PDB-5dfa: 3D structure of the E323A catalytic mutant of Gan42B, a GH42 beta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dfa

タイトル

3D structure of the E323A catalytic mutant of Gan42B, a GH42 beta-galactosidase from G. stearothermophilus

要素

Beta-galactosidase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside Hydrolase / Geobacillus stearothermophilus / Mutant Proteins / beta-Galactosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

galactose metabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Solomon, H.V. / Tabachnikov, O. / Lansky, S. / Feinberg, H. / Govada, L. / Chayen, N.E. / Shoham, Y. / Shoham, G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structure-function relationships in Gan42B, an intracellular GH42 beta-galactosidase from Geobacillus stearothermophilus.
著者: Solomon, H.V. / Tabachnikov, O. / Lansky, S. / Salama, R. / Feinberg, H. / Shoham, Y. / Shoham, G.

履歴

登録	2015年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月27日	Group: Database references
置き換え	2017年5月31日	ID: 4OJY
改定 1.2	2017年5月31日	Group: Structure summary
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dfa.cif.gz	452.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dfa.ent.gz	367.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dfa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/5dfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/5dfa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kwgS 4oif S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4oif-d 4ojy-d 4uni-d 5xb7-1 4uoq-d 4uoz-d 3tty-1 4ucf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (2) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-galactosidase

B: Beta-galactosidase

C: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

241 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.730, 181.310, 197.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-galactosidase / Beta-gal 分子量: 80040.297 Da / 分子数: 3 / 変異: E323A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: ganB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8TRX0, beta-galactosidase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 16-18% PEG 3350, 250 mM NaCl, 100 mM Hepes buffer pH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→71.7 Å / Num. obs: 87146 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / R_merge(I) obs: 0.198 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1KWG

1kwg

解像度: 2.5→66.806 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22	4369	5.02 %
R_work	0.1573	-	-
obs	0.1605	87099	96.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→66.806 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16921	0	57	1120	18098

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	17705
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.683	24066
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.342	6513
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.026	2498
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3112

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5284	0.2733	153	0.1783	2696	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5284-2.5582	0.2992	159	0.1775	2710	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5582-2.5894	0.3066	145	0.1778	2706	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5894-2.6221	0.2553	139	0.1796	2736	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6221-2.6566	0.3065	141	0.1899	2792	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6566-2.693	0.2816	152	0.1929	2697	X-RAY DIFFRACTION	98
2.693-2.7315	0.262	140	0.1825	2769	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7315-2.7723	0.2712	129	0.1804	2798	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7723-2.8156	0.2705	143	0.1817	2745	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8156-2.8618	0.2905	132	0.18	2788	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8618-2.9111	0.2479	131	0.1726	2780	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9111-2.964	0.2481	146	0.1768	2769	X-RAY DIFFRACTION	98
2.964-3.0211	0.2413	183	0.1801	2741	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0211-3.0827	0.2297	159	0.167	2788	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0827-3.1498	0.2493	152	0.1717	2785	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1498-3.223	0.2783	140	0.1741	2761	X-RAY DIFFRACTION	98
3.223-3.3036	0.2114	143	0.1691	2805	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3036-3.3929	0.2483	137	0.1675	2797	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3929-3.4928	0.2127	158	0.1602	2747	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4928-3.6055	0.2181	132	0.1596	2816	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6055-3.7344	0.2192	141	0.1528	2765	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7344-3.8839	0.1838	156	0.1452	2724	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8839-4.0606	0.186	152	0.1367	2772	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0606-4.2746	0.1849	119	0.1316	2796	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2746-4.5424	0.1681	148	0.1213	2721	X-RAY DIFFRACTION	95
4.5424-4.893	0.1652	158	0.124	2740	X-RAY DIFFRACTION	96
4.893-5.3853	0.1952	138	0.1353	2756	X-RAY DIFFRACTION	95
5.3853-6.164	0.1909	135	0.159	2713	X-RAY DIFFRACTION	93
6.164-7.7642	0.2055	150	0.1561	2699	X-RAY DIFFRACTION	91
7.7642-66.8301	0.1643	158	0.144	2818	X-RAY DIFFRACTION	91

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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