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- PDB-5dhd: Crystal structure of ChBD2 from Thermococcus kodakarensis KOD1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dhd
タイトルCrystal structure of ChBD2 from Thermococcus kodakarensis KOD1
要素Chitinase
キーワードHYDROLASE / chitin / chitinase / chitin binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #290 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Cellulose binding domain / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / Carbohydrate-binding module family 5/12 / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 ...Immunoglobulin-like - #290 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Cellulose binding domain / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / Carbohydrate-binding module family 5/12 / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PE3 / Chitinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.27 Å
データ登録者Hibi, M. / Niwa, S. / Takeda, K. / Miki, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
CREST, JST 日本
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of chitin binding domains of chitinase from Thermococcus kodakarensis KOD1
著者: Hanazono, Y. / Takeda, K. / Niwa, S. / Hibi, M. / Takahashi, N. / Kanai, T. / Atomi, H. / Miki, K.
履歴
登録2015年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9329
ポリマ－10,9311
非ポリマー4,0018
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area5080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.245, 60.245, 68.845
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Chitinase / Chitinase / containing dual catalytic domains


分子量: 10931.009 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 621-720 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
株: KOD1 / 遺伝子: Pk-chiA, TK1765 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UWR7, chitinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEGMME 5000, ammonium sulfate, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.27→50 Å / Num. obs: 36880 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.637 / Net I/av σ(I): 39.2 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 264688
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.27-1.292.60.37715801.05686.6
1.29-1.323.60.4118191.10597.1
1.32-1.344.20.40418451.1299.3
1.34-1.374.70.38618421.19699.1
1.37-1.44.80.38318401.23599.2
1.4-1.435.20.35918691.35299.6
1.43-1.475.40.34218381.46299.6
1.47-1.515.80.30518521.6199.5
1.51-1.556.30.26618421.70899.7
1.55-1.66.80.22618531.91999.5
1.6-1.667.10.2118551.823100
1.66-1.727.50.17518791.92199.7
1.72-1.88.10.14318391.83899.9
1.8-1.98.70.12318771.81499.9
1.9-2.029.30.12118551.66599.8
2.02-2.179.80.13318761.75699.9
2.17-2.3910.20.13818651.76699.9
2.39-2.7410.40.10318751.65699.9
2.74-3.4510.90.04518771.47399.8
3.45-50110.0319021.66999.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
DENZOデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP11.0.05位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DHE

5dhe


解像度: 1.27→50 Å / FOM work R set: 0.8546 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1946 1827 4.9 %
Rwork0.1954 35030 -
obs-36857 98.6 %
溶媒の処理Bsol: 62.8652 Å2
原子変位パラメータBiso max: 70 Å2 / Biso mean: 21.7732 Å2 / Biso min: 7.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.119 Å20 Å20 Å2
2--1.119 Å20 Å2
3----2.237 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.27→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数765 0 104 60 929
Biso mean--46.61 32.47 -
残基数----98
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.0951.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.5342
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.5142
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.9122.5
LS精密化 シェル解像度: 1.27→1.28 Å / Rfactor Rfree: 0.4048 / Rfactor Rwork: 0.371
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3so4.param
X-RAY DIFFRACTION4pe3.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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