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- PDB-5de8: Crystal structure of the complex between human FMRP RGG motif and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5de8
タイトルCrystal structure of the complex between human FMRP RGG motif and G-quadruplex RNA, iridium hexammine bound form.
要素
  • Fragile X mental retardation protein 1
  • sc1
キーワードRNA binding protein/RNA / Fragile X syndrome / RNA structure / RGG box / FMRP / G-quadruplex / RNA binding protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of intracellular transport of viral material / growth cone filopodium / regulation of translation at presynapse, modulating synaptic transmission / regulation of neuronal action potential / modulation by host of viral RNA genome replication / poly(G) binding / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / neuronal ribonucleoprotein granule / animal organ development ...positive regulation of intracellular transport of viral material / growth cone filopodium / regulation of translation at presynapse, modulating synaptic transmission / regulation of neuronal action potential / modulation by host of viral RNA genome replication / poly(G) binding / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / neuronal ribonucleoprotein granule / animal organ development / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / negative regulation of long-term synaptic depression / dendritic filopodium / regulation of dendritic spine development / RNA strand annealing activity / chromocenter / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / filopodium tip / regulation of neurotransmitter secretion / regulation of filopodium assembly / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / siRNA binding / poly(A) binding / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / membraneless organelle assembly / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / sequence-specific mRNA binding / miRNA binding / positive regulation of filopodium assembly / poly(U) RNA binding / intracellular membraneless organelle / glutamate receptor signaling pathway / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of dendritic spine development / dynein complex binding / positive regulation of receptor internalization / chromosome, centromeric region / glial cell projection / mRNA transport / mRNA export from nucleus / Cajal body / negative regulation of cytoplasmic translation / translation regulator activity / translation repressor activity / translation initiation factor binding / : / negative regulation of translational initiation / signaling adaptor activity / axon terminus / regulation of mRNA stability / stress granule assembly / RNA splicing / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / cell projection / molecular condensate scaffold activity / cellular response to virus / mRNA 5'-UTR binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / RNA stem-loop binding / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / nervous system development / presynapse / presynaptic membrane / ribosome binding / chromosome / growth cone / microtubule binding / G-quadruplex RNA binding / dendritic spine / perikaryon / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / postsynapse / neuron projection / postsynaptic density / negative regulation of translation / protein heterodimerization activity / axon / ribonucleoprotein complex / DNA repair / mRNA binding / synapse / dendrite / chromatin binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / : / : / : / : / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal core / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1 / Synaptic functional regulator FMRP, KH0 domain / FMR1, tudor domain ...Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / : / : / : / : / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal core / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1 / Synaptic functional regulator FMRP, KH0 domain / FMR1, tudor domain / Fragile X-related 1 protein core C terminal / FMRP KH0 domain / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, Tudor domain / Agenet-like domain profile. / Agenet-like domain / Agenet domain / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
IRIDIUM HEXAMMINE ION / : / RNA / RNA (> 10) / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1003 Å
データ登録者Vasilyev, N. / Polonskaia, A. / Darnell, J.C. / Darnell, R.B. / Patel, D.J. / Serganov, A.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103403 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R21MH103655 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)TR01 GM104962 米国
Whitehead Institute for Biomedical Research 米国
Edward Mallinckrodt, Jr. Foundation 米国
New York University 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Crystal structure reveals specific recognition of a G-quadruplex RNA by a beta-turn in the RGG motif of FMRP.
著者: Vasilyev, N. / Polonskaia, A. / Darnell, J.C. / Darnell, R.B. / Patel, D.J. / Serganov, A.
履歴
登録2015年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22015年10月14日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sc1
B: Fragile X mental retardation protein 1
C: sc1
D: Fragile X mental retardation protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,04811
ポリマ－26,4984
非ポリマー1,5507
水00
1
A: sc1
B: Fragile X mental retardation protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1716
ポリマ－13,2492
非ポリマー9224
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area6090 Å2
手法PISA
2
C: sc1
D: Fragile X mental retardation protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8775
ポリマ－13,2492
非ポリマー6283
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.650, 130.600, 36.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: RNA鎖 sc1


分子量: 11459.821 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質・ペプチド Fragile X mental retardation protein 1 / Protein FMR-1


分子量: 1788.939 Da / 分子数: 2 / Mutation: R527A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q06787
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 0.2 M ammonium acetate, 18% PEG 4000. Incubated with 10 mM iridium hexammine for heavy atom derivation.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1.10528 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.10528 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 9586 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 7.45 / Num. unique all: 677 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.9_1692精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1003→19.355 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2273 243 4.56 %
Rwork0.2007 --
obs0.2019 5334 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1003→19.355 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数170 1518 37 0 1725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061898
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2172943
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.709896
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006104
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1003-3.90080.31310.24232437X-RAY DIFFRACTION98
3.9008-19.35580.17131120.1732654X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.57570.1602-0.02050.6787-0.04261.78090.0938-0.2115-0.30110.118-0.06190.214-0.186-0.44440.40270.1081-0.0165-0.05910.27230.05650.3933-12.366838.844713.1761
23.9012-0.28651.01163.7887-1.96211.4082-0.07270.80460.2462-1.14240.065-0.72470.24750.170.180.3229-0.14180.1020.37540.040.2877-10.049534.6651.5231
33.37633.1341-1.05513.3019-1.92912.65320.2992-0.22840.70380.6258-0.20521.2212-1.1212-0.4787-0.11610.47990.19290.02930.32690.08170.534-15.913251.761711.0398
42.69320.252-0.36093.2699-0.26010.52010.10190.39730.4536-0.66890.1804-0.0591-0.4505-0.07460.10880.4481-0.02380.01310.09350.05130.2824-9.343449.12596.3682
50.59770.7556-0.43341.0296-0.54440.3238-0.1766-0.0273-0.20710.4211-0.3276-0.04520.0292-0.0091-0.77720.74840.01420.02450.1427-0.18730.2956-10.329574.8369-3.6608
62.2-0.72-1.72324.1429-0.58121.67950.3102-0.0069-0.2832-0.1459-0.51070.5695-0.21370.1009-0.46580.9832-0.0053-0.08010.085-0.01710.2481-15.328987.6409-5.971
75.16080.22211.40710.17770.00810.4029-0.0316-0.82720.43970.8363-0.1730.81840.1786-0.28380.34241.01730.11780.3460.4397-0.02290.6761-22.300386.13163.6512
81.6568-0.62620.52022.32340.37710.74830.0783-0.0364-0.44460.5284-0.23810.8095-0.2547-0.06830.10310.92050.15420.06610.2357-0.120.4621-13.920271.4636-2.0908
92.3079-0.2391.27954.8958-1.20750.94460.3589-0.1255-0.48640.5152-0.12880.4931-0.2505-0.2701-0.00740.80780.02010.0430.2805-0.07640.3762-12.827673.25593.4173
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 21 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 28 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 29 through 35 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 5 through 18 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 9 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 10 through 21 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 22 through 26 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 27 through 35 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 6 through 19 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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