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- PDB-5dk5: Crystal structure of CRN-4-MES complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dk5
タイトルCrystal structure of CRN-4-MES complex
要素Cell death-related nuclease 4
キーワードHYDROLASE / DEDDh exonuclease / Inhibitor / Complex structure / DNase / RNase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA nuclease activity / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / apoptotic DNA fragmentation / DNA catabolic process / RNA catabolic process / RNA nuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / single-stranded DNA binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity ...DNA nuclease activity / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / apoptotic DNA fragmentation / DNA catabolic process / RNA catabolic process / RNA nuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / single-stranded DNA binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / 3'-5' exonuclease crn-4
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hsiao, Y.-Y. / Yuan, H.S.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and TechnologyMOST 103-2311-B-009 -001 -MY3 台湾
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Identification of Inhibitors for the DEDDh Family of Exonucleases and a Unique Inhibition Mechanism by Crystal Structure Analysis of CRN-4 Bound with 2-Morpholin-4-ylethanesulfonate (MES)
著者: Huang, K.-W. / Hsu, K.-C. / Chu, L.-Y. / Yang, J.-M. / Yuan, H.S. / Hsiao, Y.-Y.
履歴
登録2015年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell death-related nuclease 4
B: Cell death-related nuclease 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,17615
ポリマ－71,1852
非ポリマー99113
水8,143452
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area26520 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)66.259, 67.624, 178.002
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cell death-related nuclease 4


分子量: 35592.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: crn-4 / プラスミド: pGEX4T-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q10905, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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非ポリマー , 5種, 465分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.66 % / 解説: Rectangular columns
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50mM MES monohydrate, 20mM Magnesium chloride hexahydrate, 15%(v/v) 2-Propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 47266 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 13.33
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOLREP位相決定
HKL-2000data processing
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CG7

3cg7


解像度: 2.1→29.751 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 20.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2166 3662 7.77 %
Rwork0.1788 --
obs0.1818 47139 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.751 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4801 0 54 452 5307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034964
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6966719
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5861838
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028725
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002864
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.12770.31371380.27821627X-RAY DIFFRACTION99
2.1277-2.15680.32041340.2881643X-RAY DIFFRACTION99
2.1568-2.18760.28681390.27171661X-RAY DIFFRACTION99
2.1876-2.22020.30351290.26141641X-RAY DIFFRACTION98
2.2202-2.25490.30321500.25731631X-RAY DIFFRACTION99
2.2549-2.29190.25951290.23891656X-RAY DIFFRACTION99
2.2919-2.33140.24821470.22761651X-RAY DIFFRACTION99
2.3314-2.37380.24611430.22041644X-RAY DIFFRACTION99
2.3738-2.41940.26561370.20481640X-RAY DIFFRACTION99
2.4194-2.46880.24411500.20771644X-RAY DIFFRACTION99
2.4688-2.52240.23661580.19631625X-RAY DIFFRACTION99
2.5224-2.58110.24771390.19381653X-RAY DIFFRACTION99
2.5811-2.64560.24371490.18821654X-RAY DIFFRACTION99
2.6456-2.7170.23931270.181660X-RAY DIFFRACTION99
2.717-2.79690.21761380.17971671X-RAY DIFFRACTION99
2.7969-2.88710.22691480.17761660X-RAY DIFFRACTION99
2.8871-2.99020.22621370.17291666X-RAY DIFFRACTION100
2.9902-3.10980.221370.18131671X-RAY DIFFRACTION100
3.1098-3.25120.21731430.1681686X-RAY DIFFRACTION99
3.2512-3.42240.19451410.15991685X-RAY DIFFRACTION99
3.4224-3.63650.1991430.16211691X-RAY DIFFRACTION99
3.6365-3.91670.17721490.14561681X-RAY DIFFRACTION99
3.9167-4.30980.18581380.13141720X-RAY DIFFRACTION100
4.3098-4.93090.15811330.13361718X-RAY DIFFRACTION99
4.9309-6.20320.1781380.16251747X-RAY DIFFRACTION99
6.2032-29.7540.18421480.16241851X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.5884 Å / Origin y: -4.7919 Å / Origin z: 18.6382 Å
111213212223313233
T0.1749 Å2-0.0404 Å2-0.0013 Å2-0.1716 Å2-0.0146 Å2--0.2032 Å2
L0.7105 °2-0.1412 °2-0.6563 °2-0.752 °20.038 °2--1.3294 °2
S0.092 Å °-0.0654 Å °0.0831 Å °0.1989 Å °-0.024 Å °0.0234 Å °-0.175 Å °0.0761 Å °-0.0724 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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