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- PDB-5dip: Crystal structure of lpg0406 in reduced form from Legionella pneu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dip
タイトルCrystal structure of lpg0406 in reduced form from Legionella pneumophila
要素Alkyl hydroperoxide reductase AhpD
キーワードOXIDOREDUCTASE / alkylhydroperoxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxiredoxin activity
類似検索 - 分子機能
Alkylhydroperoxidase AhpD core / AhpD-like / Carboxymuconolactone decarboxylase-like / AhpD-like / Carboxymuconolactone decarboxylase family / AhpD-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Carboxymuconolactone decarboxylase-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.097 Å
データ登録者Chen, X. / Gong, X. / Zhang, N. / Ge, H.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
the National Natural Science Foundation of China31270770 中国
the National Natural Science Foundation of China31400641 中国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Structure of lpg0406, a carboxymuconolactone decarboxylase family protein possibly involved in antioxidative response from Legionella pneumophila
著者: Chen, X. / Hu, Y. / Yang, B. / Gong, X. / Zhang, N. / Niu, L. / Wu, Y. / Ge, H.
履歴
登録2015年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD
B: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8166
ポリマ－26,6552
非ポリマー1614
水3,783210
1
A: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD
B: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD
ヘテロ分子

A: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD
B: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD
ヘテロ分子

A: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD
B: Alkyl hydroperoxide reductase AhpD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,44818
ポリマ－79,9656
非ポリマー48312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
Buried area21940 Å2
ΔGint-321 kcal/mol
Surface area23430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.712, 145.712, 145.712
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-394-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Alkyl hydroperoxide reductase AhpD / alkylhydroperoxidase


分子量: 13327.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: lptwr_00386, lpymg_00422 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: A0A0C9P2U2, UniProt: Q5ZYG6*PLUS, peroxiredoxin
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, 22% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97861 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.097→50 Å / Num. obs: 30286 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Net I/σ(I): 29.1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.8.4_1496 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DIK

5dik


解像度: 2.097→28.576 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 13.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.158 1528 5.05 %
Rwork0.1342 --
obs0.1354 30247 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.097→28.576 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1696 0 9 210 1915
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1232441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.296700
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005308
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0975-2.16520.16991370.13612629X-RAY DIFFRACTION100
2.1652-2.24250.16691360.13372609X-RAY DIFFRACTION100
2.2425-2.33230.1531330.13012562X-RAY DIFFRACTION100
2.3323-2.43840.1751470.14492573X-RAY DIFFRACTION100
2.4384-2.56690.15641250.14562611X-RAY DIFFRACTION100
2.5669-2.72760.17391450.15032585X-RAY DIFFRACTION100
2.7276-2.9380.17981410.15812601X-RAY DIFFRACTION100
2.938-3.23330.18161480.15322594X-RAY DIFFRACTION100
3.2333-3.70030.14651420.12982599X-RAY DIFFRACTION100
3.7003-4.65870.13181340.10922648X-RAY DIFFRACTION100
4.6587-28.57910.14991400.12772708X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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