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万見
- PDB-5dky: Crystal structure of glucosidase II alpha subunit (DNJ-bound from) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dky
タイトルCrystal structure of glucosidase II alpha subunit (DNJ-bound from)
要素Alpha glucosidase-like protein
キーワードHYDROLASE / ENDOPLASMIC RETICULUM / GLYCOSIDE HYDROLASE / GLYCOSYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-glucosidase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF5110 / Domain of unknown function (DUF5110) / Glycosyl hydrolases family 31, active site / Glycosyl hydrolases family 31 active site. / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain ...Domain of unknown function DUF5110 / Domain of unknown function (DUF5110) / Glycosyl hydrolases family 31, active site / Glycosyl hydrolases family 31 active site. / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1-DEOXYNOJIRIMYCIN / alpha-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Satoh, T. / Toshimori, T. / Yan, G. / Yamaguchi, T. / Kato, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
JSPS/MEXT24770102, 25121730 to T.S. and 15H02491, 25102008, 24249002 to K.K. 日本
PRESTO/JST13417569 to T.S. 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural basis for two-step glucose trimming by glucosidase II involved in ER glycoprotein quality control.
著者: Satoh, T. / Toshimori, T. / Yan, G. / Yamaguchi, T. / Kato, K.
履歴
登録2015年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月17日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha glucosidase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,6642
ポリマ－108,5011
非ポリマー1631
水14,754819
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area32980 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)189.523, 189.523, 157.784
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1771-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Alpha glucosidase-like protein


分子量: 108501.156 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 31-977 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0064960 / プラスミド: pCold-GST (modified) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0SG42
#2: 化合物 ChemComp-NOJ / 1-DEOXYNOJIRIMYCIN / MORANOLINE / 1-デオキシノジリマイシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 819 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.2 M sodium citrate tribasic, 0.1 M Tris-HCl (pH 7.0), 2.5 mM DNJ

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 141836 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.482 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 7092 5 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.156 133918 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.444 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0.03 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7485 0 11 819 8315
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0197744
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4271.93710505
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.795316483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21085
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0218757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021866
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2551.8513720
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2531.8513719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9012.7724649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9012.7734650
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9342.0584022
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9342.0584022
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0592.9915850
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.55119.7627357
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.23419.336958
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.601→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 516 -
Rwork0.237 9757 -
obs--99.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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