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- PDB-5dll: Aminopeptidase N (pepN) from Francisella tularensis subsp. tulare... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dll
タイトルAminopeptidase N (pepN) from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4
要素Aminopeptidase N
キーワードHYDROLASE / conserved gene / putative drug target function / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane alanyl aminopeptidase / aminopeptidase activity / metallopeptidase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain / Aminopeptidase N, middle-beta domain / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, Ig-like fold / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain superfamily / Alanyl aminopeptidase, Ig-like domain superfamily / Domain of unknown function (DUF3458) Ig-like fold / Domain of unknown function (DUF3458_C) ARM repeats / Zincin-like fold ...Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain / Aminopeptidase N, middle-beta domain / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, Ig-like fold / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain superfamily / Alanyl aminopeptidase, Ig-like domain superfamily / Domain of unknown function (DUF3458) Ig-like fold / Domain of unknown function (DUF3458_C) ARM repeats / Zincin-like fold / Zincin-like - #30 / Zincin-like / tricorn interacting facor f3 domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Alpha Horseshoe / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Aminopeptidase N
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Borek, D. / Raczynska, J. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Otwinowski, Z. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272200700058C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)Contract No. HHSN272201200026C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Aminopeptidase N (pepN) from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4
著者: Borek, D. / Raczynska, J. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Otwinowski, Z. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
履歴
登録2015年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Derived calculations
改定 1.22016年7月20日Group: Data collection
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminopeptidase N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,95819
ポリマ－99,2431
非ポリマー71518
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.670, 75.670, 161.042
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Aminopeptidase N


分子量: 99243.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (strain SCHU S4 / Schu 4) (バクテリア)
株: SCHU S4 / Schu 4 / 遺伝子: pepN, FTT_1793c / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5NE65, membrane alanyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 5種, 80分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Sodium iodide 0.1 M Bis Tris propane pH 6.5 20% (w/v) PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月4日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→65.53 Å / Num. obs: 26293 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.52 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0 / Mean I/σ(I) obs: 0.921 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DQ6

2dq6


解像度: 2.51→65.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 27.106 / SU ML: 0.294 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25998 1412 5.1 %RANDOM
Rwork0.19303 ---
obs0.19653 26293 78.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.348 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20.17 Å2-0 Å2
2--0.33 Å2-0 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.51→65.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6867 0 22 62 6951
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0197028
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9311.9489490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.674315393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2815855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.3425.269353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.347151272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3511533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.21050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028012
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021633
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0433.0923420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.043.0913419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.884.6334275
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.884.6344276
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9053.4913608
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.8633.4913603
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.095.0635209
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.90624.4487740
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.90424.4487738
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.507→2.572 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 29 -
Rwork0.292 468 -
obs--19.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2577-3.20881.46487.2594-4.80093.2850.2414-0.95570.03030.1235-0.05930.1194-0.13580.1648-0.18210.28640.04870.06490.3039-0.00760.3459-53.5903-46.250468.7724
21.33490.6909-0.39351.73440.06952.3569-0.0796-0.0935-0.02240.29760.14360.08390.0134-0.2394-0.0640.15470.09720.01140.28650.040.0764-68.6455-28.810173.367
31.25621.53250.11853.54430.46591.2028-0.13950.1009-0.09370.01660.3218-0.0448-0.11-0.013-0.18230.1930.06610.02970.25660.01210.1677-60.5045-21.319366.4441
42.0155-0.4192-0.71192.33810.23381.586-0.2356-0.08660.08890.18820.23910.0386-0.1964-0.2222-0.00350.28690.1378-0.04750.2250.02270.1371-64.2755-13.116859.2953
52.29471.1483-0.0012.1866-0.64173.0579-0.00860.01380.05990.13770.0608-0.0231-0.2583-0.0241-0.05220.16240.0419-0.02710.15580.02630.1237-52.0969-16.120248.0588
60.74510.2012-0.41791.2175-0.95911.8061-0.16010.1294-0.10210.0340.0146-0.17470.06190.02770.14550.1680.00560.02830.26660.03210.1786-46.3265-28.115447.8886
72.75710.2193-0.2261.3837-0.19822.7137-0.32290.0042-0.1952-0.06070.0405-0.01890.30440.07430.28240.22510.03810.05550.1544-0.0140.1148-45.3921-40.185450.2929
81.9898-0.7886-0.65231.9192.39453.1029-0.3487-0.2659-0.62850.38360.23590.11770.57520.30480.11280.49610.21520.25090.34740.00720.5021-34.1002-54.003544.6645
91.5759-0.13870.81883.21031.45281.18550.14910.5429-0.6787-0.02020.11960.26540.22240.4083-0.26870.60510.14280.00290.5232-0.31660.599-34.2028-49.934334.626
102.99373.6952-6.47454.7024-9.110238.2195-0.32220.0047-0.5593-0.3595-0.1145-0.4971.0487-0.12890.43680.23880.04370.17010.2691-0.19060.4877-31.8234-58.368631.5938
112.89260.1149-0.22971.25570.10870.0342-0.16090.4305-0.2961-0.20760.1208-0.07480.024-0.01350.040.26920.03660.10030.3804-0.10330.1917-22.8186-41.844436.3801
124.13-0.56852.95844.3674-1.66822.5147-0.0609-0.49220.4473-0.3031-0.6081-1.32630.0889-0.26480.6690.28850.04570.08750.66950.110.5164-9.8594-33.43933.3729
1349.653611.6786-14.15532.8364-4.567121.8941-0.5241-0.47530.6683-0.1543-0.0640.11320.0476-0.65840.58810.42630.0424-0.02950.3671-0.09720.2351-20.92-26.073826.5099
140.937-0.3970.88371.8972-1.53514.4423-0.010.0172-0.0101-0.01250.0225-0.0120.13860.0492-0.01250.05870.03330.00910.2648-0.00610.1209-15.0409-29.622544.0055
155.3524-2.33780.65352.36310.68591.27530.07720.1669-0.2367-0.2109-0.08880.0195-0.1373-0.00830.01150.1127-0.0133-0.01380.33780.15580.1895-21.5841-15.263434.4081
161.8878-1.3936-0.23863.4823-1.03753.2145-0.0885-0.01870.35190.388-0.0363-0.2117-0.22820.21750.12480.3078-0.0517-0.06420.31870.08470.2202-17.6198-8.527943.1132
176.5131-2.3943-3.31055.82964.25274.93990.2064-0.05960.49750.03560.1339-0.0969-0.96750.2406-0.34030.7161-0.0618-0.06580.35130.05120.4741-16.8767-3.04252.1625
186.2631-3.3023.34864.689-1.95493.44480.00340.00220.0890.0021-0.0988-0.1908-0.3386-0.0150.09530.26470.0267-0.00340.20830.05530.0849-20.7097-10.709457.2517
190.1542-0.43040.50242.1508-2.16812.2985-0.1986-0.07290.01750.25730.161-0.0342-0.4268-0.08210.03770.37170.07-0.02360.37870.01640.1282-21.0618-17.895566.5057
202.7513-1.4784-2.1613.26811.02573.9633-0.1471-0.0373-0.39010.0963-0.04720.28450.1508-0.12370.19430.16630.03730.02690.16460.04160.1588-21.885-31.148172.4958
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2A21 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3A119 - 159
4X-RAY DIFFRACTION4A160 - 207
5X-RAY DIFFRACTION5A208 - 290
6X-RAY DIFFRACTION6A291 - 349
7X-RAY DIFFRACTION7A350 - 439
8X-RAY DIFFRACTION8A440 - 486
9X-RAY DIFFRACTION9A487 - 515
10X-RAY DIFFRACTION10A516 - 526
11X-RAY DIFFRACTION11A527 - 579
12X-RAY DIFFRACTION12A580 - 592
13X-RAY DIFFRACTION13A593 - 598
14X-RAY DIFFRACTION14A599 - 645
15X-RAY DIFFRACTION15A646 - 687
16X-RAY DIFFRACTION16A688 - 720
17X-RAY DIFFRACTION17A721 - 733
18X-RAY DIFFRACTION18A734 - 761
19X-RAY DIFFRACTION19A762 - 813
20X-RAY DIFFRACTION20A814 - 864

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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