ソフトウェア 名称 バージョン 分類 SCALEPACKデータスケーリング PHENIXdev_1839精密化 PDB_EXTRACT3.15 データ抽出 PHENIX位相決定 HKL-2000データ削減
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 2.895→35.177 Å / SU ML : 0.35 / 交差検証法 : FREE R-VALUE / σ(F) : 1.42 / 位相誤差 : 28.39 / 立体化学のターゲット値 : MLRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2611 2071 7.37 % Random selection Rwork 0.221 26027 - - obs 0.224 28098 92.11 % -
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL原子変位パラメータ Biso max : 128.34 Å2 / Biso mean : 39.5311 Å2 / Biso min : 8.65 Å2 精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 2.895→35.177 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 8198 0 88 17 8303 Biso mean - - 22.48 23.05 - 残基数 - - - - 1030
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.005 8438 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d0.963 11425 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.037 1305 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.005 1442 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d13.435 3047
Refine LS restraints NCS Ens-ID Dom-ID Auth asym-ID 数 Refine-ID Rms タイプ 1 1 A6177 X-RAY DIFFRACTION 5.701 TORSIONAL1 2 B6177 X-RAY DIFFRACTION 5.701 TORSIONAL
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used : 15
解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Num. reflection all % reflection obs (%)2.895-2.9621 0.2621 93 0.2221 1157 1250 62 2.9621-3.0362 0.281 104 0.2335 1315 1419 70 3.0362-3.1182 0.2552 120 0.2328 1487 1607 79 3.1182-3.2099 0.287 130 0.2369 1617 1747 86 3.2099-3.3134 0.3208 148 0.2512 1756 1904 92 3.3134-3.4318 0.2771 145 0.2423 1814 1959 97 3.4318-3.5691 0.2942 143 0.2405 1864 2007 99 3.5691-3.7313 0.2538 150 0.2239 1886 2036 99 3.7313-3.9278 0.2478 149 0.219 1862 2011 100 3.9278-4.1735 0.2007 146 0.2237 1889 2035 100 4.1735-4.4952 0.2521 149 0.1958 1867 2016 100 4.4952-4.9464 0.2395 147 0.1883 1896 2043 100 4.9464-5.6596 0.2409 149 0.2174 1880 2029 100 5.6596-7.1208 0.2838 151 0.236 1877 2028 100 7.1208-35.1794 0.2697 147 0.2069 1860 2007 98
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 6) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.97 0.429 0.7681 0.9618 0.5516 0.8611 0.533 0.3356 -1.1353 0.065 0.0854 -1.0455 0.3809 -0.0807 0.1925 0.3203 0.1841 0.1207 0.3614 -0.2678 -0.6742 19.5695 45.1751 151.4974 2 1.3782 0.2673 0.0511 1.656 -0.1194 0.7146 0.1805 -0.2224 0.4357 -0.0107 -0.2676 0.7269 0.0638 -0.0501 0.0431 0.0734 -0.0013 -0.0388 0.1497 -0.0246 0.4577 29.5619 41.5697 186.9751 3 1.2583 -0.3699 -0.9031 -0.0483 0.1025 0.6253 -0.2099 -0.0155 -0.6895 0.3705 -0.1387 -0.2304 0.1453 -0.0422 0.2379 0.4991 -0.1131 0.0841 0.4118 0.0463 0.3215 12.4203 38.9371 217.1026 4 1.0275 -0.1664 0.2108 0.7218 -0.4083 0.465 0.1482 0.1996 -1.0687 -0.6169 0.0572 0.5412 0.4838 -0.3718 -0.0317 0.558 -0.1026 -0.1482 0.3276 0.0542 -0.6816 -5.4049 39.2304 149.8073 5 1.6146 -0.0884 -0.2797 1.3157 -0.0968 0.6455 -0.3186 -0.0132 0.7762 -0.0306 0.3 -0.0074 0.0011 0.0103 0.0026 0.0721 0.0452 0.0156 0.0745 0.0865 0.4199 -4.7447 26.6586 186.0147 6 0.0711 -0.2866 -0.3224 1.1016 0.7436 0.6029 -0.1066 -0.218 -0.5187 0.2512 -0.4889 0.8102 0.1064 -0.25 0.4381 0.419 0.093 0.0556 0.4812 -0.1042 0.5082 -14.291 40.3906 216.9481
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 chain 'A' and (resid 4 through 141 )A0 2 X-RAY DIFFRACTION 2 chain 'A' and (resid 142 through 413 )A0 3 X-RAY DIFFRACTION 3 chain 'A' and (resid 414 through 556 )A0 4 X-RAY DIFFRACTION 4 chain 'B' and (resid 4 through 128 )B0 5 X-RAY DIFFRACTION 5 chain 'B' and (resid 129 through 413 )B0 6 X-RAY DIFFRACTION 6 chain 'B' and (resid 414 through 556 )B0