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万見
- PDB-5dgk: SCCmec type IV Cch - active helicase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dgk
タイトルSCCmec type IV Cch - active helicase
要素Active helicase
キーワードREPLICATION / Active ring shaped helicase
機能・相同性Cch, helix turn helix domain / Domain of unknown function DUF927 / Domain of unknown function (DUF927) / Cch helix turn helix domain / metal ion binding / identical protein binding / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DUF927 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.895 Å
データ登録者Rice, P.A. / Mir-Sanchis, I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R21AI117593-01 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Staphylococcal SCCmec elements encode an active MCM-like helicase and thus may be replicative.
著者: Mir-Sanchis, I. / Roman, C.A. / Misiura, A. / Pigli, Y.Z. / Boyle-Vavra, S. / Rice, P.A.
履歴
登録2015年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22016年10月19日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Active helicase
B: Active helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,6916
ポリマ－136,6302
非ポリマー1,0614
水30617
1
A: Active helicase
B: Active helicase
ヘテロ分子

A: Active helicase
B: Active helicase
ヘテロ分子

A: Active helicase
B: Active helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)413,07318
ポリマ－409,8906
非ポリマー3,18312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area38680 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area113630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.140, 110.140, 302.755
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 4 - 556 / Label seq-ID: 4 - 556

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 Active helicase / Uncharacterized protein


分子量: 68314.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: ERS195391_02151, R114_17, R92_17
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q0WXP6
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 32% PEG 200, 0.1M HEPES, pH 7.4 / PH範囲: 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→35.177 Å / Num. obs: 28123 / % possible obs: 92.19 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / % possible all: 64.16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXdev_1839精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.895→35.177 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 28.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2611 2071 7.37 %Random selection
Rwork0.221 26027 --
obs0.224 28098 92.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 128.34 Å2 / Biso mean: 39.5311 Å2 / Biso min: 8.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.895→35.177 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8198 0 88 17 8303
Biso mean--22.48 23.05 -
残基数----1030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96311425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051442
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4353047
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6177X-RAY DIFFRACTION5.701TORSIONAL
12B6177X-RAY DIFFRACTION5.701TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.895-2.96210.2621930.22211157125062
2.9621-3.03620.2811040.23351315141970
3.0362-3.11820.25521200.23281487160779
3.1182-3.20990.2871300.23691617174786
3.2099-3.31340.32081480.25121756190492
3.3134-3.43180.27711450.24231814195997
3.4318-3.56910.29421430.24051864200799
3.5691-3.73130.25381500.22391886203699
3.7313-3.92780.24781490.21918622011100
3.9278-4.17350.20071460.223718892035100
4.1735-4.49520.25211490.195818672016100
4.4952-4.94640.23951470.188318962043100
4.9464-5.65960.24091490.217418802029100
5.6596-7.12080.28381510.23618772028100
7.1208-35.17940.26971470.20691860200798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.970.4290.76810.96180.55160.86110.5330.3356-1.13530.0650.0854-1.04550.3809-0.08070.19250.32030.18410.12070.3614-0.2678-0.674219.569545.1751151.4974
21.37820.26730.05111.656-0.11940.71460.1805-0.22240.4357-0.0107-0.26760.72690.0638-0.05010.04310.0734-0.0013-0.03880.1497-0.02460.457729.561941.5697186.9751
31.2583-0.3699-0.9031-0.04830.10250.6253-0.2099-0.0155-0.68950.3705-0.1387-0.23040.1453-0.04220.23790.4991-0.11310.08410.41180.04630.321512.420338.9371217.1026
41.0275-0.16640.21080.7218-0.40830.4650.14820.1996-1.0687-0.61690.05720.54120.4838-0.3718-0.03170.558-0.1026-0.14820.32760.0542-0.6816-5.404939.2304149.8073
51.6146-0.0884-0.27971.3157-0.09680.6455-0.3186-0.01320.7762-0.03060.3-0.00740.00110.01030.00260.07210.04520.01560.07450.08650.4199-4.744726.6586186.0147
60.0711-0.2866-0.32241.10160.74360.6029-0.1066-0.218-0.51870.2512-0.48890.81020.1064-0.250.43810.4190.0930.05560.4812-0.10420.5082-14.29140.3906216.9481
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 141 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 142 through 413 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 414 through 556 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 4 through 128 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 129 through 413 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 414 through 556 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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