[日本語] English
万見
- PDB-5df0: Crystal structure of AcMNPV Chitinase A in complex WITH CHITOTRIO... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5df0
タイトルCrystal structure of AcMNPV Chitinase A in complex WITH CHITOTRIO-THIAZOLINE DITHIOAMIDE
要素Ac-ChiA
キーワードHYDROLASE / Chitinase / AcMNPV / chitin / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Chitinase A N-terminal / Chitinase A, N-terminal domain / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 ...Chitinase A N-terminal / Chitinase A, N-terminal domain / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Roll / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-58Y / Chem-SN5 / Ac-ChiA
類似検索 - 構成要素
生物種Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.251 Å
データ登録者Mou, T.-C. / Sprang, S.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103546 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of AcMNPV Chitinase A
著者: Mou, T.-C. / Sprang, S.R.
履歴
登録2015年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ac-ChiA
B: Ac-ChiA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,51018
ポリマ－121,7502
非ポリマー2,76016
水28816
1
A: Ac-ChiA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,32110
ポリマ－60,8751
非ポリマー1,4469
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ac-ChiA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1898
ポリマ－60,8751
非ポリマー1,3147
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.712, 112.766, 129.591
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ac-ChiA / Chitinase


分子量: 60875.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (ウイルス)
遺伝子: ChiA, Ac-ChiA / 発現宿主: Alphabaculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q70SQ1, chitinase

-
糖 , 2種, 8分子

#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-SN5 / 2-deoxy-2-(ethanethioylamino)-beta-D-glucopyranose / N-ethanethioyl-beta-D-glucosamine / 2-deoxy-2-(ethanethioylamino)-beta-D-glucose / 2-deoxy-2-(ethanethioylamino)-D-glucose / 2-deoxy-2-(ethanethioylamino)-glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 237.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO5S

-
非ポリマー , 4種, 24分子

#4: 化合物 ChemComp-58Y / (2R,3aR,5R,6R,7R,7aR)-5-(hydroxymethyl)-2-methylhexahydro-3aH-pyrano[3,2-d][1,3]thiazole-6,7-diol


分子量: 221.274 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO4S
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate, MES / PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月16日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.251→28.09 Å / Num. obs: 20513 / % possible obs: 89.64 % / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 3.58
反射 シェル解像度: 3.251→3.367 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Rsym value: 0.127 / % possible all: 81.95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EDQ

1edq


解像度: 3.251→14.978 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 25.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2856 1978 9.75 %
Rwork0.2259 --
obs0.2318 20291 89.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.251→14.978 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8334 0 171 16 8521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48511878
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2385008
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431285
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031520
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2506-3.3310.38551260.30031174X-RAY DIFFRACTION81
3.331-3.420.33611310.28181203X-RAY DIFFRACTION85
3.42-3.51940.3411340.27831247X-RAY DIFFRACTION85
3.5194-3.63140.36631280.28091175X-RAY DIFFRACTION83
3.6314-3.75930.33831280.25911196X-RAY DIFFRACTION82
3.7593-3.90720.28291460.22831345X-RAY DIFFRACTION92
3.9072-4.08160.261460.21691347X-RAY DIFFRACTION94
4.0816-4.2920.28721490.20141377X-RAY DIFFRACTION95
4.292-4.55380.26311470.20031370X-RAY DIFFRACTION94
4.5538-4.8940.23791470.18881363X-RAY DIFFRACTION92
4.894-5.36580.26881440.19771328X-RAY DIFFRACTION91
5.3658-6.0960.27821440.22121337X-RAY DIFFRACTION91
6.096-7.51520.27141550.21671428X-RAY DIFFRACTION95
7.5152-14.97810.22411530.19591423X-RAY DIFFRACTION92

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る