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- PDB-5din: Structural Basis for the Indispensable Role of a Unique Zinc Fing... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5din
タイトルStructural Basis for the Indispensable Role of a Unique Zinc Finger Motif in LNX2 Ubiquitination
要素Ligand of Numb protein X 2
キーワードLIGASE / E3 ligase / Ubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


neural precursor cell proliferation / PDZ domain binding / neuron differentiation / ubiquitin-protein transferase activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. ...: / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ligand of Numb protein X 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.864 Å
データ登録者Sivaraman, J. / Nayak, D.
引用ジャーナル: Oncotarget / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the indispensable role of a unique zinc finger motif in LNX2 ubiquitination.
著者: Nayak, D. / Sivaraman, J.
履歴
登録2015年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22015年12月23日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ligand of Numb protein X 2
B: Ligand of Numb protein X 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,40211
ポリマ－30,6842
非ポリマー7199
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.969, 69.399, 52.249
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ligand of Numb protein X 2 / Numb-binding protein 2 / PDZ domain-containing RING finger protein 1


分子量: 15341.971 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 20-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LNX2, PDZRN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N448, ubiquitin-protein ligase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES monohydrate, 12% w/v Polyethylene glycol 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1.282 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.864→24.24 Å / Num. obs: 25094 / % possible obs: 98.92 % / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 9.91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.864→24.24 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2321 3881 7.92 %Random selection
Rwork0.1899 ---
obs0.1933 25094 98.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.864→24.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1997 0 20 243 2260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012090
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0912825
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.467789
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073300
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006355
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8637-1.88640.24791070.2371443X-RAY DIFFRACTION88
1.8864-1.91030.30081530.22321517X-RAY DIFFRACTION94
1.9103-1.93540.25771250.20711562X-RAY DIFFRACTION94
1.9354-1.96190.2551270.21861558X-RAY DIFFRACTION96
1.9619-1.98990.24911440.19541590X-RAY DIFFRACTION97
1.9899-2.01960.24261310.19711596X-RAY DIFFRACTION97
2.0196-2.05120.27511490.19191618X-RAY DIFFRACTION99
2.0512-2.08480.26771270.19671598X-RAY DIFFRACTION99
2.0848-2.12070.24781440.18941630X-RAY DIFFRACTION99
2.1207-2.15920.24111350.19441622X-RAY DIFFRACTION100
2.1592-2.20070.28741410.20131652X-RAY DIFFRACTION100
2.2007-2.24560.24141320.18621632X-RAY DIFFRACTION100
2.2456-2.29440.28961430.19681604X-RAY DIFFRACTION100
2.2944-2.34770.21271480.20211650X-RAY DIFFRACTION100
2.3477-2.40640.29431320.19651619X-RAY DIFFRACTION100
2.4064-2.47140.24291340.20781665X-RAY DIFFRACTION100
2.4714-2.54410.26711420.20491623X-RAY DIFFRACTION100
2.5441-2.62610.26131490.20961629X-RAY DIFFRACTION100
2.6261-2.71980.23281400.18821640X-RAY DIFFRACTION100
2.7198-2.82860.22931360.20351581X-RAY DIFFRACTION100
2.8286-2.95710.21391400.19281666X-RAY DIFFRACTION100
2.9571-3.11270.21111500.19591644X-RAY DIFFRACTION100
3.1127-3.30730.26761460.21851630X-RAY DIFFRACTION100
3.3073-3.56190.21691390.18621613X-RAY DIFFRACTION100
3.5619-3.9190.19151430.1651630X-RAY DIFFRACTION99
3.919-4.4830.20431410.15141629X-RAY DIFFRACTION100
4.483-5.63630.2021420.16751629X-RAY DIFFRACTION100
5.6363-24.2420.20741410.19081641X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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