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- PDB-5dh3: Crystal structure of MST2 in complex with XMU-MP-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dh3
タイトルCrystal structure of MST2 in complex with XMU-MP-1
要素Serine/threonine-protein kinase 3
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / MST2 / MST1 / Hippo Pathway / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / cell differentiation involved in embryonic placenta development / primitive hemopoiesis / neural tube formation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of hippo signaling / endocardium development / negative regulation of organ growth / hippo signaling / transcription regulator activator activity ...regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / cell differentiation involved in embryonic placenta development / primitive hemopoiesis / neural tube formation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of hippo signaling / endocardium development / negative regulation of organ growth / hippo signaling / transcription regulator activator activity / Signaling by Hippo / protein localization to centrosome / organ growth / hepatocyte apoptotic process / regulation of MAPK cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of fat cell differentiation / JNK cascade / central nervous system development / protein serine/threonine kinase activator activity / epithelial cell proliferation / positive regulation of JNK cascade / protein tetramerization / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein import into nucleus / negative regulation of epithelial cell proliferation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein stabilization / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / centrosome / magnesium ion binding / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Mst1 SARAH domain / C terminal SARAH domain of Mst1 / SARAH domain / SARAH domain profile. / : / p53-like tetramerisation domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...: / Mst1 SARAH domain / C terminal SARAH domain of Mst1 / SARAH domain / SARAH domain profile. / : / p53-like tetramerisation domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5BS / Serine/threonine-protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.468 Å
データ登録者Kong, L.L. / Yun, C.H.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China2012CB917202 中国
National Science Foundation of China31270769 中国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2016
タイトル: Pharmacological targeting of kinases MST1 and MST2 augments tissue repair and regeneration
著者: Fan, F. / He, Z. / Kong, L.L. / Chen, Q. / Yuan, Q. / Zhang, S. / Ye, J. / Liu, H. / Sun, X. / Geng, J. / Yuan, L. / Hong, L. / Xiao, C. / Zhang, W. / Sun, X. / Li, Y. / Wang, P. / Huang, L. ...著者: Fan, F. / He, Z. / Kong, L.L. / Chen, Q. / Yuan, Q. / Zhang, S. / Ye, J. / Liu, H. / Sun, X. / Geng, J. / Yuan, L. / Hong, L. / Xiao, C. / Zhang, W. / Sun, X. / Li, Y. / Wang, P. / Huang, L. / Wu, X. / Ji, Z. / Wu, Q. / Xia, N.S. / Gray, N.S. / Chen, L. / Yun, C.H. / Deng, X. / Zhou, D.
履歴
登録2015年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 3
B: Serine/threonine-protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4446
ポリマ－71,4802
非ポリマー9644
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area25960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.871, 98.462, 166.771
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-556-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 3 / Mammalian STE20-like protein kinase 2 / MST-2 / STE20-like kinase MST2 / Serine/threonine-protein kinase Krs-1


分子量: 35739.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK3, KRS1, MST2 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q13188, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-5BS / 4-[(5,10-dimethyl-6-oxo-6,10-dihydro-5H-pyrimido[5,4-b]thieno[3,2-e][1,4]diazepin-2-yl)amino]benzenesulfonamide


分子量: 416.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16N6O3S2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 28% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 26735 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-3000data processing
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LG4

4lg4


解像度: 2.468→47.217 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 1342 5.04 %
Rwork0.2112 --
obs0.213 26636 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.468→47.217 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4520 0 62 128 4710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094700
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0446389
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7171823
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012804
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4678-2.5560.35711210.30332271X-RAY DIFFRACTION90
2.556-2.65830.35391360.29622511X-RAY DIFFRACTION99
2.6583-2.77930.3271280.28832504X-RAY DIFFRACTION99
2.7793-2.92580.33711380.26712526X-RAY DIFFRACTION100
2.9258-3.10910.30791340.26712525X-RAY DIFFRACTION100
3.1091-3.3490.30241520.24062534X-RAY DIFFRACTION100
3.349-3.6860.23741210.21032565X-RAY DIFFRACTION100
3.686-4.2190.19491340.17632565X-RAY DIFFRACTION100
4.219-5.31440.18591270.16612607X-RAY DIFFRACTION100
5.3144-47.22530.2241510.19352686X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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