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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ded | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the small alarmone synthethase 1 from Bacillus subtilis bound to its product pppGpp | ||||||
要素 | GTP pyrophosphokinase YjbM | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / (p)ppGpp / alarmone / stringent response / allosteric regulator | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GTP diphosphokinase activity / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / GTP diphosphokinase / kinase activity / phosphorylation / GTP binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis PY79 (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.942 Å | ||||||
データ登録者 | Steinchen, W. / Schuhmacher, J.S. / Altegoer, F. / Bange, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015 タイトル: Catalytic mechanism and allosteric regulation of an oligomeric (p)ppGpp synthetase by an alarmone. 著者: Steinchen, W. / Schuhmacher, J.S. / Altegoer, F. / Fage, C.D. / Srinivasan, V. / Linne, U. / Marahiel, M.A. / Bange, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ded.cif.gz | 329.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ded.ent.gz | 269.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ded.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ded_validation.pdf.gz | 4.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ded_full_validation.pdf.gz | 4.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5ded_validation.xml.gz | 65.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ded_validation.cif.gz | 81.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/5ded ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/5ded | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25629.303 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis PY79 (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: yjbM, BSU11600 / プラスミド: pET24d(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O31611, GTP diphosphokinase #2: 化合物 | ChemComp-0O2 / #3: 化合物 | ChemComp-MG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Citric acid, pH 4.0, 5% (w/v) PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.94→50.6 Å / Num. obs: 51454 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | Rmerge(I) obs: 0.273 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5DEC 解像度: 2.942→50.567 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.66 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.942→50.567 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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