ligand.
著者: Fisher, S.Z. / von Schantz, L. / Hakansson, M. / Logan, D.T. / Ohlin, M.
履歴
登録2015年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32018年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0433
ポリマ－17,9401
非ポリマー1,1032
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8280 Å2
ΔGint28 kcal/mol
Surface area7520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.977, 49.856, 45.091
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Xylanase


分子量: 17939.734 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 212-376 / 変異: L110F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodothermus marinus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WTN6
#2: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1062.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-6DGlcpb1-4[DXylpa1-6]DGlcpb1-4[DXylpa1-6]DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,7,6/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5]/1-1-1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_b6-g1_c4-d1_c6-f1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Large crystals were grown in 9-well glass plates using Hampton sandwich box set-up.

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
22931
11001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
NUCLEAR REACTORFRM II BIODIFF22.66
シンクロトロンMAX II I911-211.04
検出器
タイプID検出器日付
FUJI2IMAGE PLATE2014年11月25日
MAR CCD 165 mm1CCD2014年10月28日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
2SINGLE WAVELENGTHMneutron2
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
12.661
21.041
反射

Entry-ID: 5DPN

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.6-452053091.130.04126.6
1.6-29.32161097.75.50.093128.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.6-1.75.50.2317.83389197.2
1.6-1.652.50.4491.81485297.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化

SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / 構造決定の手法: 分子置換 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 4bj0

4bj0

/ 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-ID位相誤差立体化学のターゲット値StereochEM target val spec case
1.6-45X-RAY DIFFRACTION0.250.22250.22391027205125.0191.09124.18ML
1.606-29.445NEUTRON DIFFRACTION0.2040.16280.1648108121609597.692ML
精密化ステップ
サイクル解像度 (Å)Cycle-IDRefine-ID#notag 0
LAST1.6-45LASTX-RAY DIFFRACTION
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1260 0 73 60 1393
LAST1.596-45.091LASTNEUTRON DIFFRACTION
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1260 0 73 60 1393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013158
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2685564
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.277856
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08251
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006617
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.013158
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.2685564
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.277856
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08251
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.006617
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5965-1.68070.32021270.2742420NEUTRON DIFFRACTION80
1.6807-1.7860.27821310.24822470NEUTRON DIFFRACTION83
1.786-1.92390.26571390.23712643NEUTRON DIFFRACTION88
1.9239-2.11750.22531450.21252761NEUTRON DIFFRACTION91
2.1175-2.42380.23541540.20172929NEUTRON DIFFRACTION96
2.4238-3.05370.24411630.2223083NEUTRON DIFFRACTION100
3.0537-45.1090.24181680.21253179NEUTRON DIFFRACTION99
1.6056-1.67870.2311320.18382497X-RAY DIFFRACTION97
1.6787-1.76720.22711320.17232516X-RAY DIFFRACTION98
1.7672-1.87790.22131330.16542544X-RAY DIFFRACTION98
1.8779-2.02280.1771350.16092546X-RAY DIFFRACTION98
2.0228-2.22630.21661350.15732565X-RAY DIFFRACTION99
2.2263-2.54830.20541360.16432598X-RAY DIFFRACTION99
2.5483-3.210.23031380.17962625X-RAY DIFFRACTION98
3.21-29.44990.18021400.14872637X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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