PDB-5dmh: Crystal structure of a domain of unknown function (DUF1537) from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dmh

タイトル

Crystal structure of a domain of unknown function (DUF1537) from Ralstonia eutropha H16 (H16_A1561), Target EFI-511666, complex with ADP.

要素

Uncharacterized protein conserved in bacteria

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / DOMAIN OF UNKNOWN FUNCTION / DUF1537 / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

3-dehydrotetronate 4-kinase / kinase activity / carbohydrate metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cupriavidus necator (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a domain of unknown function (DUF1537) from Ralstonia eutropha H16 (H16_A1561), Target EFI-511666, complex with ADP.
著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S. ...

履歴

登録	2015年9月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dmh.cif.gz	463.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dmh.ent.gz	398.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dmh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dmh_validation.pdf.gz	758.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dmh_full_validation.pdf.gz	761.4 KB	表示
XML形式データ	5dmh_validation.xml.gz	37.5 KB	表示
CIF形式データ	5dmh_validation.cif.gz	58.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/5dmh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/5dmh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7d5a-d 4lxa-1 5v59-d 3k5f-2 3cid-1 2qmf-1 2anl-1 2g1n-2 2p4j-4 4azy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-511666

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein conserved in bacteria

B: Uncharacterized protein conserved in bacteria

ヘテロ分子

95.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein conserved in bacteria

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein conserved in bacteria

登録者が定義した集合体
47.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.130, 87.666, 178.988
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein conserved in bacteria 分子量: 47416.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cupriavidus necator (strain ATCC 17699 / H16 / DSM 428 / Stanier 337) (バクテリア) 株: ATCC 17699 / H16 / DSM 428 / Stanier 337 / 遺伝子: H16_A1561 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0KBC8
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 809 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.37 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein (30 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM ATP, 5 mM MgCl2); Reservoir (MCSG1 (H1) - 0.2 M Ammonium Fluoride, 20%(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (80% Reservoir, 20% glycerol)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月12日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→39.365 Å / Num. obs: 78487 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 22.26 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.103 / R_pim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 17.3 / Num. measured all: 996969 / Scaling rejects: 26

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.8-1.84	10.8	0.857	2.7	48046	4459	0.852	0.271	100
9.18-178.99	10.9	0.056	39	7543	689	0.997	0.018	97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.1.27	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→39.365 Å / FOM work R set: 0.888 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1853	3943	5.03 %
R_work	0.1529	74421	-
obs	0.1546	78364	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 94 Å² / B_iso mean: 27.53 Å² / B_iso min: 9.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→39.365 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6077	0	39	809	6925
B_iso mean	-	-	18.19	35.17	-
残基数	-	-	-	-	836

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6218
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.282	8466
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	995
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1130
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.322	2228

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.822	0.2405	121	0.2148	2643	2764	100
1.822-1.845	0.25	150	0.2073	2602	2752	100
1.845-1.8693	0.2366	146	0.1912	2625	2771	100
1.8693-1.8949	0.2167	127	0.1835	2664	2791	100
1.8949-1.922	0.2364	131	0.1824	2576	2707	100
1.922-1.9507	0.226	126	0.1768	2659	2785	100
1.9507-1.9812	0.2197	147	0.1687	2632	2779	100
1.9812-2.0136	0.2149	129	0.1617	2641	2770	100
2.0136-2.0484	0.1716	145	0.1571	2636	2781	100
2.0484-2.0856	0.2124	121	0.1597	2624	2745	100
2.0856-2.1257	0.2237	137	0.1554	2665	2802	100
2.1257-2.1691	0.2198	133	0.1542	2604	2737	100
2.1691-2.2163	0.1946	142	0.1524	2673	2815	100
2.2163-2.2678	0.2094	137	0.148	2611	2748	100
2.2678-2.3245	0.195	149	0.1444	2654	2803	100
2.3245-2.3874	0.2037	152	0.1357	2622	2774	100
2.3874-2.4576	0.1651	147	0.1353	2643	2790	100
2.4576-2.5369	0.1792	163	0.136	2615	2778	100
2.5369-2.6276	0.1703	142	0.1369	2659	2801	100
2.6276-2.7327	0.1873	146	0.1411	2633	2779	100
2.7327-2.8571	0.1727	148	0.1434	2677	2825	100
2.8571-3.0077	0.1932	140	0.1478	2676	2816	100
3.0077-3.196	0.1777	132	0.1543	2688	2820	100
3.196-3.4426	0.1819	139	0.1508	2679	2818	100
3.4426-3.7888	0.1729	147	0.1473	2714	2861	100
3.7888-4.3365	0.1641	140	0.1334	2709	2849	100
4.3365-5.4612	0.1481	131	0.1394	2771	2902	100
5.4612-39.3743	0.1832	175	0.192	2826	3001	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9834	0.1661	-0.7491	1.4306	0.0223	1.3519	0.0359	0.1072	0.2194	-0.1189	-0.0336	0.2982	-0.0872	-0.396	0.0055	0.1298	0.0287	-0.0387	0.2528	0.0037	0.2676	9.2651	88.0113	119.185
2	0.1279	0.1426	0.0519	0.9992	-0.3833	1.4399	0.0199	-0.0137	0.0445	0.0316	-0.0248	-0.0056	-0.1209	-0.0191	0.0061	0.1133	-0.0007	-0.0107	0.1427	-0.0044	0.1779	21.9855	90.6217	132.5322
3	0.6963	-0.3324	-0.2025	1.7475	0.5099	1.3238	0.0495	0.0788	-0.0133	-0.1707	-0.121	0.1492	0.1055	-0.2086	0.0446	0.1167	-0.0117	-0.0252	0.1733	0.0015	0.1463	15.9717	71.4334	115.8217
4	1.0144	-0.0927	0.5851	1.301	-0.2571	1.2942	0.0864	0.0605	-0.1235	-0.4076	-0.0516	0.1035	0.0517	0.0095	-0.0276	0.238	0.029	-0.0339	0.1264	-0.0128	0.1556	21.224	29.5185	106.3709
5	1.0049	-0.5568	0.7039	0.7571	-0.4494	0.4939	-0.1103	-0.0397	0.1763	0.0474	0.0403	-0.035	0.0145	-0.0217	0.0836	0.265	-0.0063	0.0044	0.1975	0.0051	0.1087	5.4075	49.8048	93.2693
6	1.8882	0.0607	-0.9937	0.9834	0.012	2.0741	0.0872	-0.3707	-0.0484	0.2734	-0.0293	0.3146	-0.1317	0.1462	0.0012	0.3677	-0.0249	0.024	0.2861	0.0231	0.2616	-10.3253	45.7166	98.415
7	1.5633	-0.2541	0.3914	1.1472	0.1966	1.207	0.0312	0.1599	0.0121	-0.1297	-0.0176	-0.0544	0.1983	0.0775	-0.0088	0.3524	0.0295	-0.0347	0.2219	0.0131	0.1616	7.9875	47.3345	90.1809

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 67 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 68 through 232 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 233 through 430 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 232 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 233 through 327 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 328 through 361 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 362 through 432 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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