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万見
- PDB-5deg: Crystal structure of B*27:06 bound to the pVIPR peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5deg
タイトルCrystal structure of B*27:06 bound to the pVIPR peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • Peptide derived of VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR 1 (pVIPR)
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-COMPLEX / MHC MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX) / HLA- B*2706
機能・相同性
機能・相同性情報


vasoactive intestinal polypeptide receptor activity / G protein-coupled peptide receptor activity / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / peptide hormone binding / antigen processing and presentation / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / TAP binding ...vasoactive intestinal polypeptide receptor activity / G protein-coupled peptide receptor activity / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / peptide hormone binding / antigen processing and presentation / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / defense response / negative regulation of neurogenesis / Glucagon-type ligand receptors / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / early endosome membrane / late endosome membrane / protein-folding chaperone binding / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / protein refolding / G alpha (s) signalling events / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / receptor complex / amyloid fibril formation / membrane => GO:0016020 / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor 1 / GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor / : / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. ...GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor 1 / GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor / : / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Vasoactive intestinal polypeptide receptor 1 / Beta-2-microglobulin / HLA-B alpha chain (B*2706)
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Loll, B. / Fabian, H. / Hee, C.S. / Huser, H. / Uchanska-Ziegler, B. / Ziegler, A.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 449 ドイツ
German Research FoundationUC 8/1-3 ドイツ
引用ジャーナル: Arthritis Rheumatol / 年: 2016
タイトル: Increased Conformational Flexibility of HLA-B*27 Subtypes Associated With Ankylosing Spondylitis.
著者: Loll, B. / Fabian, H. / Huser, H. / Hee, C.S. / Ziegler, A. / Uchanska-Ziegler, B. / Ziegler, A.
履歴
登録2015年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22016年1月27日Group: Database references
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_related_exp_data_set
Item: _citation.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Peptide derived of VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR 1 (pVIPR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4045
ポリマ－45,2203
非ポリマー1842
水7,062392
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.768, 81.684, 64.433
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31941.133 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / プラスミド: PHN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7YQB0, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: PHN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Peptide derived of VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR 1 (pVIPR)


分子量: 1399.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32241*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20%(w/v) PEG 8000, 100 mM Tris-HCl pH 7.0 / Temp details: 291

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.005 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→30 Å / Num. obs: 43847 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 34.7
反射 シェル解像度: 1.83→1.9 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2a83

2a83


解像度: 1.83→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.015 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19308 2205 5 %RANDOM
Rwork0.17097 ---
obs0.17214 41622 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.591 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20.48 Å2
2---0.77 Å20 Å2
3---0.76 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.83→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3190 0 12 392 3594
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0213588
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022569
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2671.9324897
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79836189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9855423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.37222.938211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.99215628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9491543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214014
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02802
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6081.52034
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.161.5800
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10523338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.65931554
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7274.51543
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.833→1.88 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 143 -
Rwork0.271 2989 -
obs--96.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2713-0.1148-0.34660.78940.03050.55250.0282-0.1637-0.00950.1071-0.00840.01570.0039-0.023-0.01980.0243-0.00620.00320.01690.00220.001510.39017.806233.7922
21.10010.29420.28023.36343.50548.3457-0.00310.3224-0.0551-0.5877-0.06310.0838-0.1689-0.11430.06620.15980.0103-0.00620.1256-0.01160.0537-9.8373.58274.8955
34.0162-1.13261.19752.9952-1.12762.10270.01210.31340.3556-0.1783-0.03470.1102-0.0368-0.05280.02260.0693-0.0061-0.00560.06050.0440.05520.618621.918313.5989
428.0544-0.9311-8.75070.03350.28892.7305-0.2131-2.6162-0.31680.01510.0935-0.00460.06780.81920.11960.0948-0.0008-0.00610.27920.04610.109215.32337.175341.2273
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 185
2X-RAY DIFFRACTION2A186 - 276
3X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4C1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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