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万見
- PDB-5dei: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE FROM PSEUDOMONAS PUTIDA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dei
タイトルBENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE FROM PSEUDOMONAS PUTIDA
要素Benzoylformate decarboxylase
キーワードLYASE / BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE / THIAMIN DIPHOSPHATE / BICARBONATE
機能・相同性
機能・相同性情報


benzoylformate decarboxylase / benzoylformate decarboxylase activity / mandelate catabolic process / acetolactate synthase activity / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains ...Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / THIAMINE DIPHOSPHATE / Benzoylformate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Bera, A.K. / Hasson, M.S.
引用
ジャーナル: to be published
タイトル: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE FROM PSEUDOMONAS PUTIDA
著者: Bera, A.K. / Hasson, M.S.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: Mechanism-based inactivation of benzoylformate decarboxylase, a thiamin diphosphate-dependent enzyme.
著者: Bera, A.K. / Polovnikova, L.S. / Roestamadji, J. / Widlanski, T.S. / Kenyon, G.L. / McLeish, M.J. / Hasson, M.S.
履歴
登録2015年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年8月4日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Benzoylformate decarboxylase
B: Benzoylformate decarboxylase
C: Benzoylformate decarboxylase
D: Benzoylformate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,16526
ポリマ－223,7844
非ポリマー2,38022
水42,3892353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28720 Å2
ΔGint-251 kcal/mol
Surface area58820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.166, 92.451, 93.715
Angle α, β, γ (deg.)63.590, 72.420, 72.880
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Benzoylformate decarboxylase / BFDC


分子量: 55946.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: RF4738 / 遺伝子: mdlC / プラスミド: PREP7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20906, benzoylformate decarboxylase

-
非ポリマー , 5種, 2375分子

#2: 化合物
ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE BY HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION AGAINST A WELL SOLUTION OF 22% (V/V) POLYETHYLENE GLYCOL WITH AN AVERAGE MOLECULAR WEIGHT OF 400 KDA (PEG 400), 0.15 M ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE BY HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION AGAINST A WELL SOLUTION OF 22% (V/V) POLYETHYLENE GLYCOL WITH AN AVERAGE MOLECULAR WEIGHT OF 400 KDA (PEG 400), 0.15 M CACL2, 0.5% (V/V) MPD, 0.1 M TRISCL (PH 8.5)
PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→82 Å / Num. obs: 418656 / % possible obs: 86.22 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 13.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.44 / Net I/σ(I): 1.97
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 67.4 / % possible all: 44.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BFD

1bfd


解像度: 1.3→27.413 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 15.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1481 10017 2.39 %
Rwork0.1361 408639 -
obs0.1364 418656 86.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 60.74 Å2 / Biso mean: 19.4061 Å2 / Biso min: 10.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→27.413 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15736 0 218 2353 18307
Biso mean--14.34 31.28 -
残基数----2096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00916416
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.40222429
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.112507
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092975
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9456053
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3004-1.31510.23021550.23085899605437
1.3151-1.33060.24431790.22087723790249
1.3306-1.34680.27561990.22058668886755
1.3468-1.36390.21872350.21869603983861
1.3639-1.38180.22742750.2201105271080267
1.3818-1.40080.23172770.2109115601183773
1.4008-1.42080.21832910.2029124171270879
1.4208-1.4420.21893250.1999131131343883
1.442-1.46450.2153380.1918138131415187
1.4645-1.48850.19593480.1826141981454690
1.4885-1.51420.19353590.1717145221488192
1.5142-1.54170.17283580.1652147511510993
1.5417-1.57140.15753610.1534148001516194
1.5714-1.60340.17313680.1506149101527894
1.6034-1.63830.15413680.1443150281539695
1.6383-1.67640.16193640.1431150081537295
1.6764-1.71830.16153590.1411150471540695
1.7183-1.76480.15553890.1399150771546696
1.7648-1.81670.14113630.1326151411550496
1.8167-1.87530.14093640.1333151341549896
1.8753-1.94230.15843730.1431148381521194
1.9423-2.02010.12793790.1254152511563096
2.0201-2.1120.13643670.1221152661563397
2.112-2.22330.12783740.1211153271570197
2.2233-2.36250.13263670.1202149351530295
2.3625-2.54480.13373900.1182153761576698
2.5448-2.80060.13393810.1225155111589298
2.8006-3.20540.14093820.1325154691585198
3.2054-4.03630.13093720.1232151081548096
4.0363-27.4190.14463570.1287146191497692
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.012 Å / Origin y: 10.6423 Å / Origin z: 1.12 Å
111213212223313233
T0.1045 Å2-0.0048 Å2-0.0008 Å2-0.1262 Å2-0.0035 Å2--0.1326 Å2
L0.0453 °2-0.0116 °2-0.0046 °2-0.1686 °2-0.0385 °2--0.2089 °2
S-0.0018 Å °0.0002 Å °0.0016 Å °-0.0032 Å °-0.0036 Å °-0.0126 Å °0.0012 Å °-0.0069 Å °0.0055 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 526
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 526
3X-RAY DIFFRACTION1allC3 - 526
4X-RAY DIFFRACTION1allD3 - 526
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 4
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 4
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 14
8X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 2353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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