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- PDB-5dno: Crystal structure of Mmi1 YTH domain complex with RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dno
タイトルCrystal structure of Mmi1 YTH domain complex with RNA
要素
  • RNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*AP*AP*C)-3')
  • YTH domain-containing protein mmi1
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA-protein complex / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / nuclear RNA surveillance / siRNA-independent facultative heterochromatin formation / regulation of siRNA-independent facultative heterochromatin formation / nuclear exosome focus / nuclear mRNA surveillance of spliceosomal pre-mRNA splicing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, meiosis-specific transcripts / Mei2 nuclear dot complex / heterochromatin island ...: / regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / nuclear RNA surveillance / siRNA-independent facultative heterochromatin formation / regulation of siRNA-independent facultative heterochromatin formation / nuclear exosome focus / nuclear mRNA surveillance of spliceosomal pre-mRNA splicing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, meiosis-specific transcripts / Mei2 nuclear dot complex / heterochromatin island / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / lncRNA catabolic process / CCR4-NOT complex binding / protein-RNA adaptor activity / regulatory ncRNA 3'-end processing / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / pre-mRNA binding / lncRNA binding / mRNA destabilization / pre-mRNA intronic binding / mRNA binding / chromatin / DNA binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ph1033 like fold / ph1033 like domains / YTH domain / YT521-B-like domain / YTH domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA binding exosome specificity factor Mmi1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wang, C.Y. / Zhu, Y.W. / Wu, J.H. / Shi, Y.Y.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A novel RNA-binding mode of the YTH domain reveals the mechanism for recognition of determinant of selective removal by Mmi1
著者: Wang, C.Y. / Zhu, Y.W. / Bao, H.Y. / Jiang, Y.Y. / Xu, C. / Wu, J.H. / Shi, Y.Y.
履歴
登録2015年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YTH domain-containing protein mmi1
B: RNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*AP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4952
ポリマ－22,4952
非ポリマー00
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.527, 77.527, 65.529
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 YTH domain-containing protein mmi1 / Meiotic mRNA interception protein 1


分子量: 20330.092 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 322-488 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / 遺伝子: mmi1, SPCC736.12c
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: O74958
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*UP*UP*AP*AP*AP*C)-3')


分子量: 2165.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100 mM MES, 18% (w/v) PEG 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月15日
放射モノクロメーター: Si 111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→38.76 Å / Num. all: 20917 / Num. obs: 20848 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.602 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R3I

4r3i


解像度: 1.8→38.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 6.392 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2159 1084 5.2 %RANDOM
Rwork0.1758 ---
obs0.1778 19833 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.82 Å2 / Biso mean: 14.057 Å2 / Biso min: 4.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20.1 Å20 Å2
2--0.21 Å2-0 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→38.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1304 143 0 116 1563
Biso mean---22.69 -
残基数----172
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0181487
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021317
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2771.8552029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.42833030
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4725162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.83822.560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.50615241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9911512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02354
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8441.178656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8151.175655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.081.752816
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.41432803
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free33.342537
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.26752842
LS精密化 シェル解像度: 1.797→1.844 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 72 -
Rwork0.225 1469 -
all-1541 -
obs--99.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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