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- PDB-5dlj: Crystal Structure of Cas-DNA-N1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dlj
タイトルCrystal Structure of Cas-DNA-N1 complex
要素
  • 39-mer DNA N1-F
  • 39-mer DNA N1-R
  • CRISPR-associated endonuclease Cas1
  • CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
キーワードHYDROLASE/DNA / protein-DNA complex / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CRISPR-cas system / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / DNA damage response / protein homodimerization activity ...CRISPR-cas system / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / DNA damage response / protein homodimerization activity / DNA binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cas2 subtype / CRISPR-associated protein (Cas_Cas2CT1978) / CRISPR-associated protein Cas1, ECOLI subtype / CRISPR-associated protein Cas1, type I-E / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / : / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain ...CRISPR-associated protein Cas2 subtype / CRISPR-associated protein (Cas_Cas2CT1978) / CRISPR-associated protein Cas1, ECOLI subtype / CRISPR-associated protein Cas1, type I-E / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / : / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 / CRISPR-associated endonuclease Cas1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wang, J. / Li, J. / Zhao, H. / Sheng, G. / Wang, M. / Yin, M. / Wang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Structural and Mechanistic Basis of PAM-Dependent Spacer Acquisition in CRISPR-Cas Systems.
著者: Wang, J. / Li, J. / Zhao, H. / Sheng, G. / Wang, M. / Yin, M. / Wang, Y.
履歴
登録2015年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: CRISPR-associated endonuclease Cas1
C: CRISPR-associated endonuclease Cas1
A: CRISPR-associated endonuclease Cas1
B: CRISPR-associated endonuclease Cas1
G: 39-mer DNA N1-F
H: 39-mer DNA N1-R
F: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
E: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,3048
ポリマ－164,3048
非ポリマー00
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24230 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area61380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.894, 193.652, 193.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain B and segid B
31chain C and segid C
41chain D and segid D
12chain E and segid E
22chain F and segid F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain B and segid BB0
311chain C and segid CC0
411chain D and segid DD0
112chain E and segid EE0
212chain F and segid FF0

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
CRISPR-associated endonuclease Cas1


分子量: 30709.592 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2-281 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ygbT, cas1, b2755, JW2725 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q46896, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 39-mer DNA N1-F


分子量: 11949.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 39-mer DNA N1-R


分子量: 11909.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 CRISPR-associated endoribonuclease Cas2


分子量: 8803.182 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-78 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ygbF, cas2, b2754, JW5438 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P45956, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.2 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% PEG400,50mM Na cacodylate,3mM spermine,15mM Magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月17日 / 詳細: Mono-chromator and mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 82019 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 38.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 0.919 / Net I/av σ(I): 19.042 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 499478
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.6-2.695.60.80781160.8199.8
2.69-2.85.60.6580590.83699.8
2.8-2.935.50.50480900.86499.9
2.93-3.086.10.35981030.90999.9
3.08-3.286.20.23181480.94499.9
3.28-3.5360.1481581.02199.9
3.53-3.886.40.09682051.02699.9
3.88-4.456.50.06481871.02299.9
4.45-5.66.50.05283140.94499.9
5.6-506.30.0486390.78399.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
HKL-2000data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→39.835 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2075 3600 4.92 %
Rwork0.1794 69539 -
obs0.1808 73139 89.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 168.15 Å2 / Biso mean: 48.7784 Å2 / Biso min: 10.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→39.835 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9662 1577 0 205 11444
Biso mean---52.5 -
残基数----1328
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00611595
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0516057
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441833
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061796
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3494416
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5145X-RAY DIFFRACTION10.032TORSIONAL
12B5145X-RAY DIFFRACTION10.032TORSIONAL
13C5145X-RAY DIFFRACTION10.032TORSIONAL
14D5145X-RAY DIFFRACTION10.032TORSIONAL
21E716X-RAY DIFFRACTION10.032TORSIONAL
22F716X-RAY DIFFRACTION10.032TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5978-2.63190.2692390.232668772624
2.6319-2.6680.3068500.2592980103033
2.668-2.70610.313760.25141392146847
2.7061-2.74650.2805840.25011903198764
2.7465-2.78940.25771060.25872271237776
2.7894-2.83510.31141220.25262481260384
2.8351-2.8840.30071610.25392781294293
2.884-2.93640.25571510.24642815296695
2.9364-2.99290.27421590.23882910306999
2.9929-3.05390.28561510.24062982313399
3.0539-3.12030.23261370.223529663103100
3.1203-3.19290.2413990.227730293128100
3.1929-3.27270.27131820.219829683150100
3.2727-3.36110.22231380.200829923130100
3.3611-3.460.21281480.185529933141100
3.46-3.57160.23381620.178429573119100
3.5716-3.69910.21191720.162229923164100
3.6991-3.84710.18871670.165329663133100
3.8471-4.02210.21951310.156830223153100
4.0221-4.23390.14761470.136130023149100
4.2339-4.49880.15191860.133430153201100
4.4988-4.84560.15731870.133529903177100
4.8456-5.33220.17411740.149630343208100
5.3322-6.10140.1861250.162930963221100
6.1014-7.67810.18871690.167931023271100
7.6781-39.840.17831770.15493213339099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.45510.4860.62391.63720.89431.4775-0.0271-0.1806-0.3980.21620.03240.25050.2078-0.0945-0.09960.2367-0.02330.06440.16550.10220.2963-60.6058-127.078878.0375
20.99390.80391.03536.87261.59191.4988-0.18270.10560.50270.03690.04821.24760.0494-0.4818-0.07580.2446-0.04690.03520.53890.03080.8323-89.313-122.899373.9137
32.2972-0.8476-0.01173.80172.41683.8887-0.10820.6381.2414-0.9173-0.15360.7907-1.0206-0.0880.0310.58250.2325-0.04340.64780.10020.7982-83.667-107.305771.8142
42.8898-0.0432-0.2193.09931.41613.01230.037-0.2967-0.24380.0891-0.02420.3801-0.0593-0.3783-0.01830.1771-0.01090.06050.24230.08710.3571-73.1779-121.316677.9188
53.09050.38550.13146.28890.49875.7370.3265-0.0846-0.0738-0.0287-0.0366-0.1457-0.44920.174-0.08140.2732-0.06010.06830.21480.08370.1607-46.733-109.39565.6953
62.73190.89380.07965.6321-0.67543.7622-0.01710.22010.0710.0198-0.2003-0.2555-0.76480.6589-0.05490.2709-0.09390.03340.20390.04380.168-43.2488-112.558367.573
70.5120.4309-0.73454.70820.23074.45070.07410.0913-0.14240.03620.0733-0.08240.3836-0.0237-0.16460.14640.0058-0.01170.14480.0030.1343-47.9418-119.716168.8943
83.36220.42951.01581.22210.69073.8207-0.0437-0.07480.1202-0.6566-0.67921.3997-0.6572-0.57650.4210.31810.0679-0.1730.3215-0.06580.5713-63.8883-131.446358.5794
94.0570.4538-0.08474.9121.84622.9339-0.41340.7543-0.2998-1.06210.19310.29780.48090.02460.19380.61810.0593-0.13590.2795-0.11270.408-52.5711-144.602346.7492
105.50295.48490.9385.45150.86991.57820.50140.2514-0.4707-0.0649-0.4062-0.35910.15960.36790.06010.51760.11960.12180.336-0.01940.5382-37.4998-143.705350.2855
113.1872-1.58240.5672.3116-0.32111.3752-0.105-0.1554-0.0278-0.01120.047-0.3176-0.03670.34260.13040.2917-0.00170.0680.21220.02110.436-35.4067-132.844162.2459
122.2967-0.8019-0.83713.3080.3252.76270.1034-0.08680.0103-0.2878-0.0965-0.47310.10980.2588-0.00570.31030.02120.00050.15370.00030.3283-41.9207-132.839256.1602
138.49030.41194.52129.4728-0.69977.4137-0.3580.53250.8472-0.67590.1624-0.8003-0.73130.19480.2260.25280.02690.10350.41940.02420.4748-35.619-120.806354.2076
141.78930.66591.12720.52350.83951.28150.3770.7614-0.5438-0.8246-0.10130.0478-0.2995-0.0424-0.0160.48510.1735-0.22510.28460.02580.2866-57.8439-130.278548.0112
153.53670.34410.43713.31051.60732.8394-0.09720.44270.4683-0.4732-0.12090.2272-0.72730.11180.22930.3605-0.0379-0.04970.22830.11690.3167-37.7792-57.794223.8019
162.6937-0.3946-0.51261.56730.6761.3942-0.04060.61560.1658-0.21160.0542-0.1729-0.03420.3026-0.05980.1919-0.02970.05590.4140.08580.143-21.2213-72.133415.3021
171.2783-0.8313-0.65320.79511.13095.3916-0.0754-0.4007-0.24070.02020.1112-0.30120.13131.2488-0.04830.2509-0.0626-0.01790.89240.01580.60141.7429-70.605423.0434
183.89871.02841.18832.72541.78963.53310.109-0.2054-0.05150.5725-0.0064-0.51270.35920.5106-0.04870.2635-0.0194-0.06960.44980.05160.2919-10.4285-70.769129.0991
192.1616-0.2395-0.12053.36770.99492.4740.14930.37370.432-0.2686-0.0536-0.2663-0.60960.35120.07770.1775-0.08090.01840.3690.10260.3072-17.248-63.956619.9088
202.3512-0.0858-0.21315.03260.08565.94540.1476-0.0466-0.10860.5328-0.08650.27140.0554-0.12420.00480.1842-0.03840.04480.14410.04840.1699-40.6188-78.520233.6695
213.5028-0.1622-0.07873.56951.92513.6956-0.03350.4336-0.3172-0.06090.2663-0.22460.42470.5101-0.2490.36590.102-0.04690.2740.00750.1504-32.6728-90.87468.0918
225.1468-0.4038-5.32382.10350.38485.610.34110.8324-0.0303-0.08620.02260.3199-0.0149-0.5802-0.33560.4965-0.0714-0.08630.527-0.02940.3179-49.8699-95.04171.5424
235.4978-0.161.44541.0057-0.11931.66260.11010.07560.0053-0.0484-0.00880.11360.2034-0.2349-0.07960.2553-0.03550.01050.343100.1243-46.1407-85.211611.5021
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252.34572.09420.02256.08013.83553.54210.06570.58410.2329-0.5366-0.14251.4661-0.01210.49740.03230.4005-0.0675-0.09840.4717-0.02470.6375-31.66-41.271731.3924
26-0.72841.2585-2.17370.1083-1.05941.47480.7784-0.02230.57760.6609-0.26920.9794-0.69870.4609-0.08620.7099-0.1530.17510.58160.2720.7951-54.388-88.408266.3321
272.2465-0.4197-1.54053.86924.04635.57170.0821-0.3341-0.9850.21820.52021.00920.4831.2071-0.25810.42620.12360.05490.6777-0.0410.502-55.7584-113.8605104.1767
28-0.78762.4067-1.151.6477-1.3382-0.07130.7249-0.68710.04550.6292-0.54770.5108-0.51091.197-0.23420.7125-0.18630.19680.86790.28240.5746-32.9248-78.983856.8558
293.35662.37860.23686.83030.12763.51540.0968-0.24010.00860.1881-0.45730.0750.03890.5788-0.05780.5471-0.38680.320.08750.5816-0.3371-39.0428-93.507147.9236
303.6180.78750.11374.66241.31216.42730.2492-0.28310.24990.3855-0.34320.511-0.15620.47310.01820.4334-0.05710.07590.2380.08910.2107-38.1481-85.400246.8408
313.50842.60312.40617.11215.89045.0146-0.3279-0.173-0.4854-0.0476-0.1411-0.78990.24281.48340.08930.5233-0.03560.03790.52540.20320.2832-28.8383-91.877544.6612
323.6392-1.0486-0.30820.83911.40548.56230.3244-0.6273-0.33841.2825-1.2684-0.01530.48690.45310.33740.6494-0.1758-0.08120.53970.15720.3777-34.5846-96.742654.5334
332.8155-0.454-2.06682.0412-0.82486.04160.6487-0.06260.17890.10130.27740.4139-0.52450.26260.27010.5047-0.5440.4633-0.93690.9873-0.2347-48.3474-97.354251.7979
343.55950.5944-0.69385.26873.13344.43810.2994-0.00640.23140.0989-0.02050.3744-0.57540.6221-0.22670.4562-0.08020.07020.190.09050.2465-49.2223-98.445559.9227
353.7711-4.0305-2.3457.61085.57724.4918-0.0690.5527-0.0772-0.6650.50761.5594-0.3789-0.8182-0.22170.4633-0.06110.00380.29680.27610.5655-58.4869-100.66853.4524
367.0726-0.1016-1.15626.28890.8322.53280.41430.25990.0492-0.58750.80630.7143-0.92940.2857-0.55230.6133-0.07380.180.19860.19930.4669-52.3505-93.697647.8672
377.1185-0.8208-2.23463.83922.25473.84640.17060.2380.911-0.03731.16260.258-0.8281-0.2368-0.10070.8340.33680.18150.38230.25250.752-53.2791-87.491248.9578
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 15 through 133 )D15 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 134 through 155 )D134 - 155
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 156 through 174 )D156 - 174
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 175 through 281 )D175 - 281
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 2 through 40 )C2 - 40
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 41 through 61 )C41 - 61
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 62 through 88 )C62 - 88
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 89 through 108 )C89 - 108
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 109 through 133 )C109 - 133
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 134 through 156 )C134 - 156
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 157 through 198 )C157 - 198
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 199 through 242 )C199 - 242
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 243 through 259 )C243 - 259
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 260 through 281 )C260 - 281
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 15 through 54 )A15 - 54
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 55 through 133 )A55 - 133
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 134 through 156 )A134 - 156
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 157 through 242 )A157 - 242
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 243 through 281 )A243 - 281
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 2 through 78 )B2 - 78
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 79 through 133 )B79 - 133
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 134 through 156 )B134 - 156
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 157 through 227 )B157 - 227
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 228 through 281 )B228 - 281
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 1 through 5 )G1 - 5
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 6 through 39 )G6 - 39
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 1 through 5 )H1 - 5
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 6 through 39 )H6 - 39
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 1 through 9 )F1 - 9
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 10 through 36 )F10 - 36
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 37 through 50 )F37 - 50
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 51 through 78 )F51 - 78
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 1 through 9 )E1 - 9
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 10 through 36 )E10 - 36
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 37 through 50 )E37 - 50
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 51 through 67 )E51 - 67
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 68 through 78 )E68 - 78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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