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- PDB-5djs: Thermobaculum terrenum O-GlcNAc transferase mutant - K341M -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5djs
タイトルThermobaculum terrenum O-GlcNAc transferase mutant - K341M
要素Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein
キーワードTRANSFERASE / GT41 / OGT / O-GlcNAc transferase / UDP
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
O-GlcNAc transferase, C-terminal / Glycosyl transferase family 41 / : / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobaculum terrenum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ostrowski, A. / Gundogdu, M. / Ferenbach, A.T. / Lebedev, A. / van Aalten, D.M.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome TrustWT087590MA 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Evidence for a Functional O-Linked N-Acetylglucosamine (O-GlcNAc) System in the Thermophilic Bacterium Thermobaculum terrenum.
著者: Ostrowski, A. / Gundogdu, M. / Ferenbach, A.T. / Lebedev, A.A. / van Aalten, D.M.
履歴
登録2015年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22015年12月30日Group: Database references
改定 1.32017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein
B: Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein
C: Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein
D: Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,0188
ポリマ－236,4014
非ポリマー1,6174
水2,396133
1
A: Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5052
ポリマ－59,1001
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5052
ポリマ－59,1001
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5052
ポリマ－59,1001
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5052
ポリマ－59,1001
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.188, 216.361, 216.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 529
2111B1 - 529
3111C1 - 529
4111D1 - 529

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.999933, -0.002983, 0.011174), (-0.011187, -0.004305, 0.999928), (-0.002935, -0.999986, -0.004338)16.81353, -53.58954, 51.3329
3given(0.999941, -0.002792, -0.010461), (-0.010477, -0.00578, -0.999928), (0.002731, 0.999979, -0.005809)-17.05639, 51.66231, 53.93635
4given(0.999812, -0.017686, 0.007982), (-0.01767, -0.999842, -0.002117), (0.008018, 0.001975, -0.999966)34.35325, -2.53546, 104.86625

-
要素

#1: タンパク質
Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein


分子量: 59100.340 Da / 分子数: 4 / 変異: K341M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobaculum terrenum (バクテリア)
遺伝子: Tter_2822 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D1CIY5
#2: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.38 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12.5% poly[acrylic acid sodium salt] 2100, 0.5 M ammonium phosphate, 0.1 M strontium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.506
11-H, L, K20.494
反射解像度: 2.8→49 Å / Num. obs: 82234 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.8→8.85 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
SCALAデータスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化解像度: 2.8→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 9.362 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24568 4119 5 %RANDOM
Rwork0.2179 ---
obs0.2193 78027 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.283 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-54.89 Å20 Å20 Å2
2---27.68 Å20 Å2
3----27.21 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16368 0 100 133 16601
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01916920
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0216012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3661.97423080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.002336612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.03352080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.73821.487780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.209152652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.94215216
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.22560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02119028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024036
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6385.2958332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6375.2948331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3497.9310408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3497.93110409
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7135.5898588
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7135.5898587
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5278.27312673
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.95541.90818621
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.81541.82318579
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 8097 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Auth asym-IDRms dev position (Å)
A4.49
B4.04
C4.52
D3.91
LS精密化 シェル解像度: 2.799→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.619 306 -
Rwork0.555 5581 -
obs--99.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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