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- PDB-5dp3: Crystal Structure of EV71 3C Proteinase in complex with compound 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dp3
タイトルCrystal Structure of EV71 3C Proteinase in complex with compound 2
要素3C proteinase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Hand / foot and mouth disease / 3C proteinase / peptidomimetics / drug design / rupintrivir / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5GH / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Wu, C. / Zhang, L. / Li, P. / Cai, Q. / Peng, X. / Li, N. / Cai, Y. / Li, J. / Lin, T.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016
タイトル: Fragment-wise design of inhibitors to 3C proteinase from enterovirus 71
著者: Wu, C. / Zhang, L. / Li, P. / Cai, Q. / Peng, X. / Yin, K. / Chen, X. / Ren, H. / Zhong, S. / Weng, Y. / Guan, Y. / Chen, S. / Wu, J. / Li, J. / Lin, T.
履歴
登録2015年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7502
ポリマ－21,3911
非ポリマー3581
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8450 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)64.623, 64.845, 75.366
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-338-

HOH

21A-371-

HOH

31A-389-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 3C proteinase


分子量: 21391.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9XG43
#2: 化合物 ChemComp-5GH / ethyl (4S)-5-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]-4-[(3-phenylpropanoyl)amino]pent-2-enoate


分子量: 358.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100mM Tris, 25% PEG4000, 0.8M lithium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 10155 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 1.459 / Net I/av σ(I): 15.737 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 42175
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.05-2.0940.4455101.39799.6
2.09-2.124.30.4144911.346100
2.12-2.164.20.3585111.48899.4
2.16-2.214.40.3564891.59699.8
2.21-2.264.40.3114971.54699.8
2.26-2.314.20.2875201.57299.4
2.31-2.374.40.2794921.59999.6
2.37-2.434.30.2455101.60999.4
2.43-2.54.40.2365001.68298.8
2.5-2.584.40.2115101.699.8
2.58-2.684.30.175131.46599.6
2.68-2.784.30.1494891.43499
2.78-2.914.20.1265131.44699.6
2.91-3.064.20.115081.5398.6
3.06-3.254.10.0845131.37197.9
3.25-3.5140.0734971.40497.3
3.51-3.863.90.0635031.44596.2
3.86-4.423.70.0535081.38997.3
4.42-5.563.60.0525171.07995.9
5.56-5040.0475641.07598.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GHQ

4ghq


解像度: 2.05→45.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 6.244 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2943 491 4.8 %RANDOM
Rwork0.2237 ---
obs0.227 9647 98.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.79 Å2 / Biso mean: 25.013 Å2 / Biso min: 2.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20 Å2-0 Å2
2--0.88 Å20 Å2
3----1.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→45.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1401 0 11 131 1543
Biso mean--42.81 31.87 -
残基数----181
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191449
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8411.9661963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92333261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1525182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.15923.49263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.90915250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0631511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02339
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2072.354725
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1792.352724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3783.523905
LS精密化 シェル解像度: 2.048→2.101 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 30 -
Rwork0.247 696 -
all-726 -
obs--98.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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