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- PDB-5dkt: N-terminal His tagged apPOL exonuclease mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dkt
タイトルN-terminal His tagged apPOL exonuclease mutant
要素Prex DNA polymerase
キーワードTRANSFERASE / DNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


apicoplast / : / DNA helicase activity / 3'-5' exonuclease activity / single-stranded DNA binding / 5'-3' DNA helicase activity / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
AAA domain / Twinkle-like protein / Archaeal primase DnaG/twinkle-like, TOPRIM domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A ...AAA domain / Twinkle-like protein / Archaeal primase DnaG/twinkle-like, TOPRIM domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Plastid replication-repair enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Milton, M.E. / Honzatko, R.B. / Choe, J.Y. / Nelson, S.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Iowa State University College of Liberal Arts and Sciences 米国
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the Apicoplast DNA Polymerase from Plasmodium falciparum: The First Look at a Plastidic A-Family DNA Polymerase.
著者: Milton, M.E. / Choe, J.Y. / Honzatko, R.B. / Nelson, S.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the Plasmodium falciparum apicoplast DNA polymerase.
著者: Milton, M.E. / Choe, J.Y. / Honzatko, R.B. / Nelson, S.W.
履歴
登録2015年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22016年10月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prex DNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,06211
ポリマ－76,1741
非ポリマー88810
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Prex DNA polymerase
ヘテロ分子

A: Prex DNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,12422
ポリマ－152,3492
非ポリマー1,77520
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+5/61
Buried area5320 Å2
ΔGint-260 kcal/mol
Surface area56710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.775, 141.775, 148.759
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Prex DNA polymerase / Pfprex


分子量: 76174.250 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1389-2016 / 変異: D82N, E84Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: POM1, PF14_0112 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 Gen-X / 参照: UniProt: Q8ILY1, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 30%(w/v) PEG monomethyl ether 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 19706 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 47.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.345 / Rpim(I) all: 0.195 / Rrim(I) all: 0.339 / Χ2: 1.07 / Net I/av σ(I): 3.373 / Net I/σ(I): 2.5 / Num. measured all: 82305
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.9-33.418810.0180.6680.72696.4
3-3.123.719130.1040.570.71697.30.991
3.12-3.273.919430.1820.4950.73998.10.878
3.27-3.44419290.2480.4110.83798.20.7450.855
3.44-3.65419380.4520.3490.86397.90.6330.727
3.65-3.944.219770.6580.2591.01398.30.4920.559
3.94-4.334.419610.8370.191.0998.30.3650.413
4.33-4.964.520020.9230.1371.24298.60.2680.302
4.96-6.244.620260.9190.1371.14498.20.2690.304
6.24-504.821360.990.0551.84796.70.1120.125

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2KFN

2kfn


解像度: 2.9→47.346 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2995 1970 10 %
Rwork0.2647 17724 -
obs0.2682 19694 97.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 206.99 Å2 / Biso mean: 53.5513 Å2 / Biso min: 0.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→47.346 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4795 0 46 63 4904
Biso mean--38.14 19.99 -
残基数----577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034920
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5496633
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025736
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003838
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6171869
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8965-2.96890.40791260.38851143126990
2.9689-3.04920.42081360.37651209134596
3.0492-3.13890.41821370.36641232136997
3.1389-3.24020.35081390.34731258139798
3.2402-3.35590.37981380.33741241137998
3.3559-3.49030.3881400.31751259139999
3.4903-3.64910.32841400.29051262140298
3.6491-3.84140.2991400.27311262140298
3.8414-4.08190.28881410.25751267140899
4.0819-4.39690.26741420.21471275141798
4.3969-4.8390.25251430.20791292143599
4.839-5.53820.28561450.2121307145299
5.5382-6.9740.29291470.24871313146098
6.974-47.35270.19421560.20081404156097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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