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- PDB-5do7: Crystal Structure of the Human Sterol Transporter ABCG5/ABCG8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5do7
タイトルCrystal Structure of the Human Sterol Transporter ABCG5/ABCG8
要素
  • ATP-binding cassette sub-family G member 5
  • ATP-binding cassette sub-family G member 8
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ATP-binding cassette transporter / ABCG / Sterol efflux / Sitosterolemia
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of intestinal phytosterol absorption / negative regulation of intestinal cholesterol absorption / Defective ABCG8 causes GBD4 and sitosterolemia / Defective ABCG5 causes sitosterolemia / ABC transporters in lipid homeostasis / sterol transport / intestinal cholesterol absorption / phospholipid transport / cholesterol transfer activity / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う ...negative regulation of intestinal phytosterol absorption / negative regulation of intestinal cholesterol absorption / Defective ABCG8 causes GBD4 and sitosterolemia / Defective ABCG5 causes sitosterolemia / ABC transporters in lipid homeostasis / sterol transport / intestinal cholesterol absorption / phospholipid transport / cholesterol transfer activity / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / cholesterol efflux / triglyceride homeostasis / response to ionizing radiation / response to muscle activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / response to nutrient / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cholesterol homeostasis / transmembrane transport / receptor complex / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / protein heterodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter family G domain / ABC-2 type transporter / : / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...ABC transporter family G domain / ABC-2 type transporter / : / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-binding cassette sub-family G member 8 / ATP-binding cassette sub-family G member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.93 Å
データ登録者Lee, J.-Y. / Kinch, L.N. / Borek, D.M. / Urbatsch, I.L. / Xie, X.-S. / Grishin, N.V. / Cohen, J.C. / Otwinowski, Z. / Hobbs, H.H. / Rosenbaum, D.M.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL72304 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01-HL20948 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM113050 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM053163 米国
American Heart Association0825285F 米国
American Heart Association0463130Y 米国
引用ジャーナル: Nature / : 2016
タイトル: Crystal structure of the human sterol transporter ABCG5/ABCG8.
著者: Lee, J.Y. / Kinch, L.N. / Borek, D.M. / Wang, J. / Wang, J. / Urbatsch, I.L. / Xie, X.S. / Grishin, N.V. / Cohen, J.C. / Otwinowski, Z. / Hobbs, H.H. / Rosenbaum, D.M.
履歴
登録2015年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22016年6月8日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-binding cassette sub-family G member 5
B: ATP-binding cassette sub-family G member 8
D: ATP-binding cassette sub-family G member 8
C: ATP-binding cassette sub-family G member 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,9914
ポリマ-302,9914
非ポリマー00
00
1
A: ATP-binding cassette sub-family G member 5
B: ATP-binding cassette sub-family G member 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,4952
ポリマ-151,4952
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area49250 Å2
手法PISA
2
D: ATP-binding cassette sub-family G member 8
C: ATP-binding cassette sub-family G member 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,4952
ポリマ-151,4952
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area48390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.552, 224.804, 253.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISILEILEAA36 - 64936 - 649
21HISHISILEILECD36 - 64936 - 649
12GLNGLNPROPROBB24 - 66926 - 671
22GLNGLNPROPRODC24 - 66926 - 671

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 ATP-binding cassette sub-family G member 5 / Sterolin-1


分子量: 74509.445 Da / 分子数: 2 / 変異: G2E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCG5 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9H222
#2: タンパク質 ATP-binding cassette sub-family G member 8 / Sterolin-2


分子量: 76985.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCG8 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9H221

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bicelle, ammonium sulfate, PEG 400, MES, TCEP

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1801
2801
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID11
シンクロトロンAPS 23-ID-D21
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2013年11月26日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2013年10月18日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21
反射解像度: 3.9→50 Å / Num. obs: 46342 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 18.9 % / Net I/σ(I): 8.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.93→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.851 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.731 / SU B: 65.732 / SU ML: 0.853 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.011
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: SAD with tungstate for initial phase determination. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32871 1845 5 %RANDOM
Rwork0.24532 ---
obs0.24951 34889 82.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.196 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.55 Å2-0 Å20 Å2
2---3.4 Å2-0 Å2
3---1.86 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.93→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18151 0 0 0 18151
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01918543
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0218216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6421.9725094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.178341693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.98652283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.83922.668776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.664153223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.84115137
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.22881
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02120659
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.024458
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it28.6866.2279174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other28.6676.2269173
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it42.0629.20911443
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other42.0619.2111444
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it33.8937.6189369
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other33.8917.6189370
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other48.15310.74713652
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined56.37759.10678465
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other56.37759.10778466
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A325070.16
12C325070.16
21B295700.18
22D295700.18
LS精密化 シェル解像度: 3.93→4.029 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.571 15 -
Rwork0.379 268 -
obs--8.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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