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- PDB-5dmu: Structure of the NHEJ polymerase from Methanocella paludicola -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dmu
タイトルStructure of the NHEJ polymerase from Methanocella paludicola
要素NHEJ Polymerase
キーワードTRANSFERASE / Archaeal Proteins / Biocatalysis / DNA Repair Enzymes / DNA-Directed DNA Polymerase / Protein Structure / Ribonucleotides
機能・相同性DNA ligase D, polymerase domain / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Methanocella paludicola (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.949 Å
データ登録者Brissett, N.C. / Bartlett, E.J. / Doherty, A.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council(BB/J018643/1) 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Molecular basis for DNA strand displacement by NHEJ repair polymerases.
著者: Bartlett, E.J. / Brissett, N.C. / Plocinski, P. / Carlberg, T. / Doherty, A.J.
履歴
登録2015年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NHEJ Polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5827
ポリマ－34,1511
非ポリマー4316
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area13670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.420, 60.550, 59.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NHEJ Polymerase


分子量: 34150.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocella paludicola (strain DSM 17711 / JCM 13418 / NBRC 101707 / SANAE) (古細菌)
株: DSM 17711 / JCM 13418 / NBRC 101707 / SANAE / 遺伝子: MCP_2125 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D1Z0H5

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非ポリマー , 5種, 294分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.44 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 200 mM ammonium sulfate, 20% (w/v) PEG 335

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月12日 / 詳細: VariMax-HF mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.949→58.315 Å / Num. all: 22140 / Num. obs: 22140 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.084 / Rsym value: 0.071 / Net I/av σ(I): 9.94 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 77013
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-2.052.60.23.8730727680.140.24.984
2.05-2.183.50.1654.61091931180.1030.1657.2100
2.18-2.333.60.12861054529540.0790.1289.3100
2.33-2.523.60.1087.1987727360.0660.10811.1100
2.52-2.763.60.0888.6911525110.0540.08813.2100
2.76-3.083.70.06711.2833122790.0410.06716.2100
3.08-3.563.70.04814.8741720320.0290.04821.3100
3.56-4.363.70.03816.2627617140.0230.03826.6100
4.36-6.163.60.03717.2483613410.0230.03725.9100
6.16-13.933.50.03418.423906870.0220.03425.191.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å13.93 Å
Translation2 Å13.93 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLMデータ削減
PHASER2.5.2位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
CrystalClearデータ収集
SCALAデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IRU

2iru


解像度: 1.949→58.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.1799 / WRfactor Rwork: 0.1376 / FOM work R set: 0.8787 / SU B: 3.175 / SU ML: 0.093 / SU R Cruickshank DPI: 0.1546 / SU Rfree: 0.1413 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1954 1131 5.1 %RANDOM
Rwork0.1478 ---
obs0.1502 20996 97.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.76 Å2 / Biso mean: 15.014 Å2 / Biso min: 4.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å20.13 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.949→58.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2404 0 25 288 2717
Biso mean--28.59 26.29 -
残基数----301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.821.973391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8065306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.89722.479121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.44215426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8971527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0941.1871218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7011.7681526
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3591.4791289
LS精密化 シェル解像度: 1.949→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 62 -
Rwork0.168 1175 -
all-1237 -
obs--74.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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