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- PDB-4bj0: Xyloglucan binding module (CBM4-2 X2-L110F) in complex with branc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bj0
タイトルXyloglucan binding module (CBM4-2 X2-L110F) in complex with branched xyloses
要素XYLANASE
キーワードHYDROLASE / XYLOGLUCAN / CBM4-2 / X2 L110F / CH-PI INTERACTION / ENGINEERED CONSTRUCT
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / xylan catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / Xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOTHERMUS MARINUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Schantz, L. / Hakansson, M. / Logan, D.T. / Nordberg-Karlsson, E. / Ohlin, M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Carbohydrate Binding Module Recognition of Xyloglucan Defined by Polar Contacts with Branching Xyloses and Ch-Pi Interactions.
著者: von Schantz, L. / Hakansson, M. / Logan, D.T. / Nordberg-Karlsson, E. / Ohlin, M.
履歴
登録2013年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Database references
改定 1.22014年12月3日Group: Database references
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / diffrn_source
Item: _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XYLANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3054
ポリマ－19,0221
非ポリマー1,2833
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.780, 48.790, 44.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2183-

HOH

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要素

#1: タンパク質 XYLANASE


分子量: 19021.848 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOTHERMUS MARINUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): T7 EXPRESS / 参照: UniProt: Q6V8M0, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1062.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-6DGlcpb1-4[DXylpa1-6]DGlcpb1-4[DXylpa1-6]DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,7,6/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5]/1-1-1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_b6-g1_c4-d1_c6-f1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化pH: 5.5
詳細: 25 % W/V PEG 1500, 0.1 M MMT BUFFER PH 5.5, 20 MM SPERMINE, 8 MM XXXG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月13日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GERMANIUM CRYSTALS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→44 Å / Num. obs: 80063 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 1→1.03 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y6H

2y6h


解像度: 1→44.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / SU B: 0.502 / SU ML: 0.012 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.02 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS AND REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12931 4040 5 %RANDOM
Rwork0.11408 ---
obs0.11486 76023 94.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.097 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å20 Å2
2--0.46 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→44.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1261 0 85 316 1662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0221481
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0170.022034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2381.9822055
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.74733476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6345198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.99925.13972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.95615204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.608158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2980.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211711
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02341
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3751.5884
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.71.51000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.54321460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7383597
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.7094.5580
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.91333515
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1→1.026 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 280 -
Rwork0.249 5228 -
obs--89.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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