PDB-5dg2: Sugar binding protein - human galectin-2 (dimer)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dg2

タイトル

Sugar binding protein - human galectin-2 (dimer)

要素

Galectin-2

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / human galectin-2

機能・相同性

機能・相同性情報

galectin complex / galactoside binding / T cell homeostasis / cell-cell adhesion / positive regulation of inflammatory response / carbohydrate binding / positive regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.612 Å

データ登録者

Su, J.Y. / Si, Y.L.

引用

ジャーナル: Acta Biochim. Biophys. Sin. (Shanghai) / 年: 2016
タイトル: Human galectin-2 interacts with carbohydrates and peptides non-classically: new insight from X-ray crystallography and hemagglutination.
著者: Si, Y. / Feng, S. / Gao, J. / Wang, Y. / Zhang, Z. / Meng, Y. / Zhou, Y. / Tai, G. / Su, J.

履歴

登録	2015年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dg2.cif.gz	66.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dg2.ent.gz	47.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dg2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dg2_validation.pdf.gz	802.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dg2_full_validation.pdf.gz	803.5 KB	表示
XML形式データ	5dg2_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	5dg2_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/5dg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/5dg2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dg1C 5ewsC 1hlcS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ews-2 5dg1-2 5ews-7 5ews-1 5ews-3 5ews-4 5mwx-d 5ews-8 1gan-d 6m5y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-2

B: Galectin-2

ヘテロ分子

30.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.060, 66.080, 106.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質

Galectin-2 / Gal-2 / Beta-galactoside-binding lectin L-14-II / HL14 / Lactose-binding lectin 2 / S-Lac lectin 2

分子量: 14945.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05162

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-lactose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-lactose

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium citrate, amino sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→41.43 Å / Num. obs: 35446 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / Net I/σ(I): 11.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HLC

1hlc

解像度: 1.612→41.43 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2342	1999	5.65 %
R_work	0.2054	-	-
obs	0.2071	35358	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.56 Å² / B_iso mean: 26.1524 Å² / B_iso min: 13.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.612→41.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1946	0	23	113	2082
B_iso mean	-	-	31.47	33.63	-
残基数	-	-	-	-	258

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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